Magiran | فهرست مطالب نویسنده: زهره حجتی

تمایز سلول های بنیادی مزانشیمی به سلول های شبه قلبی با انتقال همزمان لنتی ویروس های حاوی miR-1 و Myocd در داربست هیدروزلی کیتوزان/کلاژن

سمانه خزائی، مسعود سلیمانی، زهره حجتی*، سید حسین احمدی تفتی

مجله دانشگاه علوم پزشکی قم، سال پانزدهم شماره 5 (پیاپی 112، امرداد 1400)، صص 368 -376

زمینه و هدف

بیماری های قلبی عروقی یکی از مهم ترین دلایل مرگ ومیر در سراسر جهان است. سلول های بنیادی مزانشیمی (MSCs) یکی از متداول ترین منابع در روش های درمانی مبتنی بر سلول در بازسازی قلب است. روش های مختلفی برای تمایز سلول های بنیادی مزانشیمی به سلول های شبه قلبی وجود دارد، مانند القای ژنتیکی. علاوه بر این استفاده از کشت سه بعدی مانند هیدروژل ها باعث افزایش کارایی تمایز می شود.

روش بررسی

در مطالعه حاضر لنتی ویروس های حاوی microRNA-1 (miR-1) و میوکاردین (Myocd) به طور هم زمان به سلول های بنیادی مزانشیمی مشتق از چربی موش انتقال یافتند. سه روز پس از القای ژنتیکی، سلول های بنیادی مزانشیمی ترانسداکت شده به هیدروژل حاوی کیتوزان و کلاژن انتقال یافتند و پس از 21 روز تمایز این سلول ها به سلول های شبه قلبی سنجیده شد. در همین راستا بیان مارکر های قلبی مانند NK2 homeobox 5 (Nkx2-5), GATA binding protein 4 (Gata4) , troponin T type 2 (Tnnt2) در سطح ژن و پروتئین در هر دو محیط دوبعدی و سه بعدی بررسی شد.

یافته ها

نتایج حاصل از واکنش کمی زنجیره ای پلیمراز در زمان واقعی (qRT-PCR) و ایمونوسیتوشیمی نشان داد که القای هم زمان miR-1 و Myocd در سلول های بنیادی مزانشیمی و به دنبال آن انتقال به محیط هیدروژلی متشکل از کیتوزان / کلاژن باعث افزایش بیان مارکر های قلبی در هر دو سطح ژن و پروتئین می شود.

نتیجه گیری

استفاده از کشت سه بعدی منجر به بهبود شرایط تمایزی سلول های بنیادی مزانشیمی و به دنبال آن به دست آوردن سلول های بالغ تر برای استفاده در پزشکی بازسازی مبتنی بر سلول درمانی می شود.

کلید واژگان: بیماری های قلب و عروق, سلول های بنیادی مزانشیمی, miR-1, تکنیک های

Differentiation of Mesenchymal Stem Cells Into Cardiac-like Cells by Co-induction of Lentiviruses Containing Mir-1 and Myocd in Chitosan Collagen Hydrogel Scaffold

Samaneh Khazaei, Masoud Soleimani, Zohreh Hojati*, Seyyed Hossein Ahmaditafti

Qom University of Medical Sciences Journal, Volume:15 Issue: 5, 2021, PP 368 -376

Background and Objectives

Cardiovascular disease is one of the leading causes of death worldwide. Mesenchymal stem cells (MSCs) are one of the most common sources of cell-based therapies in heart regeneration. There are several approaches to differentiate MSCs into cardiac-like cells, such as genetic modification. In addition, using of 3D culture, such as hydrogels, increases the efficiency of differentiation.

Methods

In the present study, lentiviruses containing microRNA 1 (miR- 1) and myocardium (Myocd) were co-transducted to mouse adipose-derived MSCs. Three days after, transduced MSCs were transferred to a hydrogel containing chitosan and collagen. After 21 days, the differentiation of encapsulated cells was evaluated. In this regard, the expression of cardiac markers such as NK2 homeobox 5 (Nkx2-5), GATA binding protein 4 (Gata4) and troponin T type 2 (Tnnt2) at the level of gene and protein were investigated.

Results

The results of real-time quantitative polymerase chain reaction (qRT-PCR) and immunocytochemistry showed that co-induction of miR-1 and Myocd in MSCs followed by transfer to composite hydrogel increased the expression of cardiac markers.

