جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه "rapd" در نشریات گروه "زراعت"
تکرار جستجوی کلیدواژه «rapd» در نشریات گروه «کشاورزی»-
پونه سا (Nepeta) یکی از بزرگ ترین جنس های خانواده نعنا (Lamiaceae) است، و ایران، به طور ویژه، یکی از خواستگاه های اصلی این جنس است. برآورد تنوع ژنتیکی ژرم پلاسم جنس پونه سا، پایه ای برای تلاش های آینده حفاظت از تنوع زیستی و همچنین برای انتخاب ژنوتیپ (های) با قابلیت تولیدی بالا برای بهبود تولید زراعی آن فراهم می کند. در این تحقیق، برای ارزیابی تنوع ژنتیکی زیرگونه ای N. kotschyi بر اساس 21 جمعیت، 11 آغازگر RAPD با الگوی نواربندی و چندشکلی مناسب مورد استفاده قرار گرفت. جمعیت های مورد مطالعه از دو واریته شامل persica (19 جمعیت) و kotschyi (2 جمعیت) بودند. در مجموع، 11 آغازگر RAPD، 225 باند قابل ارزیابی را تکثیر نمودند، که 204 تا از آن ها چندشکل بودند. میانگین تعداد باندها به ازای هر آغازگر 5/20 بود، که 5/18 تا از آن ها چندشکل بودند. آغازگرهای OPF 05، OPB 15، OPT 14، OPO 07 و OPF 14 برای شناسایی تنوع ژنتیکی نمونه ها، کاراتر بودند. تجزیه خوشه ای، شش گروه ژنوتیپی را نشان داد. جمعیت های N. kotschyi var. kotschyi در یک گروه مجزا از جمعیت های N. kotschyi var. persica قرار گرفتند. گروه بندی جمعیت های مورد مطالعه نشان داد که الگوی تنوع ژنتیک با الگوی توزیع جغرافیایی هم خوانی دارد. از مجموع تنوع ژرم پلاسم مورد مطالعه، 32 درصد به بین جمعیت ها و 68 درصد به درون جمعیت ها تعلق گرفت. نتایج نشان دهنده کارایی بالای نشانگرهای RAPD برای تعیین وضعیت ژنوتیپ های مورد مطالعه در خصوص تنوع بین و درون جمعیت ها و تفکیک واریته های N. kotschyi که قبلا توسط روش های مورفومتری تعیین شدند، می باشد.
The genus Nepeta is one of the largest genera in the Lamiaceae family, and Iran is one of the main centers of origin of this genus. The genetic diversity estimation of the genus Nepeta germplasm provides a basis for future biodiversity conservation efforts and also for the selection of high-productive genotype(s) for the field production improvement. In this work, eleven RAPD primers with suitable banding pattern and prominent polymorphism were used for the estimation of infraspecific genetic diversity of N. kotschyi based on 21 populations. The study included 19 and 2 populations belonging to var. persica and var. kotschyi, respectively. Eleven primers amplified totally 225 scorable RAPD loci, 204 of which were polymorphic. The average number of bands per primer was 20.5, 18.5 of which were polymorphic. Primers OPF 05, OPB 15, OPT 14, OPO 07, and OPF 14 were the most powerful for the detection of the genetic diversity across the samples. Cluster analysis showed six genotypic groups. N. kotschyi var. kotschyi populations were placed in a group separated from the samples belonging to N. kotschyi var. persica. The same analysis showed that the genetic diversity pattern corresponds to the geographical distribution of the populations. Of the total variation in the studied germplasm, 32% was related to inter-populations and 68% to intra-populations variation. The results indicated the high potential of RAPD markers to resolve the status of the studied genotypes in regard to inter- and intra-populations diversity and to diversify N. kotschyi varieties previously resolved by morphometric methods.
Keywords: Infraspecific variation, Lamiaceae, Nepeta kotschyi var. kotschyi, Nepeta kotschyi var. persica, RAPD -
زعفران یکی از با ارزش ترین گیاهان دارویی و ادویه ای در جهان است. با وجود قدمت کشت طولانی این گیاه در کشور، مطالعات اصلاحی محدودی به واسطه تولیدمثل غیرجنسی این گیاه انجام شده است. به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی ژرم پلاسم زعفران ایران، 65 نمونه مختلف زعفران از نواحی عمده کشت در خراسان شامل تربت حیدریه، گناباد، مه ولات، قائنات و فردوس جمع آوری و از طریق نشانگرهای مولکولی مورد مطالعه قرار گرفت. آغازگرهای RAPD و ISSR به کار رفته به ترتیب 43 و 122 مکان نشانگری و در مجموع 165 مکان نشانگری چندشکل با میانگین 5/7 نشانگر به ازای هر آغازگر تولید نمودند. شاخص تنوع در دامنه 7/0 تا 36/0 با میانگین 23/0 به دست آمد. همچنین شاخص نشانگری با میانگین 16/0 در دامنه 7/0 تا 24/0 متغیر بود. نمونه های مربوط به نواحی قائنات و مه ولات به ترتیب دارای بیشترین (03/83 درصد) و کمترین (73/52 درصد) چندشکلی بودند. گروه بندی نمونه های زعفران مورد مطالعه با استفاده از تجزیه خوشه اینشان داد که چهار گروه متمایز حاصل با محل های جمع آوری آن ها مطابقت کمی داشتند، درحالی که گروه بندی مولکولی مناطق کشت زعفران تطابق نسبتا مناسبی با فواصل جغرافیایی مربوطه داشت. به طورکلی، نتایج تجزیه مولکولی در این مطالعه حاکی از وجود تنوع ژنتیکی در بین نمونه های زعفران ایران بود. از این رو، امید می رود از طریق گزینش کلون های برتر، پیشرفت هایی از نظر بهبود عملکرد کمی و کیفی زعفران حاصل شود.کلید واژگان: زعفران, تنوع مولکولی, ژرم پلاسم, ISSR, RAPDSaffron (Crocus sativus L.) is one of the most valuable medicinal and spice herbs in the world. In spite of the ancient cultivation history in Iran, there are limited breeding studies on the plant due to its vegetative reproduction. In order to evaluation genetic diversity of Iranian saffron germplasm, sixty-five different saffron accessions from the main cultivation areas in Khorasan including Torbat heidarieh, Gonabad, Mahvelat, Ghaenat and Ferdows were collected and were studied by molecular markers. The used RAPD and ISSR primers produced 43 and 122 polymorphic markers loci, respectively, and totally 165 markers with average of 7.5 markers by each primer, totally. Diversity index ranged from 0.36 to 0.7 with average of 0.23. Also, marker index with the average of 0.16 varied in the range of 0.2 to 0.7. The accessions from Ghaenat and Mahvelat had the maximum (83.03%) and the minimum (52.73%) polymorphism, respectively. Grouping the studied saffron accessions using cluster analysis displayed four distinct groups which had little correspondence to their collection areas, while clustering for the main cultivation areas had relatively good correspondence to their geographical distances. So, it is expected to have nearly approaching improvements of qualitative and quantitative yields via the selection of superior clones of saffron.Keywords: Saffron, Molecular variation, Germplasm, RAPD, ISSR, Khorasan region, clustering
