بهینه سازی جمعیت مرجع در پویش ژنومی و ارزیابی ژنومیک

بهینه سازی جمعیت مرجع در ارزیابی های ژنومیک به دلیل تاثیر آن بر صحت برآورد اثرات نشانگرها و ارزش-های ارثی ژنومیک نقش کلیدی در اصلاح حیوانات اهلی دارد. در مطالعه حاضر هفت روش متفاوت انتخاب جمعیت مرجع شامل انتخاب همه، انتخاب بیشترین و کمترین عملکردها، انتخاب تصادفی، انتخاب افراد با بیشترین و کمترین شباهت نشانگر و ژنگاه مورد ارزیابی قرار گرفت. در مطالعات پویش ژنومی روش انتخاب همه به عنوان جمعبت مرجع، نشانگرهای با فراوانی متوسط و بالا با اثر بزرگ بر روی صفت را تعیین نمود، اما استفاده از روش بیشترین و کمترین عملکردها، نشانگرهای با فراوانی نادر با اثر بزرگ بر روی صفت را گزارش نمود. استفاده هم زمان از تراکم بالای نشانگری و مرجع انتخابی در مقایسه با تراکم پایین و مرجع کامل، موجب کاهش صحت ارزیابی ها گردید، ولی رتبه بندی حیوانات را تغییر نداد. بین روش های انتخاب جمعیت مرجع با نسل (P≤0.0134) و همچنین با عدم تعادل لینکاژ (P≤ 2e-16) اثر متقابل وجود داشت. به طور کلی انتخاب همه حیوانات به عنوان جمعیت مرجع منتج به صحت های بالاتری در مقایسه با شش روش مرجع انتخابی گردید. بین روش های انتخاب، در جمعیت های با اندازه موثر کم (255/0r2 = ، 100=Ne) اختلافی وجود نداشت ، اما در جمعیت های با اندازه موثر زیاد (086/0r2= ،400=Ne) روش های انتخاب جمعیت مرجع با صحت های متفاوتی ارزش های اصلاحی ژنومی را پیش بینی کردند. بیشترین و کمترین صحت پیش بینی ارزش اصلاحی ژنومی به ترتیب متعلق به روش های انتخاب دام ها بر اساس حداکثر شباهت ژنگاه و نشانگری بود(0231/0≥P)