Conclusion

The use of 3D culture such as chitosan/collagen hydrogel improves the differentiation of MSCs and subsequently obtains more mature cells for use in cell-based regenerative medicine

Keywords: Cardiovascular diseases, Mesenchymal stem cells, miR-1, Organ culture techniques, Cell differentiation

ویرایش ژنی هدفمند در سلول های T پرایمری انسان با استفاده از ریبونوکلئوپروتئین های CRISPR/Cas9

الهه کمالی، زهره حجتی*، فاطمه رهبری زاده

مجله دانشکده پزشکی اصفهان، پیاپی 612 (هفته چهارم فروردین 1400)، صص 66 -75

مقدمه

ناک اوت ژنی سلول‌های T پرایمری با واسطه‌ی Clustered regularly interspaced short palindromic repeats/ CRISPR-associated protein 9 (CRISPR/Cas9) محدودیت‌های زیادی برای کاربردهای بالینی دارد. انتقال مستقیم پروتئین نوترکیب Cas9 و Guide RNA (gRNA) سنتتیک به عنوان یک کمپلکس ریبونوکلیوپروتئینی از پیش مونتاژ شده (Ribonucleoprotein یا RNP) به یک روش قدرتمند برای ویرایش ژنی بسیار کارآمد در سلول‌های T پرایمری تبدیل شده است. در این مطالعه، از سیستم انتقال مبتنی بر Cas9 RNP برای ناک‌اوت هدفمند ژن‌های T Cell receptor alpha constant (TRAC) و β2 microglobulin (B2M) در سلول‌های T پرایمری انسانی استفاده گردید.

روش‌ها:

بدین منظور gRNAهای اختصاصی برای هدف قرار دادن اگزون‌های ابتدایی ژن‌های TRAC و B2M طراحی شدند. پروتئین Cas9 و gRNAهای سنتتیک مربوطه به طور جداگانه ترکیب شدند و به سلول‌های T پرایمری انسانی جدا شده از سلول‌های تک هسته‌ای خون محیطی (Peripheral blood mononuclear cell یا PBMC) الکتروپوریت شدند. کارایی ویرایش ژنی با روش تجزیه و تحلیل Tracking of Indels by Decomposition (TIDE) و فلوسایتومتری اندازه‌گیری شد.

یافته‌ها:

سه روز پس از الکتروپوریشن سلول‌های T پرایمری با استفاده از کمپلکس‌های RNP هدف‌گیری کننده‌ی TRAC و B2M، آنالیز TIDE کارایی ناک‌اوت 60-13 درصد را برای gRNAهای هدف‌گیری کننده‌ی TRAC و 53-21 درصد را برای gRNAهای هدف‌گیری کننده‌ی B2M مشخص کرد. آنالیز فلوسایتومتری نیز به ترتیب میزان 76 و 27 درصد سرکوب کامل بیان ژن را برای کارآمدترین gRNAهای هدف‌گیری کننده‌ی TRAC (TRAC-gRNA3) و (B2M-gRNA2) B2M تایید کرد.

نتیجه‌گیری:

نتایج این مطالعه، نشان می‌دهد که سیستم Cas9 RNP می‌تواند به طور کارآمدی به سلول‌های T پرایمری منتقل و منجر به ناک‌اوت هدفمند ژن گردد. شیوه‌نامه‌ی شرح داده شده در این مطالعه، راهکار ساده و بسیار کارآمدی به حداکثر رساندن کارایی ویرایش در سلول‌های T پرایمری فراهم می‌سازد و روند ویرایش ژن برای ایمنوتراپی‌های نسل بعدی را تسهیل می‌کند.

کلید واژگان: ناکاوت ژن, ایمنوتراپی, گیرندهی سلول T

Targeted Gene Editing in Human Primary T Cells Using CRISPR/Cas9 Ribonucleoproteins

Elahe Kamali, Zohreh Hojati*, Fatemeh Rahbarizadeh

Journal Of Isfahan Medical School, Volume:39 Issue: 612, 2021, PP 66 -75

Background

Clustered regularly interspaced short palindromic repeats/ CRISPR-associated protein 9 (CRISPR/Cas9)-mediated gene knockout of primary T cell has several limitations for clinical applications. Direct delivery of recombinant Cas9 protein and synthetic gRNA, as a pre-assembled ribonucleoprotein (RNP) complex, has become a potent approach to introduce highly efficient gene editing in primary T cells. In this study, we employed Cas9 RNP-based delivery system for targeted T Cell receptor alpha constant (TRAC) and β2 microglobulin (B2M) genes knockout in human primary T cells.

Methods

Specific gRNAs were designed to target the first exons of TRAC and B2M genes. Cas9 protein and respective synthetic gRNAs were then mixed separately, and electroporated into human primary T cells isolated from peripheral blood mononuclear cells (PBMCs). The gene editing efficiency was quantified using tracking of indels by decomposition (TIDE) analysis and flow cytometry.