-
منطقه جغرافیایی محدود و اصلاح متمرکز کلزا، منجر به اساس ژنتیکی محدود این گیاه شده است. بنابراین لزوم بررسی تنوع ژنتیکی در ارقام مختلف کلزا جهت برآورد و حفظ این خزانه ژنتیکی ضروری به نظر می رسد. در تحقیق حاضر تنوع ژنتیکی 45 ژنوتیپ کلزا با استفاده از 12 نشانگر RAPD بررسی شد. تجزیه کلاستر با ضریب عدم تشابه دایس و روش نزدیک ترین همسایه (NJ) ژنوتیپ ها را به هفت دسته اصلی تقسیم نمود. تنوع کل ژنوتیپ ها 662/0 بود. شاخص چند شکلی اطلاعات (PIC) از 158/0 تا 483/0 و با میانگین 346/0 بدست آمد. تعداد کل آلل های تکثیر شده برابر 68 با میانگین 66/5 آلل برای هر نشانگر بود. درصد پلی مورفیسم ژنوتیپ ها برای همه نشانگرها صددرصد بود. این نشانگرها توانستند 1 باند منحصر به فرد در نشانگر Oligo 213 برای ژنوتیپ Hyola 420 نشان دهند. این می تواند نکته ای با ارزش در مورد این نشانگر برای مطالعات بعدی باشد. بنظر می رسد بررسی و توجه به تنوع ژنتیکی ژنوتیپ های مورد مطالعه، بر پایه نشانگرهای این تحقیق می تواند منبعی برای تحقیقات بعدی در اصلاح کلزا برای دستیابی به اهدافی چون هتروزیس بیشتر در تولید هیبرید باشد.کلید واژگان: تنوع ژنتیکی, کلزا, RAPDLimited geographic area and focused modification of rapeseed during of its breeding cases have been led to the limited genetic basis. So, the evaluation of genetic diversity in modern cultivars of canola to estimating and maintain of genetic resources is essential. In this study, the genetic diversity of 45 genotypes of rapeseed was investigated using 12 RAPD markers .Cluster analysis by Dice coefficient and non-nearest neighbor method (NJ) divided genotypes into seven main groups. The total variation was 0.662. Polymorphism information index (PIC) was from 0.158 to 0.483 and mean of 0.346. The total number of alleles amplified was 68 with average of 5.66 alleles per marker. The percentage of polymorphism for all markers was one hundred percent. These markers could represent a unique band for Oligo 213 primer in Hyola 420 genotype. It seems that more attention to genetic diversity of studied genotypes, based on primers used can use as a source for further research in modification of rapeseed to achieve goals such as more heterosis in hybrids.Keywords: Genetic diversity, Rapeseed, RAPD
-
کادمیم عنصری سمی و غیر ضروری برای انسان و گیاه است که به راحتی از طریق گیاهان جذب می شود. وجود تنوع ژنتیکی در ارتباط با تجمع کادمیم امکان استفاده از روش های اصلاحی برای گزینش ژنوتیپ هایی با میزان تجمع کم کادمیم را فراهم می آورد. با توجه به هزینه زیاد تجزیه بافت های گیاهی برای تعیین میزان کادمیم، استفاده از نشانگرها برای کمک به گزینش ژنوتیپ هایی با تجمع کم کادمیم روش موثری به شمار می آید. از این رو به منظور بررسی کارایی نشانگرهای AFLP و RAPD در شناسایی و تعیین خصوصیات مربوط به تجمع کادمیم در گندم، آزمایشی با دو سطح کادمیم شامل صفر (شاهد) و 25/0 میلی مولار و 43 ژنوتیپ گندم انجام گردید. در تجزیه AFLP با استفاده از شش ترکیب آغازگردر مجموع 328 نوار با میانگین 66/54 نوار به ازای هر ترکیب آغازگر تولید شد که از این تعداد، 207 نوار دارای چندشکلی بود. در تجزیه RAPD تعداد شش آغازگر از 50 آغازگر ارزیابی شده با الگوی نواری مناسب برای بررسی تمام ژنوتیپ ها استفاده شد. این آغازگرها در مجموع 31 نوار چند شکل با 16/5 نوار به ازای هر آغازگر تولید کردند. رابطه بین داده های مولکولی و صفات مورد اندازه گیری از طریق تحلیل رگرسیون چندگانه مورد بررسی قرار گرفت. در مجموع 113 نشانگر آگاهی بخش در سطح شاهد و 77 نشانگر آگاهی بخش در سطح 25/0 میلی مولار کادمیم شناسایی شد. تعدادی از نشانگرها با بیش از یک صفت رابطه معنی دار داشتند. نتایج این تحقیق درتامین اطلاعات اولیه برای انتخاب غیرمستقیم صفات از طریق نشانگرهای مرتبط مفید می باشد.کلید واژگان: کادمیم, گندم, نشانگر, AFLP, RAPDCadmium is a toxic unnecessary element for humans and plants which is easily absorbed by plants. Genetic variation in cadmium accumulation provides an opportunity for breeding programs to select genotypes with low cadmium. Due to the high cost of plant tissue analysis to determine the amount of cadmium, use of markers to make efficient selection of low cadmium accumulating genotypes is an effective way. Therefore, to evaluate the effectiveness of AFLP and RAPD markers for identification and determination of cadmium accumulation characteristics in wheat, an experiment was conducted with two cadmium levels including zero (control) and 0.25 mM CdCl2 on 45 wheat genotypes. AFLP analysis using six combinations of primers produced 328 bands with an average of 54.66 bands per primer combination which 207 of these bands were polymorphic. In RAPD analysis, six primers with appropriate banding patterns out of 50 primers were used to evaluate all the genotypes. These primers produced 31 polymorphic bands with 5.16 bands for each primer. Associations between molecular markers and traits were assessed by multiple regression analysis. According to the results of regression analysis, 113 and 77 informative markers were detected at control and 0.25 mM Cd levels, respectively. Some of the markers were significantly associated with more than one trait. The results of this study provide useful preliminary information for indirect selection of traits by associated markers.Keywords: AFLP, Cadmium, Marker, RAPD, Wheat
-
Genetic diversity in cluster bean (Cyamopsis tetragonoloba L.; Fabaceae) genotypes was studied using Inter-Simple Sequence Repeat (ISSR) and Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) to derive conclusions about diversity analysis in groups of accessions of a germplasm. The two methods, individually as well as cumulatively revealed the range of diversity in profiles among 104 genotypes collected from different geographical regions of India. A simulated clustering of the collected plant genotypes was divided into defined affinity groups using Structure program and the cluster analysis of molecular markers data revealed six broad sub-clusters. These results were validated with a Principal Coordinate analysis. The combined data was more informative than either of the individual method data. The diversity range was found to be wide and the presence of six broad clusters suggests the existence of many genetic lineages that can constitute useful starting points for the use of germplasm diversity in the selection and improvement of the cluster bean crop.Keywords: Diversity, ISSR, NJ, PCA, RAPD
