آنالیز تفاوت ژنتیکی ژن های مرتبط با پاسخ ایمنی بین گاوهای نژاد خالص و آمیخته سیستانی و مونت بیلیارد با استفاده از داده های RNA-Seq

جهش در طول توالی ژن ها سبب بروز تغییرات نوکلیوتیدی و درنتیجه ایجاد عملکرد جدید در ژن ها می شود. هدف از مطالعه حاضر، ارزیابی تنوع ژنتیکی و تحلیل بیان متفاوت ژن های مرتبط با سیستم ایمنی در بین دو جمعیت گاوهای نژاد خالص و آمیخته سیستانی و مونت بیلیارد بود. در این مطالعه از نتایج مربوط به آنالیز بیان افتراقی در بین جمعیت گاو های نژاد خالص و آمیخته سیستانی و مونت بیلیارد با استفاده از داده های RNA-Seq جهت تجزیه ژنتیکی و ترسیم درخت فیلوژنتیکی استفاده شد. توالی های نوکلیوتیدی با روش ClustalW توسط نرم افزار MegaAlign هم ردیف سازی شدند و درخت فیلوژنتیکی و ماتریس تفاوت و تشابه توالی ها ترسیم  شد. بر اساس نتایج این تحقیق، میانگین اختلاف نوکلیوتیدها و تعداد کل جهش ها برای ژن های مورد مطالعه در بین جمعیت های گاو نژاد خالص و آمیخته سیستانی و مونت بیلیارد به ترتیب در محدوده ی (2598/66-186) و (3898-74) قرار داشت. هم چنین، نواحی حفاظت شده بخش اندکی از توالی ژن های مورد مطالعه را تشکیل دادند که این امر نشان دهنده چند شکلی بالای این ژن ها و هم چنین مستعد بودن به تغییرات نوکلیوتیدی و جهش می باشد. نتایج حاصل از درخت فیلوژنی توالی نوکلیوتیدی ژن های مورد مطالعه نشان داد که تنوع ژنتیکی و واگرایی برای ژن های مورد مطالعه در بین جمعیت های گاو نژاد خالص، آمیخته سیستانی و مونت بیلیارد و ایندیکوس وجود دارد. میزان عددی نسبت جایگزینی dN/dS برای ژن های مورد مطالعه نشان دهنده انتخاب مثبت این ژن ها بود.