Findings

Three days after electroporation of primary T cells with the TRAC and B2M targeting RNP complexes, TIDE analysis revealed the knockout efficiency of 13-60 percent for the TRAC-targeting gRNAs and 21-53 percent for B2M-targeting gRNAs. Flow cytometry analysis confirmed ~76% and ~27% complete loss of expression for the most efficient gRNAs targeting TRAC (TRAC-gRNA3) and B2M (B2M-gRNA2), respectively.

Conclusion

Our results demonstrate that Cas9 RNP system can be efficiently delivered into primary T cells and result in targeted gene knockout. The protocol described here enables a streamlined and highly efficient solution for maximizing editing efficiency in primary T cells, and simplifies the gene editing process for next-generation immunotherapies

Keywords: : Gene knockout techniques, Immunotherapy, T-Cell receptor

تاثیر آبسیزیک اسید، نیترات نقره و سفوتاکسیم بر روی پرآوری درون شیشه ای خیار و ارزیابی کلون های باززایی شده با نشانگر مولکولی AFLP

رسول امیریان، پژمان آزادی، زهره حجتی*

فصلنامه فرآیند و کارکرد گیاهی، سال نهم شماره 4 (پیاپی 38، مهر و آبان 1399)، صص 213 -227

به منظور پرآوری درون شیشه ای خیار (Cucumis sativus L.) با روش اندام زایی، ریزنمونه های برگ بذری دو رقم "بت آلفا" و "دستگردی" استفاده شدند. در طی مراحل اندام زایی جهت ایجاد شاخساره، محیط های کشت MS حاوی 2 میلی گرم در لیتر بنزیل آمینوپورین (BAP) بعلاوه 8 حالت ترکیبی آبسیزیک اسید (ABA) (0 و 1 میلی گرم در لیتر)، نیترات نقره (0 و 5 میلی گرم در لیتر) و سفوتاکسیم (0 و 200 میلی گرم در لیتر) ارزیابی شدند. نتایج حاصل از اندام زایی بیانگر تاثیر معنی دار ABA بر روی افزایش درصد القاء شاخساره و تعداد شاخساره بود. نیترات نقره تنها در محیط های فاقدABA موجب افزایش معنی دار درصد القاء شاخساره و تعداد شاخساره گردید. همچنین اثر نامطلوب سفوتاکسیم مشاهده نشد و حتی در یک حالت افزایش تعداد شاخساره های القایی تحت تاثیر سفوتاکسیم مشاهده گردید. جهت ریشه زایی، شاخساره های جدا شده بر روی 5 محیط مختلف شامل یک محیط فاقد تنظیم کننده رشد و چهار محیط حاوی ایندول بوتیریک اسید (IBA) (1/0 و 1 میلی گرم در لیتر) یا نفتالن استیک اسید (NAA) (1/0 و 1 میلی گرم در لیتر) قرار گرفتند. بیشترین تعداد ریشه در هر شاخساره در ارقام "بت آلفا" (4/9) و "دستگردی" (6/8) در محیط حاوی 1/0 میلی گرم در لیتر IBA مشاهده گردید. جهت ارزیابی پایداری ژنتیکی در بین کلون های حاصل، 10 گیاهچه باززایی شده از رقم بت آلفا به صورت تصادفی انتخاب و توسط نشانگر AFLP بررسی شدند. همچنین 10 گیاهچه باززایی شده از هر دو رقم تحت بررسی سیتوژنتیکی قرار گرفتند. با استفاده از 9 ترکیب آغازگری نشانگر AFLPدر مجموع 293 باند تکثیر شدند که همگی یک شکل و بدون تنوع سوماکلونال بودند. شمارش کروموزومی سلول های مریستمی ریشه بیانگر ثبات پلوییدی در کلون های حاصل بود.

کلید واژگان: القاء ریشه, اندام زائی, تنوع سوماکلونال, برگ بذری, شمارش کروموزومی

The effects of abscisic acid, silver nitrate and cefotaxime on cucumber in vitro organogenesis and evaluation of regenerated clones by AFLP marker