-
Turfgrasses are usually important groundcover plants in many landscapes. They occupy the lowest surface of the landscape, close to pollutant particles. So, they can be an attractive option for environmental remediation. Today, high concentrations of hazardous chemicals such as lead are among the most serious environmental problems. In vitro selection of turfgrass accumulator or tolerant of toxic ions may lead to production of plants that have better adaption to polluted sites. This study was undertaken to investigate the tolerance or accumulation potential in Bermuda grass to high concentrations of lead under tissue culture condition and identifying differences at the molecular level among accumulators by RAPD markers. Callus that were used for in vitro selection were exposed to different concentrations of lead in the media. After the first mowing, tolerant plantlets were evaluated for lead accumulation potential. All plants of Bermuda grass originating mainly from regeneration pathways had undergone genetic changes. The results revealed that occurrence of somaclonal variation via somatic embryogenesis and organogenesis of Bermuda grass culture with a frequency of 33%. Although some in vitro derived plants showed increase in uptake potential of lead in their shoots (2 times higher Pb extraction), there were some regenerates with decreased lead accumulation in shoot, and some varieties without any changes in lead uptake properties in comparison to the control. Molecular marker could be efficient in determining the genetic changes induced by somaclonal variation. The improvement of lead accumulation in lead extraction varieties indicated a successful mutation in Bermuda grass for breeding traits such as phytoremediation purpose.Keywords: Bermuda grass, Lead accumulation, Lead, RAPD
-
سویا (Glycine max) یکی از گیاهان زراعی مهم است که سرشار از مقادیر زیادی پروتئین و روغن می باشد. به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی 45 ژنوتیپ سویای مورد کشت در ایران، از دو نوع نشانگر مولکولی (RAPD و ISJ) استفاده شد. در این مطالعه، قدرت تفکیک آغازگرهای IT (تکثیر اینترون) و ET(تکثیر اگزون) با هم مقایسه شد و داده های حاصل از هر یک از نشانگرها به صورت جداگانه و در ترکیب با یکدیگر مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. ده آغازگر RAPD در مجموع 103 باند قابل امتیازدهی را تکثیر نمودند که 60 درصد آن ها چندشکل بودند. از طرف دیگر 15 آغازگر ISJ در مجموع 129 باند مشخص تولید کردند که 87 درصد آن ها چندشکل بودند. تجزیه کلاستر بر اساس معیار ضریب تطابق ساده و روش UPGMA صورت گرفت. ضریب کوفنتیک برای نشانگرهای RAPD و ISJ به ترتیب 95 و 81 درصد بود. تجزیه کلاستر داده ها نشان داد که نشانگرهای مولکولی ISJ برای مطالعات تنوع ژنتیکی در سویا بهتر از RAPD هستند. علاوه بر این، بین دو گروه آغازگرهای IT و ET تفاوت معنی داری مشاهده نشد. نتایج این مطالعه نشان داد که نشانگرهای مولکولی ISJ به ویژه آغازگرهای ET، برای ارزیابی تنوع ژنتیکی در سویا، از کارایی لازم برخوردارند.
کلید واژگان: تنوع ژنتیکی, سویا, نشانگر مولکولی, ISJ, RAPDSoybean (Glycine max) is an important crop plant which contains a high amount of oil and protein. To evaluate the genetic diversity of 45 soybean genotypes growing in Iran، two types of molecular markers (RAPD and ISJ) were used. Two sets of different primers were used to compare potential differentiation power of IT (Intron targeting) and ET (Exon targeting) primers. Data obtained from each molecular marker was analyzed separately and in combination. Ten RAPD primers amplified 103 scoreable bands from which 60% were polymorphic، whereas 15 ISJ primes resulted to 129 sharp bands from which 87% were polymorphic. Cluster analysis was carried out based on simple matching coefficient of similarity and UPGMA method. The cophenetic coefficient for RAPD and ISJ markers were 0. 95 and 0. 81، respectively. Cluster analysis revealed that ISJ molecular markers were better in genetic diversity studies than RAPD markers in soybean genotypes. Furthermore، significant variation was not found between two groups of IT and ET primers (P≤ 0. 01). Results of this study suggested that ISJ molecular markers especially ET primes are reliable tools to investigate genetic diversity among soybean genotypes.Keywords: Genetic Diversity, Glycine max, ISJ, RAPD, Soybean -
شناسایی تنوع ژنتیکی و روابط خویشاوندی، برای دست یابی به ارقام مطلوب در مرکبات مهم و ضروری است. در این پژوهش از نشانگرRAPD جهت تعیین تنوع ژنتیکی میان 29 ژنوتیپ مرکبات استفاده شد. 19 آغاز گر استفاده شده تعداد 248 باند چند شکل ایجاد گردید که بیشترین باند تکثیر شده 19 عدد و مربوط به آغازگر OPA-07 بود، در حالیکه آغازگر 05-OPA با هشت باند کمترین قطعات چندشکل را نشان داد. متوسط تعداد باند چند شکل برای هر آغازگر 13 باند برآورد گردید. آنالیز داده ها توسط نرم افزار NTsys با استفاده از ضریب تشابه جاکارد، میزان تشابه محاسبه شده بر اساس باندهای چند شکل را در دامنه ای از 14/0 تا 97/0 با میانگین تشابه 62/0 نشان داد. تجزیه خوشه ایبر پایه ماتریس تشابه جاکارد و با روش UPGMA صورت گرفت. بر اساس تجزیه خوشه ای، در ضریب تشابه 49/0 ژنوتیپ های مرکبات مورد مطالعه به پنج گروه تقسیم شدند. بر اساس ماتریس تشابه، کمترین شباهت (14/0) مربوط به دو ژنوتیپ پوملو و نارنگی محلی و بیشترین شباهت (97/0) مربوط به دو تیپ طبیعی ناشناخته G74 وG73 بود. با بررسی دندروگرام نشان داده شد که پوملو و نارنگی به عنوان گونه های حقیقی مرکبات در خوشه های مجزا قرار دارند. تعیین تنوع ژنتیکی در مرکبات، اطلاعات مفیدی را برای برنامه های به نژادی، انتخاب و حفظ ارقام فراهم می کند.
