برآورد هم خونی ژنومی و ارزیابی هموزیگوسیتی ایجاد شده در گاوهای سرابی و نجدی

مطالعه حاضر به منظور برآورد سطح هم خونی ژنومی با استفاده از تجزیه (FROH) ROH در دو توده گاو بومی ایران شامل سرابی و نجدی و همچنین مقایسه برآوردهای FROH با دیگر برآوردهای ضریب هم خونی بر اساس ماتریس رابطه ژنوم (FGRM)، درصد SNPs هموزیگوت (FHOM) و اطلاعات شجره نامه (FPed) انجام شد. برای انجام این کار، به ترتیب تعداد 213 و 211 نمونه به طور تصادفی از جمعیت سرابی و نجدی انتخاب شدند. نمونه ها با استفاده از ریز تراشه Illumina BeadChip 40K v2 تعیین ژنوتیپ شدند. علاوه بر این، تعداد 30 نمونه از گاوهای شیری هلشتاین ایران از مرکز اصلاح نژاد ایران، مورد بررسی قرارگرفتند. آنالیز ژنومی با استفاده از برنامه های CFC ، Excel، Plink، SNeP انجام شد. در مجموع 2030 بلوک هاپلوتیپی در جمعیت شناسایی شدند. بیشترین و کمترین تعداد قطعات (ROHs) ROH در بین جمعیت نجدی و سرابی مشاهده شد. علاوه بر این، طول ROH در بین نژادهای مختلف متفاوت بود (05/0p <). جمعیت نجدی بیشترین تعداد ROH را در دسته های با طول متفاوت Mb) ROH8-4، Mb16-8 وMb 16<) داشتند. حداکثر ضریب همبستگی بین ضرایب هم خونی برآورد شده بین FPed و FROH> 4Mb (592/0) در جمعیت سرابی بدست آمد (001/0p <). نتایج این مطالعه وجود هم خونی، حداقل در پنج نسل اخیر جمعیت بومی مورد مطالعه را نشان می دهد و برنامه های حفاظتی باید به منظور مدیریت سطوح هم خونی در هر دو جمعیت صورت گیرد.