Rasoul Amirian, Pejman Azadi, Zohreh Hojati*

Journal of Plant Process and Function, Volume:9 Issue: 4, 2021, PP 213 -227

In vitro organogenesis of cucumber (Cucumis sativus L.) was evaluated using the cotyledonary explants of “Beth Alpha” and “Dastgerdi” cultivars. Organogenesis was examined on the MS medium containing 2 mgl-1 Benzylaminopurine (BAP) along with eight combinations of abscisic acid (ABA) (0 and 1 mgl-1), silver nitrate (0 and 5 mgl-1), and cefotaxime (0 and 200 mgl-1). The results indicated the significant effect of ABA on increasing the percent of shoot induction and number of regenerated shoots. In the absence of ABA, silver nitrate had a significant effect on shoot induction and number of shoots. Not only the negative effects of cefotaxime was not observed, but also the number of shoots increased in one case. Root induction in the regenerated shoots was also studied using 5 different media including PGR-free MS medium and the media containing indolebutyric acid (IBA) (0.1 and 1 mgl-1) or naphthaleneacetic acid (NAA) (0.1 and 1 mgl-1). The highest number of roots per shoot in “Beth Alpha” (9.4) and “Dastgerdi” (8.6) were observed in the MS medium supplemented with 0.1 mgl-1 IBA. The genetic stability among 10 randomly selected clones of “Beth Alpha” cultivar was evaluated using AFLP markers. Besides that, cytogenetic assessment of 10 clones from each cultivar was implemented. In total 293 monomorphic bands were amplified using 9 primer combinations of AFLP marker, indicating the absence of somaclonal variation. The chromosome counting of root meristematic cells revealed the stability of ploidy level among regenerated clones.

Keywords: Cotyledon, Chromosome counting, Organogenesis, Root induction, Somaclonal variation

بررسی ارتباط بین ژنTNC و بیماری پوکی استخوان

نسرین السادات نبوی زاده، زهره حجتی*

مجله دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی یزد، سال بیست و هشتم شماره 10 (پیاپی 170، دی 1399)، صص 3121 -3133

مقدمه

بیماری پوکی استخوان از شایع ترین علل شکستگی استخوان در دوران پیری است. بررسی پوکی استخوان در افراد مسن به دلیل هتروژن بودن فرایند پیری بسیار پیچیده است. هدف از این مطالعه بررسی ارتباط ژن TNC در بیماران مبتلا به سندرم ارثی و بسیار نادر پوکی استخوان با عنوان استیوژنزیز ایمپرفکتا است. مطالعه برروی این بیماران به دلیل مونوژنیک بودن بیماری ارثی پوکی استخوان می تواند برای شناسایی بیومارکر اختصاصی درروند پوکی استخوان حایز اهمیت باشد.

روش بررسی

در این مطالعه مورد شاهدی، از بیماران مبتلا به استیوژنزیز ایمپرفکتا به عنوان مدل آزمایشگاهی ساده و مونوژن برای بررسی نقش احتمالی ژن TNC در پوکی استخوان استفاده شده است. بدین منظور، ابتدا از طریق آنالیز بیوانفورماتیکی، شبکه پروتئینی TNC و مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با پروتئین های این شبکه بررسی شدند. سپس، بافت پوست از 3 بیمار مبتلا به سندرم وراثتی پوکی استخوان و دو فرد سالم گرفته شد و پس از کشت بافت پوست، سلول های فیبروبلاست از سلول های کراتینوسیت جداسازی شد. سپس RNA هر نمونه سلولی از دو پاساژ مختلف استخراج و پس از سنتز cDNA، بیان ژن TNC در سلول های بیمار و سالم توسط روش Real-time PCR و از طریق تکرارهای مختلف سنجیده شد.

نتایج

پروتئین های شبکه TNC با مسیرهای بیولوژیکی مرتبط در فرایند استخوان زایی به طور معناداری در ارتباط هستند. میزان بیان ژن کاندید TNC در سلول های فیبروبلاست سالم و بیمار پوکی استخوان بررسی و افزایش معنادار بیان این ژن در سلول های افراد بیمار با استفاده از تکرارهای بیولوژیکی و تکنیکی (0/005p = ، 0/007p =) و از طریق آنالیز Student t.test تایید گردید. در این مطالعه از نرم افزارهای Excel و GraphPad Prism 5.0 (GraphPad Software ,Inc, San Diego ,CA) استفاده شده است.

نتیجه گیری:

افزایش بیان ژن TNC در بیماری مونوژنیک پوکی استخوان می تواند نمایانگر نقش احتمالی این ژن در روند پوکی استخوان باشد و این ژن را به عنوان بیومارکر این بیماری معرفی کند. مطالعه برروی بیماری نادر استیوژنزیز ایمپرفکتا به عنوان یک مدل آزمایشگاهی ساده و مونوژن برای بررسی بیماری هتروژن پوکی استخوان است و برای تایید نهایی، نیاز است تا بیان ژن کاندید در جامعه آماری مناسب متشکل از افراد مبتلا به پوکی استخوان بررسی شود.

کلید واژگان: پوکی استخوان, بیماری مونوژنیک, TNC, Real-time PCR, مسیرهای بیولوژیکی

Exploring the Correlation between TNC Gene and Osteoporosis

Nasrinsadat Nabavizadeh, Zohreh Hojati*

Journal of Shaeed Sdoughi University of Medical Sciences Yazd, Volume:28 Issue: 10, 2020, PP 3121 -3133

Introduction

Osteoporosis is one of the main causes of bone fractures in old age. The examination of osteoporosis in the elderly is very complicated due to the heterogeneity of the aging process. This study aimed to investigate the correlation of the TNC gene in the patients with an inherited and very rare osteoporosis syndrome. The importance of this study was the identification of a specific biomarker for the osteoporosis process in a monogenic disease.