کلید واژگان: تجزیه خوشه ای, تنوع ژنتیکی, ماتریس تشابه, مرکبات, RAPDIt is important to identify the genetic diversity and phylogenic relationships for achieving desirable citrus cultivars. In present investigation RAPD markers were used to determine genetic diversity among 29 citrus genotypes. From 19 used primers، 248 polymorphic bands were amplified. Primers OPA-07 and OPA-05 (with 19 and 8 amplified bands)، produced maximum and minimum polymorphic bands، respectively. The average number of polymorphic bands was estimated as 13 for each primer. Similarity among samples was calculated using NTsys software and Jaccard coefficient. Rang of similarity was 0. 14-0. 97 based on polymorphic bands with average of 0. 62. Cluster analysis has been done based on Jaccard''s similarity matrix and the UPGMA method. Cluster analysis has divided citrus genotypes into five separate groups. According to the similarity matrix results، the lowest similarity (0. 14) was belonged to local mandarin and Pommelo and the highest similarity (0. 97) was belonged to unknown natural types G74 and G73. In current research Pommelo and mandarin confirmed as true species of citrus in distinct cluster. Determination of genetic diversity in citrus provides useful information for breeding programs، selection and improving cultivars.Keywords: citrus, Cluster Analysis, Genetic Diversity, RAPD, similarity matrix -
تنوع ژنتیکی و بیماری زایی 13 جدایه قارچ Fusarium oxysporum که طی سالهای 1387-1378 از مزارع چغندرقند شش استان کشور جمع آوری شده بود، مورد بررسی قرار گرفت. تنوع بیماری زایی آنها با استفاده از روش غوطه ور سازی ریشه گیاهچه های چهار هفته ای در سوسپانسیون اسپور در لوله آزمایش انجام شد. بر این اساس جدایه ها به دو گروه بیماری زای قوی و ضعیف دسته بندی شدند. تنوع ژنتیکی جدایه ها با استفاده از 15 آغازگر تصادفی و به روش RAPD ارزیابی شد. بر این اساس چند شکلی قابل ملاحظه ای بین جدایه های مورد بررسی مشاهده شد. گروه بندی خوشه ایجدایه ها با استفاده از UPGMA به کمک نرم افزار MVSP، جدایه ها را به پنج گروه طبقه بندی کرد. رابطه مشخصی بین تنوع ژنتیکی بر اساس RAPD-PCR با بیماری زایی جدایه ها یافت نشد، اما مجزا شدن برخی از جدایه ها از سایرین با مناطق جغرافیایی آنها در ارتباط بود. DNA ژنومی جدایه ها با کمک آغازگرهای ITS1 و ITS4 تکثیر شد. محصول تکثیر شده از DNA جدایه های مختلف، با آنزیم های برشگر TaqI، HaeIII، EcoRI هضم گردید. آنالیز ITS-RFLP جدایه ها الگوی باندی مشابهی را نشان داد.
کلید واژگان: Fusarium oxysporum, چغندر قند, RAPD, PCR, rDNA, RFLPPathogenicity and genetic variability of 13 Fusarium oxysporum isolates collected from sugar beet field of six provinces of Iran during 1999- 2008 were evaluated. Pathogenic variability of the isolates was determined using a root-dip assay in spore suspension in test tubes for four- week plants. The isolates were classified into strong and weak pathogenic groups. A total of 15 RAPD primers were used for the isolates genetic diversity evaluation. On this basis, high polymorphism was observed among the isolates. Cluster analysis (UPGMA) of the isolates using the MVSP software package classified them into five groups. There was a relationship between RAPD results and geographical origins of the isolates. However, no relationship was found between RAPD results and pathogenicity. Genomic DNA of isolates was amplified using ITS1 and ITS4 primers. The amplified DNA products of the isolates was digested by three restriction enzymes EcoR1, Taq1 and HaeIII. ITS- RFLP analysis showed similar banding pattern the isolates.Keywords: Fusarium oxysporum, sugar beet, RAPD, PCR, rDNA, RFLP -
نشریه نهال و بذر، سال سیام شماره 1 (بهار 1393)، صص 115 -131شناسایی ویژگی ها و پتانسیل ژنتیکی ژرم پلاسم کاهو در ایران و امکان استفاده از آن ها در ایجاد ارقام از اهداف مهم به نژادی این محصول است. در این آزمایش 42 ژنوتیپ کاهوی ایرانی از مناطق مختلف کشور همراه با یک رقم خارجی با استفاده از هفده آغازگر تصادفی RAPD در واکنش زنجیره ای پلی مراز در آزمایشگاه سبزی و صیفی موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر مورد ارزیابی قرار گرفتند. تجزیه های آماری شامل تجزیه به مولفه های اصلی، تجزیه خوشه ایبا استفاده از الگوریتم UPGMA به منظور تعیین کارآیی نشانگرها محتوی اطلاعات چند شکلی، شاخص نشانگری، نسبت چندگانه موثر و قدرت تفکیک انجام شد. آغازگرها در مجموع 807 باند چند شکل تولید کردند که بیشترین تعداد مربوط به آغازگر P9 با 78 باند و کمترین آن آغازگر P6 با 15 باند بود. دامنه اندازه باندهای تولید شده در آغازگرها بین 280 تا 3000 جفت باز متغیر بود. در محاسبه ضرایب تشابه به روش جاکارد، ضرایب تشابه از صفر تا 324/0 متغیر بود. بیشترین تشابه به ترتیب، بین ژنوتیپ بابل و لاین11 مازندران (324/0)، لاین های 19 و 23 مازندران (0/314) و ژنوتیپ کرج و سفید نیشابور (0/300) به دست آمد. تجزیه خوشه ایداده های مولکولی توانست ژنوتیپ ها را در سطح تشابه 25/0 مطابق با صفات مورفولوژیک به چهار گروه تقسیم ندی کند. نتایج نشان داد ژنوتیپ های مورد بررسی از تنوع بالایی برخوردار بودند و استفاده از نشانگرهای RAPD برای گروه بندی کاهوهای بومی ایران روش مفید و موثری است.
کلید واژگان: کاهو, ژنوتیپ های بومی, واکنش زنجیره ای پلی مراز, چند شکلی, تنوع ژنتیکیEvaluation of the genetic potential of lettuce germplasm by classical methods or using molecular markers is crucial in breeding programs and introduction of new cultivars. Assessment of genetic diversity of Iranian lettuce genotypes collected from different provinces was conducted in laboratory at Seed and Plant Improvement Institute, Karaj. Forty two genotypes of Iranian lettuce with a foreign cultivar were evaluated using 17 RAPD primers. Primers produced total of 807 polymorphic bands. The highest number of polymorphic bands (78 bands) was produced by primer P9 and the lowest number (15 bands) by P6. The size of produced bands of primers varied from 280 to 3000 bp. Jaccard similarity coefficients was calculated for 43 genotypes, that varied from 0 to 0.324. The highest similarity was observed between genotypes no. 13 and 14 (0.324), no. 19 and 20 (0.314) and no. 7and 8 (0.300). Cluster analysis of molecular data, at the similarity level variation 0.25 clustered Iranian lettuces into four groups. Generally, the results of this experiment showed a high genetic diversity in Iranian lettuce genotypes and revealed that RAPD is a useful and effective technique for classification of Iranian lettuces.Keywords: Lettuce, native genotypes, RAPD, polymorphism, genetic diversity -
ریزومانیا مهم ترین بیماری چغندرقند در ایران و برخی از مناطق جهان است که می تواند نقش مهمی در کاهش عملکرد محصول داشته باشد. مناسب ترین راه کار مقابله با این بیماری استفاده از ارقام مقاوم است. ردیابی ژن های مقاومت با استفاده از نشانگرهای مولکولی در برنامه های به نژادی ضروری است. در این تحقیق برای تایید و تکرارپذیری شش نشانگر مولکولی ناجفت، از چندین توده اصلاحی و رقم تجارتی چغندرقند که حامل ژن مقاومت Rz1 بودند استفاده شد. برای این منظور از داده های موجود الایزا مربوط به ارزیابی گلخانه ای مقاومت به ریزومانیا در چندین توده اصلاحی استفاده شد. برای آزمون مولکولی، نمونه های برگی از گیاهان مورد نظر جداسازی و پس از استخراج DNA، آزمون RAPD-PCR با کمک آغازگرهای مرتبط با نشانگرهای مورد نظر انجام گرفت. سپس محصولات RAPD بر روی ژل آگارز الکتروفورز شده و پس از رنگ آمیزی، نتایج مربوط به نشانگرها مشاهده و به حضور و عدم حضور نشانگر امتیازدهی شد. سپس درصد توافق نتایج نشانگرها با داده های الایزای مربوط به تک بوته ها در توده های اصلاحی و نیز درصد حضور نشانگرها در ارقام تجارتی محاسبه گردید. مقایسه بین نتایج الایزا و آزمون مولکولی نشان داد که نشانگرهای ناجفت (نشانگر پیوسته با آلل حساسیت) PN3 و PN7-2 به ترتیب با نسبت توافق 92 و 98 درصد با نتایج الایزا و به ترتیب با نسبت حضور 87 و 90 درصد در ارقام تجارتی حساس و نسبت حضور 75 و 97 درصد در ارقام تجارتی مقاوم از نشانگرهای مناسب برای شناسایی آلل حساسیت rz1 می باشند. هم چنین نتایج اثر دز ژن نشان داد که میانگین OD الایزا گیاهانی با ژنوتیپ هموزیگوت غالب (Rz1Rz1) به طور معنی داری کمتر از گیاهانی با ژنوتیپ هتروزیگوت (Rz1rz1) در نشانگرهای ناجفت می باشد.
کلید واژگان: چغندرقند, مقاومت, ریزومانیا, نشانگر مولکولی, RAPD, PCRRhizomania is the most important disease of sugar beet in Iran and some other parts of the world, and plays an essential role in decreasing sugar yield in fields. The best approach to control this disease is to use resistant varieties. Tagging the resistance genes in breeding programs, by molecular markers is necessary. In this study, some breeding populations and commercial varieties of sugar beet originated from Rz1 resistance source were used for validation and repeatability of 6 repulsion molecular markers. Accordingly, ELISA data related to greenhouse evaluation of rhizomania resistance were used in some breeding populations. For molecular analysis, DNA was extracted from leaf samples and RAPD-PCR was performed by using the primers related to the markers of interest. The RAPD-PCR products were separated by gel electrophoresis, After electrophoresis, was stained with ethidium bromide and was observed using gel documentation device and finally was scored for the presence or absence of marker bands. In next step, conformation of the markers with ELISA data in single plants were measured in breeding populations and the precent presence of the markers in commercial varieties was determined. Comparison between ELISA and molecular analysis results showed that repulsion markers (the markers linked to the susceptibility allele) PN3 and PN7-2 had acceptable agreement with ELISA (92% and 98% respectively), susceptible varieties (87% and 90% respectively), and resistant varieties (75% and 97% respectively). Also, the results of the gene dose effect showed that the average OD value of ELISA of the dominant homozygote plants (Rz1Rz1) was significantly lower than the heterozygote plant (Rz1rz1) in the repulsion markers.Keywords: molecular marker, RAPD, PCR, Resistance, Rhizomania, sugar beet -
به منظور بررسی تنوع ژنتیکی جدایه های قارچ عامل پژمردگی و زردی نخود از دو نشانگر مولکولی RAPD و PCR-RFLP استفاده شد. در روش RAPD، 14آغازگر استفاده شده، چندشکلی خوبی را نشان دادند. بعد از بررسی الگوهای باندی این 14آغازگر، میزان قرابت ژنتیکی20جدایه بر اساس فاصله ژنتیکی به صورت دندروگرام رسم گردید. تجزیه دندروگرام رپید نشان داد که که بین منشا جغرافیایی جدایه ها و گروه های ژنتیکی، ارتباط معنی داری وجود ندارد. در روش PCR-RFLP قطعات تکثیرشده با استفاده از آغازگر های IGS2 و CLN12 در یک گروه طولی bp2500 قرار گرفتند. در کل، در اثر هضم محصول PCR با سه آنزیم برشی، 22عدد باند چند شکلی ایجاد شد که در این بین، آنزیم RsaI بیشترین تعداد باند چند شکلی (12باند) و آنزیم EcoRI کمترین تعداد باند چند شکلی (3باند) را تولید کردند. نتایج محاسبه فاصله ژنتیکی آن ها نشان داد که جدایه های FOC86، FOC85 و FOC40 (از نیشابور)، FOC32 (از بجنورد)، FOC21 و FOC15 (از بردسکن) و FOC11 (از قوچان) کمترین فاصله و بیشترین شباهت ژنتیکی را از هم داشته و بیشترین فاصله ژنتیکی هم بین جدایه FOC6 (از قوچان) با سایر جدایه ها به دست آمد. در این روش بین منشا جغرافیایی جدایه ها با گروه بندی خوشه ایآنها، رابطه آشکاری وجود نداشت.