Methods

In this case-control study, the patients with Osteogenesis Imperfecta were used as a simple and monogenic model to investigate the possibility of TNC gene role in osteoporosis. For this purpose, TNC protein network and its related biological pathways were firstly evaluated by bioinformatic analysis. Then, skin biopsies were taken from 3 patients with inherited osteoporosis syndrome called Osteogenesis Imperfecta and two healthy individuals. After culturing the biopsy, fibroblast cells were isolated from keratinocyte cells. Then, the total RNA of each sample was extracted from two different passages and cDNA was synthesized. Subsequently, the expression of TNC gene was measured by Real-time PCR in healthy and patient cells using various replicates.

Results

TNC network proteins are significantly associated with the biological pathways involved in the ossification process. The expression of the TNC gene was assessed in wild type and patient cells. Finally, our results confirmed a significant increase in the expression of TNC in the patients’ compared to wild types’ cells by using technical and biological replicates (p:0.005, p:0.007) and Student t-test. In this study, Excel and GraphPad Prism 5.0 software (GraphPad Software, Inc., San Diego, CA) were used.

Conclusion

Increased expression of TNC gene in a monogenic osteoporosis syndrome can indicate the potential role of this gene in the process of bone loss and introduce this gen as a new biomarker for osteoporosis. The study on rare Osteogenesis Imperfecta syndrome is a simple and monogenic model to investigate the heterogeneous osteoporosis. Therefore, the expression of the candidate gene needs to be evaluated and confirmed in an appropriate statistical population composed of patients with osteoporosis.

Keywords: Osteoporosis, Monogenic disease, TNC, Real-time PCR, Biological pathways

ارتباط مسیر پیام رسانی هیپو با فرایند میلیناسیون در بیماری مالتیپل اسکلروزیس

شیدا خلیلیان، فریبا دهقانیان، زهره حجتی*

مجله دانشکده پزشکی دانشگاه علوم پزشکی مشهد، سال شصت و سوم شماره 5 (پیاپی 173، آذر و دی 1399)، صص 2730 -2744

مالتیپل اسکلروزیس (ام اس) یک بیماری خود ایمنی التهابی بوده که منجر به تخریب میلین و تحلیل آکسونی می‏گردد. از آن جا که ام اس از شایع ترین بیماری های نورولوژیک، بویژه در جوانان است، به عنوان یکی از نگرانی های اصلی در سلامت عمومی مطرح می شود. بنابراین، شناخت مکانیسم های مولکولی که در ایجاد و پیشرفت ام اس نقش دارند از اهمیت به سزایی برخوردار است. مکانیسم های مولکولی فراوانی فرآیند میلیناسیون در سیستم عصبی را کنترل نموده و هرگونه تغییر در این مکانیسم های تنظیمی منجر به اختلال در فرآیند میلیناسیون می‎شود. درمان های فعلی مکانیسم ایمنی دخیل در روند بیماری را کنترل نموده و بنابراین فقط در مراحل اولیه بیماری موثر هستند و هیچ تاثیری در میلیناسیون مجدد آکسون ها ندارند. اما درمان هایی که میلیناسیون مجدد را تقویت می کنند، امکان تاخیر یا جلوگیری از ناتوانی را فراهم می کنند. مطالعات اخیر به بررسی نقش ژن های کلیدی مسیر هیپو در میلیناسیون سلول های گلیال میلینه کننده پرداخته اند. طبق این مطالعات، فعالیت YAP1 / TAZ و تنظیم منفی آن در مسیر هیپو از طریق CRB3 که یک فاکتور قطبیت سلولی است، سنتز غلاف میلین را تنظیم می کند. بنابراین، عدم تنظیم این ژن ها می تواند در بیماری زایی بسیاری از بیماری های مرتبط با سیستم عصبی نقش بسزایی داشته باشد. از آنجا که تا کنون مرور جامعی از ارتباط مسیر سیگنالینگ هیپو با بیماری ام اس انجام نشده است؛ در این مطالعه ضمن مروری غیر سیستماتیک و کلی بر بیماری ام اس و فاکتورهای استعداد ابتلا به این بیماری، به بررسی مسیر پیام رسانی هیپو به عنوان یک مسیر دخیل در نقص فرآیند میلیناسیون در بیماری ام اس پرداخته می‎شود.

کلید واژگان: مالتیپل اسکلروزیس, مسیر پیام رسانی هیپو, میلین, قطبیت سلولی

Association between Hippo signaling pathway and myelination process in the Multiple sclerosis

Sheyda Khalilian, Fariba Dehghanian, Zohreh Hojati *

Medical Journal of Mashhad University of Medical Sciences, Volume:63 Issue: 5, 2020, PP 2730 -2744

Multiple sclerosis is an autoimmune inflammatory disease that causes the destruction of myelin and axonal degeneration. Given that multiple sclerosis is one of the most common neurological diseases, especially in young people, this disease is one of the main public health concerns. Therefore, it is important to understand the molecular mechanisms involved in the development of MS. Many molecular mechanisms control the process of myelination in the nervous system, and any changes in these regulatory mechanisms lead to impaired myelination. Current therapies have focus on controling the immune mechanisms involved in the disease process and are therefore only effective in the early stages of the disease and have no effect on axonal remyelination. But, therapies that reinforce the remyelination process may delay or prevent disability. Some recent studies have investigated the role of key genes of the Hippo signaling pathway in the myelination process of myelinating glial cells. According to these studies, the activity of YAP1/TAZ and its negative regulation in the Hippo pathway via CRB3, a cellular polarization factor, regulates myelin sheath synthesis. Thus, dysregulation of these genes can play a major role in the pathogenesis of many diseases related to the nervous system. Because there is no comprehensive review of the relationship between the hippo signaling pathway and multiple sclerosis; in this study, in addition to a narrative review of MS and its predisposing factors, the Hippo pathway as a pathway implicated in the defect of the myelination process in MS was investigated.

Keywords: Multiple Sclerosis, Hippo Pathway, Myelin, Cell Polarity

RNA کوچک مداخله گر؛ مبانی، کاربردها و چالش ها

شیدا خلیلیان*، حدیث خیری، دکتر زهره حجتی

فصلنامه آزمایشگاه و تشخیص، پیاپی 47 (بهار 1399)، صص 62 -69

خاموشی ژن ها با استفاده از (RNA interference) RNAi، اخیرا به عنوان یک تکنیک آزمایشگاهی موفق در تعیین عملکرد و کنترل بیان ژن ها به کار می رود و طیف وسیعی از کاربردها را در بیولوژی مولکولی و ژن درمانی فراهم کرده است. RNAi یک روش سرکوب بیان ژن می باشد که در این راستا از یک RNA دو رشته ای 23-21 نوکلیوتیدی به نام siRNA (Small Interfering RNA)، استفاده می شود. این RNA ها با اثر گذاری بر روی mRNA هدف، نقش مهمی در تنظیم رونویسی، خاموشی ژن ها و دمتیلاسیون DNA دارند و mRNA رونویسی شده از این هدف را با کمک کمپلکس آنزیم (RNA-induced silencing complex) RISC تجزیه می کنند. به کارگیری این RNA ها از تکثیر و پیشرفت انواع عفونت های ویروسی، باکتریایی، انگلی و... جلوگیری کرده است. اگر چه استفاده از تکنیک RNAi، به عنوان یک روش قدرتمند درمانی مطرح می باشد، ولی انتقال siRNA به درون سلول با محدودیت های بسیاری مواجه است. طراحی انواع متعدد حامل ها از جمله نانوپارتیکل ها انقلابی را در انتقال siRNA به پا کرده است. این نانوپارتیکل ها برای غلبه بر یک یا چند سد درون سلولی و خارج سلولی طراحی شده اند. تکنیک RNAi با مطالعات گسترده ای در سراسر دنیا رو به تکامل است. در این مقاله مروری، با استفاده از منابع معتبر علمی، به بررسی استراتژی های اخیر در انتقال siRNA و چالش های بر سر راه و همچنین پیشرفت هایی در زمینه درمان بیماری ها به واسطه siRNA پرداخته می شود.

کلید واژگان: RNAi, siRNA, خاموشی ژنی, ژن درمانی, نانوپارتیکل ها

تجزیه و تحلیل های ساختار ثانویه RNA و qRT-PCR مرتبط با anti-CD25 CAR بیان شده در رده ی سلولی NK-92

معین دهباشی، زهره حجتی*، مجید متولی باشی، مزدک گنجعلی خانی حاکمی

مجله دانشگاه علوم پزشکی قم، سال چهاردهم شماره 2 (پیاپی 97، اردیبهشت 1399)، صص 1 -12

زمینه و هدف

سلول های T تنظیم کننده ی رخنه کننده در تومور (TI-Treg) عملکرد مهمی را در فرار سرطان از سیستم ایمنی اجرا می کنند. در این پژوهش، نسل سوم سازه ی CAR علیه آنتی ژن CD25 انسانی به عنوان نشانگر زیستی مهم سطح سلول های TI-Treg طراحی شده است.