کلید واژگان: تنوع ژنتیکی, Fusarium oxysporum f, sp, ciceri, PCR, RFLP, RAPDIn order to study the genetic diversity of the causal agent of Fusarium wilting in chickpea, two techniques including RAPD and PCR-RFLP were used. In RAPD-PCR technique, all 14 primers could show the diversity among the isolates. After studding the banding patterns of 14 primers, a dendrogram based on similarity matrix was constructed. The RAPD dendrogram analysis could not separate isolates based on their geographical origins. In PCR-RFLP technique, two primers, IGS2 and CLN12, were used which made the same band pattern (2.5 kb) in all isolates. Totally, 22 polymorphic bands obtained through digestion with three digestive enzymes. The digestive enzyme RsaI produced the highest number of polymorphic bands (12 bands) and EcoRI produced the lowest number (3 bands). The genetic calculation results of the isolates showed that FOC85, FOC86 and FOC40 isolates (from Neyshabour), FOC32 (from Bojnord), FOC21 and FOC15 (from Bardaskan) and FOC11 (from Ghochan) showed the lowest genetic distance and the highest genetic similarity. The most genetic distance observed among FOC6 isolates (from Ghochan) compared to other isolates. Analysis of clusters in this method showed that there are not any specific relation between genotypic grouping and their geographical origins.Keywords: Fusarium oxysporum f.sp, ciceri, Genetic variation, PCR, RFLP, RAPD -
بابونه یکی از مهمترین گیاهان دارویی در عرصه تجارت جهانی است که ناشی از کاربردهای فراوان آن در صنایع دارویی و بهداشتی است. به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی توده های بومی بابونه با استفاده از آغازگرهای تصادفی و نیمه تصادفی، 16 توده بومی بابونه متعلق به گونه Matricaria aurea (Loefl.) Sch. Bip. که از نقاط مختلف کشور جمع آوری شده بود مورد استفاده قرار گرفت. 22 آغازگر تصادفی RAPD و 22 آغازگر نیمه تصادفی طراحی شده بر اساس مکان های هدف اینترون (IT) و اگزون (ET) با توالی های 15 و 18 جفت نوکلئوتیدی مورد استفاده قرار گرفت. دامنه تعداد نوارهای چند شکل تولیدی توسط آغازگرهای تصادفی بین 13-5 و توسط آغازگرهای نیمه تصادفی بین 21-6 بود. برای تعیین تشابه بین توده های بومی از ضریب تشابه جاکارد استفاده شد و گروه بندی توده های بومی به روش UPGMA با استفاده از نرم افزار NTSYS انجام شد. تجزیه خوشه ایبر اساس هر دو گروه آغازگرها، توده های بابونه را به سه گروه تقسیم کرد. بر اساس ماتریس تشابه در هر دو گروه آغازگرها، توده تبریز کمترین میزان تشابه را با سایر توده های بومی مورد مطالعه داشت. مقایسه آماری بین دو گروه آغازگر تصادفی و نیمه تصادفی نشان داد که اختلاف معنی داری بین دو گروه آغازگر از نظر تشکیل نوار و ایجاد چند شکلی وجود دارد. توانایی و کارآیی آغازگرهای نیمه تصادفی در ایجاد چند شکلی از آغازگرهای تصادفی بیشتر بود.
کلید واژگان: بابونه, تنوع ژنتیکی, آغازگرهای نیمه تصادفی, RAPD, تجزیه خوشه ایChamomile is one of the important medicinal plants in commerce that has many applications in drug and sanitary industries. In order to evaluate the genetic diversity of different chamomile landraces (Matricaria aurea (Loefl.) Sch. Bip.) based on random and Semi-random primers, 16 landraces that collected from different areas of Iran were selected. Twenty-two random primers for RAPD marker and Twenty-two semi-random primers from IT (intron-targeting) and ET (exon-targeting) primers with 15-mer and 18- mer were used in this study. Genetic similarity between landraces was estimated using Jaccard's similarity coefficient. Cluster analysis was conducted with UPGMA method using NTSYS-pc ver 2.02 software. The number of polymorphic bands generated by random primers varied from 5-13 and varied from 6-21 for semi-random primers. According to the cluster analysis on both random and semi-random primers, 16 populations were classified into three groups. Based on similarity matrix, Tabriz landrace had minimum similarity with other landraces. Compare between random and semi-random primers showed that semi-random primers had more ability in produce polymorphism.Keywords: Chamomile (Matricaria aurea (Loefl.) Sch. Bip.), Genetic diversity, Semi, random primers, RAPD, Cluster analysis -
هجده رقم آلو شامل ده رقم بومی ایران و هشت رقم وارداتی که در مرحله باردهی کامل بودند بر اساس 36 صفت مورفولوژیکی (پارامتریک و ناپارامتریک) و 15 پرایمر RAPD مورد ارزیابی قرار گرفتند. نتایج تجریه واریانس داده ها مشخص کرد که تفاوت بین ارقام در کلیه صفات به جز رنگ گلبرگ در سطح 1% معنی دار بود. ماتریس عدم تشابه مشخص کردکه دو رقم مشهد4 و دیررس سیف از نظر صفات کمی و ارقام آنتاریو و بربنگ از نظر خصوصیات کیفی کاملا از هم متمایز هستند.کلاستر حاصل از داده های مورفولوژیک در فاصله 25، ارقام را به دو گروه اصلی تقسیم کرد، این کلاستر تا حدی توانست ارقام ایرانی و خارجی را از هم تفکیک کند. داده های مولکولی درصد باند پلی مورفیسم بالایی (04/99%) را مشخص کردند، ماتریس تشابه این داده ها بیشترین شباهت را بین ارقام امپروفرانس و بخارای مرغوب (71%) و کمترین شباهت را بین ارقام شایرو و بخارای معمولی (9%) مشخص کرد.کلاستر به دست آمده از داده های مولکولی ارقام را در دامنه تشابه ژنتیکی از 15/0 تا 58/0 طبقه بندی کرد.ارقام در فاصله تشابه 26/0 به سه گروه اصلی تقسیم شدند که رقم دیررس سیف به تنهایی یک گروه مستقل را تشکیل داد و از سایر ارقام متمایز شد. در بررسی تنوع ژنتیکی بر اساس صفات مورفولوژیک و پرایمر RAPD ارقام ایرانی و خارجی در بعضی از موارد به خوبی تفکیک شدند و در برخی موارد هم، با هم تفاوت های بارزی داشتند.