روش بررسی

ابتدا سازه ی anti-CD25 CAR طراحی شد. با استفاده از وب سرور RNAfold، ساختار ثانویه RNA ارزیابی شد. همچنین با استفاده از وکتورهای لنتی ویروسی، رده ی سلولی NK-92 ترابرد شد. سپس سطح بیان RNA anti-CD25 CAR به وسیله qRT-PCR در سلول های NK-92 ترابردشده با وکتورهای انتقالی CAR و تقلیدی و همچنین سلول های تیمارنشده ارزیابی شد.

یافته ها

ساختار ثانویه ی RNA پایدار بود. همچنین سطح بیان RNA anti-CD25 CAR در سلول های NK-92 ترابردشده به وسیله ی وکتور انتقالی pCDH-513B-1-anti-CD25 CAR به طور معنی داری بیش از سلول های NK-92 ترابردشده با وکتور انتقالی تقلیدی و سلول های تیمارنشده بود (P˂0.0001).

نتیجه گیری

مطالعه حاضر روی anti-CD25 CAR RNA نشان داد رونوشت های این نوع CAR پایدار بود و در سطح بالایی بیان شد. درواقع، این نوع CAR می تواند در آینده همچون ابزاری برای حذف فرار سرطان از سیستم ایمنی در انواع سرطان های جامد و مایع بیشتر بررسی شود.

کلید واژگان: بیولوژی کامپیوتری, بیوانفورماتیک, انفورماتیک, qRT-PCR, anti-CD25 CAR, ترابرد, فرار تومور- ایمنی شناسی

‌RNA secondary structure and qRT-PCR analyses pertained to expressed anti-CD25 CAR in NK-92 cell line

Moein Dehbashi, Zohreh Hojati *, Majid Motovali-bashi, Mazdak Ganjalikhani-Hakemi

Qom University of Medical Sciences Journal, Volume:14 Issue: 2, 2020, PP 1 -12

Background and Objectives

Tumor-infiltrating regulatory T (TI-Treg) cells perform the significant function in cancer immune escape. In this study, the third generation CAR construct was designed against human CD25 antigen, the significant cell surface biomarker of TI-Tregs.

Methods

Initially, the construct of anti-CD25 CAR was designed. Using RNAfold web server, the RNA secondary structure was evaluated. Also, utilizing lentiviral vectors, NK-92 cell line was transduced. Afterward, the expression level of anti-CD25 CAR RNA was assessed by qRT-PCR in NK-92 cells transduced with CAR and mock transfer vectors and also untreated cells.

Results

The RNA secondary structure was stable. Also, the expression level of anti-CD25 CAR RNA in transduced NK-92 cells by pCDH-513B-1-anti-CD25 CAR transfer vector was significantly higher than transduced NK-92 cells by mock transfer vector and untreated cells (p˂0.0001).

Conclusion

The present study on anti-CD25 CAR RNA showed that this type of CAR transcripts were stable and expressed at high level. In fact, this type of CAR can be further studied in the future as a tool to remove the cancer immune escape in all types of solid and liquid cancers.

Keywords: Bioinformatic, qRT-PCR, anti-CD25 CAR, Transduction, Cancer immune escape

مقایسه اتصال اینترفرون بتای طبیعی و جهش یافته (mHuIFN-β 27-101) به پذیرندهIFNRA به کمک داکینگ مولکولی

زهره حجتی*، سید شریف بلخی

مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی، سال پنجم شماره 3 (پیاپی 17، پاییز 1397)، صص 411 -422

مقدمه

اینترفرون بتا جزء گروه I اینترفرون ها می باشد. ایجاد جهش های R27T و V101F از جمله پژوهش های مهم صورت گرفته در جهت بهبود عملکرد، کاهش ایمونوژنیسیتی، افزایش بیان و افزایش نیمه عمر آن می باشد. در این تحقیق اثر جهش های R27T و V101F بر اتصال اینترفرون بتا نوترکیب به پذیرنده IFNAR به کمک داکینگ مولکولی مورد بررسی قرار گرفت.

روش

این مطالعه به صورت بیوانفورماتیکی انجام شد. ساختارهای کریستالی مورد نیاز از بانک اطلاعاتی RCSB تهیه گردید. شبیه سازی جهش R27T و V101Fدر نرم افزار بر خط Rosetta Bakrub انجام گرفت. مقایسه دسترسی به حلال برای اسید آمینه ها در ساختارهای ایجاد شده، در سرور برخط asaview انجام گرفت. همچنین اثر جهش های ایجاد شده بر ساختار و پیچ خوردگی پروتئینی در سرور برخط Hope و نرم افزار SPDBV و داکینگ مولکولی بین HuIFN-β و ناحیه خارجی پذیرنده IFNAR با استفاده از سرور برخط داکینگ پروتئین-پروتئین ClusPro2 انجام گرفت.