کلید واژگان: آلو, تنوع ژنتیکی, مارکر مورفولوژیک, RAPDEighteen pulm cultivars including ten Iranian native and eight foreign cultivars were evaluated based on 36 parametric and non-parametric characteristics and 15 RAPD primers. The results of analysis of variance showed significant differences among the cultivars for all characteristics except the petal color. Dissimilarity matrix revealed that two cultivars Mashhad 4 and Dirras-e-Seif and two other cultivars Ontario and Barbang were distinctly different considering their quantitative and qualitative characteristics. Cluster، constructed from morphological data in distance of 25، classified cultivars into two major groups. Cluster analysis could differentiate the Iranian and foreign cultivars in some extents. Molecular data generated a high percentage of polymorphic bands (99. 04%)، and the similarity matrix of these data showed the highest similarity between Emprofrance and Bokharaye Marghob (71%) and the lowest similarity between Shiro and Bokharaye Mamoli (9%). The cluster constructed from molecular data clustered cultivars from 0. 15 to 0. 85 genetic similarity coefficient. In the similarity distance of 0. 26، the cultivars were divided into three groups where the Dirras-e-Seif cultivar exclusively comprised an indipentent cluster and was distinguished from other cultivars. In valuation of plum cultivars based on morphological and RAPD primers، although Iranian and foreign cultivars were clearly differentiated، but in some cases they showed some differences.
Keywords: Plum, genetic diversity, morphological marker, RAPD -
Mahaleb (Prunus mahalab L.) is used as a rootstock for cherries in Iran and many other countries. In this research، RAPD markers were used to determine the genetic diversity among eight genotypes of Mahaleb evaluated in two separate research grardens in Karaj، Iran. These genotypes are used as mother plants for seed production. Totally 40 random primers were examined for PCR reactions on the template DNAs extracted from leaves، of which 12 primers producing polymorphic bands between genotypes were selected. These 12 primers produced 73 bands، among them، 30 were polymorphic. The highest similarity (0. 82) was detected between genotypes no. 4 (Gen4) and 7 (Gen7) and the lowest similarity (0. 26) between genotypes no. 2 (Gen2) and 5 (Gen5) with genotype no. 8 (Gen8). In another trail، 16 morphological traits were recorded for these genotypes. Resulted morphological cluster، divided these genotypes into three clusters. In plot analysis gnotypes Gen4، Gen1 and Gen2 were separated from others.Keywords: Mahalab rootstock, genetic diversity, molecular marker, RAPD, morphological traits
-
Genetic diversity between fifteen commercial cultivars of rose were evaluated, using Ten decamer primers (A-J). All primers detected polymorphism among the cultivars. In total, 126 bands were produced, 73 of which were polymorphic. Primers E and F produced the highest, while primer H produced the lowest number of bands. The percentage of polymorphic bands ranged from 37% to 81% with an average of 63.9%. The average number of polymorphic bands produced was 7.3 per primer. Only the amplified DNA fragments ranging in size between 220 to 3000 bp were used for statistical analyses. Cluster analysis based on the presence or absence of bands was performed by Jaccard’s similarity coefficient, based on Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Averages (UPGMA). Genetic similarity ranged between 0.12 to 0.53. The dendrogram revealed two main clusters. Each cluster was divided into subgroups. This investigation showed that genetic diversity was relatively considerable among these cultivars. Also, the results propose that RAPD marker is a useful tool for evaluation of genetic diversity and relationships amongst different rose cultivars.Keywords: Genetic diversity, Molecular Markers, RAPD, Rosa hybrida
-
Diamondback moth (DBM), Plutella xylostella L. is the most injurious defoliage insect pest of canola in Ardabil province of Iran. It occurs annually and causes damage in canola fields. This study was performed to identify QTLs controlling resistance to diamondback moth using SSR and RAPD markers. An F2:4 population of 180 families derived from crossing between cv. ‘SLMO46’ and cv. ‘Quantum’ were used. The number of DBM eggs (EPL) and larvae per leaf (LPL) were recorded in each F4 families on 10 randomly selected plants at rosette stage. The intensity of damage (ID) was scored as 0 to 4 according to the relative size of leaf eaten area. QTL analysis was performed using the previously constructed linkage map of SSR and RAPD markers. QTL mapping based on composite interval mapping (CIM) method identified seven QTLs for the studied traits. The explained phenotypic variance by the QTLs ranged from 13 to 35%. The QTLs showed positive and negative additive effects and inherited from both parents to the progenies. Three QTLs on linkage group three were common for LPL, EPL and ID indicating pleiotropic gene effect or linked genes for these traits. Two QTLs on linkage group 14 were also common between studied traits.Keywords: Diamondback moth, Brassica napus, Microsatellite, QTL mapping, RAPD, Resistance
-
عطر و طعم اهمیتی قابل ملاحظه در تجارت برنج دارد، از این رو منطقی است که جوانب مختلف این صفت به دقت مطالعه شود. براین اساس، تحقیقی جهت بررسی وضعیت آللی لوکوس تنظیم کننده عطر، در ارقام معطر سنگ طارم، باسماتی 370 و دلا انجام شد. در این مطالعه نتایج نسل دوم سه تلاقی بین ارقام فوق با نشانگر مولکولی رپید OPAG-08 که پیوستگی قابل ملاحظه ای با ژن تنظیم کننده عطر در برنج دارد و در پی سی آر ارقام معطر یک قطعه 800 جفت بازی تولید می کند، مورد آزمون مولکولی قرار گرفتند تا چگونگی توارث عطر در نتاج حاصل از تلاقی ها بررسی گردد. براساس نتایج مولکولی، قطعه 800 جفت بازی در 75 درصد از نتاج مورد نظر تولید شد که بیانگر وجود حداقل یک آلل مشترک در والدین است. از سویی دیگر، این قطعه در دیگر نتاج تولید نشد که می تواند دال بر وجود آلل (های) متفاوت در لوکوس مورد نظر در ارقام والدینی باشد. بنابراین، با توجه به تفرق در نتاج F2 ، به نظر می رسد لوکوس تنظیم کننده عطر در این ارقام توسط آلل های متفاوتی تنظیم می شود که نتیجه آن ایجاد چندشکلی در افراد F2 تلاقی های آنها است.
کلید واژگان: برنج, ارقام, چند آللی, جمعیت در حال تفرق, RAPDThe fragrance and flavour is substantially important in rice commerce. Thereby, it is rational to consider the different aspects of this trait attentively. Hence, an investigation was conducted to study the allelic status of fragrance locus in aromatic rice cultivars Sang-tarom, Basmati 370 and Della. The F2 populations of three crosses among these cultivars were molecularly tested by random amplified polymorphic DNA marker OPAG-08 that is closely linked to rice fragrance gene and in PCR amplifies the 800 bp amplicon in aromatic cultivars, to study the inheritance of fragrance in F2 populations. Based on molecular results, the 800 bp amplicon was produced in 75% of F2 offspring suggesting that at least one identical allele exists in parental cultivars. In the other hand, the amplicon was not produced in the rest of F 2 offspring that reveals the presence of different allele(s) in that locus in parental cultivars. Therefore, regarding the segregation in F2 population, it seems that fragrance locus in these cultivars is controlled by different alleles leading to segregation in their F2 populations.
Keywords: rice, Cultivars, multiallelism, segregating population, RAPD -
کیفیت روغن کلزا (Brassica napus L.) به وسیله ترکیب اسیدهای چرب آن تعیین می گردد. یکی از مهم ترین برنامه های به نژادی کلزا درحال حاضر افزایش ترکیب اسید اولییک می باشد که منجر به افزایش دوام و عمر روغن می گردد. به منظور شناسایی نشانگرهای مولکولی مرتبط با مقدار اسید اولییک در کلزا از جمعیت دابلد هاپلویید حاصل از تلاقی لاین T099-5318-20 با لاین DH12075 ، نشانگرهای مولکولی RAPD و ISSR و روش تجزیه تفرق توده ای استفاده شد. شش نشانگر مولکولی ارتباط نزدیکی را با مقدار اسید اولییک در کلزا نشان دادند. دو نشانگرRAPD ، UBC 2830 با اثر مثبت و UBC 5381650 با اثر منفی به ترتیب 43 و 34 درصد واریانس فنوتیپی را برای مقادیر اسید اولییک توجیه کردند. به منظور ایجاد نشانگر SCAR ، نشانگرUBC2830 همسانه و توالی یابی شد. بر اساس اطلاعات حاصل از توالی، آغازگرهای اختصاصی طراحی شد. نشانگر SCAR ، یک قطعه اختصاصی با 399 جفت باز پیوسته با اسید اولییک را تکثیر کرد. نشانگرهای شناسایی شده در این تحقیق و نشانگرSCAR می توانند به عنوان ابزار مناسبی جهت گزینش برای مقادیر بالای اسید اولییک مورد استفاده قرار گیرند.
کلید واژگان: کلزا, اسید اولئیک, نشانگرمولکولی, ISSR, RAPD, SCAROilseed rape (Brassica napus L.) is one of the world ’ s main sources of vegetable oil. The quality of the oil derived from oilseed rape is determined by its fatty acid composition. Breeding oilseed rape for enhanced oleic acid is one of the most important breeding programs that increases oil shelf life. In order to identify molecular markers associated with high oleic acid, a doubled haploid population derived from a cross between the lines T099-5318-20 and DH12075, RAPD and ISSR markers and bulked segregant analysis method were used. Six markers were found to be associated with oleic acid. The markers UBC 2830 and UBC 5381650 accounted 43% and 34% of genetic variation for oleic acid, respectively. In order to make SCAR marker, UBC 2830 was cloned and sequenced. From sequenced information, specific primers were designed. SCAR marker produced a 399 bp fragment linked to oleic acid. The markers identified in this study and the SCAR marker should be useful tools for the selection of high oleic acid genotypes in oilseed rape breeding programs.
Keywords: Oilseed rape, Oleic acid, molecular marker, RAPD, ISSR, SCAR -
در این بررسی ضمن جمع آوری 58 جدایه قارچ Fusarium moniliforme عامل بیماری پوسیدگی طوقه برنج، مشخصات مرفولوژیکی و بیماریزایی آن ها روی گیاه برنج در آزمایشگاه و گلخانه در مرکز تحقیقات بین المللی برنج (IRRI) مورد مطالعه قرار گرفت. بعلاوه با استفاده از روش (RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA به کمک پرایمر 11-J از کیت Operon با تواتر 5ACTCCTGCGA-3 قسمت های تصادفی از DNA هر جدایه تکثیر گردید. سپس جدایه ها به کمک تجزیه خوشه ای با در نظر گرفتن 25 درصد تشابه گروه بندی شدند. نتایج به دست آمده نشان داد که جدایه ها از نظر میزان رشد چهار روزه کلنی در هشت گروه، از نظر تعداد روز تا رسیدن قطر کلنی به 90 میلی متر (دیواره تشتک پتری) در یک گروه، از لحاظ ویژگی اثر گذاری روی میزان ارتقاع گیاه در پنج گروه و از نظر الگوی ژنتیکی در 13 گروه مختلف قرار می گیرند. بر اساس آزمون t درون گروه های مزبور از نظر خصوصیات اندازه گیری شده در آزمایشگاه و گلخانه، مشخص شد که هیچ کدام از جدایه ها در هیچ یک از خصوصیات با میانگین گروه مربوطه تفاوت معنی داری ندارند. بنابراین می توان نتیجه گیری نمود که با استفاده از مارکرهای مولکولی به روش RAPD می توان به جداسازی جدایه ها براساس مرفولوژیکی و بیماریزایی اقدام نمود. ضریب همبستگی (r=0.54) مثبت معنی داری بین میزان رشد کلنی قارچ در تشتک پتری و تاثیری گذاری قارچ بر ارتفاع بوته به دست آمد. بدین معنی که هر چه رشد قارچ در محیط کشت سریع تر بود موجب افزایش بیشتر ارتفاع گیاه گردید.
کلید واژگان: برنج, بیماری پوسیدگی طوقه, Fusarium monilifome, جدایه ها, RAPDIn this study 58 isolates of Fusarium moniliforme which causes rice foot rot disease were collected from infected rice seeds. The morphological characteristics and pathogenicity of these isolates were determined in laboratory and greenhouse in the International Rice Research Institute (IRRI). Besides, by RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA) technique using primer J-11 from operon kit by sequences of "5-ACTCCTGCGA-3" the randomized portion of the DNA of each isolate was amplified. Using cluster analysis at 25% similarities, the isolates were classified as follows: from point of the growth rate of fungi after 4 days in Petri dishes into 8 groups from point of the number of days that fungi reached to the 90 mm diameter in one group from point of the effect of isolates on the length of seedlings into 5 groups from point of the genetical pattern into 13 groups. The characteristics measured in the laboratory or greehouse for each isolate did not significantly differ with the mean of each group using t-test analysis. Therefore, it could be concluded that molecular markers by RAPD technique can be used in differentiation of morpological and pathogenicity of Fusarium moniliforme isolates. The positive significant correlation coefficient (r=0.54) was observed between the growth rate of fungi in petri dishes and its effect on the length of seedling.
Keywords: rice, foot rot disease, Fusarium moniliforme, Isolates, RAPD
- نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شدهاند.
- کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شدهاست. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
- در صورتی که میخواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.