نتایج

مقایسه مقادیر منفی ترین سطح انرژی اتصال (ΔGbind) حاصل از داکینگ مولکولی پروتئین-پروتئین بین پذیرنده IFNAR و لیگاندهایHuIFN-β، mHuIFN-β-27، mHuIFN-β-101 و mHuIFN-β-27-101 تفاوت فاحشی را نشان ندادند و اختلاف معنی داری بین آن ها مشاهده نگردید (0/99P>).

نتیجه گیری

با توجه به این نتایج می توان استنباط کرد که جهش های ایجاد شده اثر منفی بر تشکیل ترکیب rHuIFN-β/IFNAR ندارد و اختلالی در اتصال اینتر فرون بتای نوترکیب به پذیرنده ایجاد نمی کند و باعث افزایش بهبود و کیفیت rHuIFN-β تولیدی گردید.

کلید واژگان: اینترفرون بتا, داکینگ مولکولی, پذیرنده اینترفرون

Comparison of Wild Type and Mutated (mHuIFN-β 27-101) Interferon Binding to the IFNRA Receptor by Molecular Docking

Zohreh Hojati *, Sayed Sharif Balkhi

Journal of Health and Biomedical Informatics, Volume:5 Issue: 3, 2018, PP 411 -422

Introduction

Interferon beta is one of the members of type I interferons. Creating R27T and V101F mutations is one of the important researches performed to improve function, decrease immunogenicity, increase expression and increase half-life of interferon beta. In this study, the effects of R27T and V101F mutations on interferon beta binding to interferon receptors were studied by molecular docking.

Method

This study was performed through Bioinformatics methods. The required crystal structures were provided by the RCSB server. The simulations of R27T and V101F mutations were performed using online Rosetta Backrub software. Comparison of access to the solvent for the amino acids in the created structures was performed using asaview online server. Also, the effect of mutations on the structure and protein folding was investigated by the online Hope server and SPDBV software. The molecular docking between HuIFN-β and the external region of IFNAR receptor was performed using the online ClusPro2 protein-protein docking server.

Results

The comparison of the values of the negative binding energy (ΔGbind) obtained from protein-protein molecular docking between IFNAR receptor and HuIFN-β, mHuIFN-β-27, mHuIFN-β-101 and mHuIFN-β-27-101 ligands did not show a significant difference (P> 0.99).

Conclusion

Regarding these results, it can be concluded that the produced mutations do not have a negative effect on the forming of rHuIFN-β/IFNAR complex and does not interfere with the binding of the interferon beta to the receptor and thus improves the quality of the produced rHuIFN-β.

Keywords: Interferon Beta, Molecular Docking, IFNAR

بررسی ارتباط پلی مرفیسم rs3745453 با ریسک ابتلا به بیماری مالتیپل اسکلروزیس

زینب گلشنی، زهره حجتی، علی شریف زاده*، وحید شایگان نژاد، مجتبی جعفری نیا

مجله دانشکده پزشکی دانشگاه علوم پزشکی مشهد، سال شصتم شماره 5 (پیاپی 154، آذر و دی 1396)، صص 681 -688

مقدمه مولتیپل اسکلروزیس(MS)، از بیماری های خود ایمن سیستم عصبی مرکزی است، امروزه مشخص شده است که تغییر در توالی تک نوکلئوتید ها یا SNP با ابتلا یا مقاومت به بیماری ها در ارتباط است. در مطالعات اخیر ارتباط پلی مرفیسم میکرو RNA با بیماری هایی از جمله سرطان و بیماری های خود ایمنی گزارش شده است. میکروRNA گروهی از RNA های غیرکدکننده بوده که در انواع فرایند های بیولوژیک سلولی مانند رشد، تقسیم سلولی و ایمنی اثرگذارند.
روش کار از71 بیمار MS و71 فرد سالم، نمونه خون جمع آوری وDNA استخراج شد. آنالیز ژنوتیپی با تکنیک TARMS PCR بررسی شد. ارتباط پلی مرفیسم rs3745453 با بیماری ام اس با آزمون های آماری ارزیابی شد.
نتایج فراوانی ژنوتیپی TT ، TC وCC در افراد بیمار 34 ، 24،13 و در گروه کنترل 39، 11 و21 درصد بود. در هر دو گروه، ژنوتیپ TT غالب و فراوانی هتروزیگوتها در افراد بیمار نسبت به گروه کنترل بیشتر بود. نسبت شانس (OR) در ژنوتیپ TC برابر با 7/2 بود. به عبارتی افراد هتروزیگوت، 7/2 برابر نسبت سایر افراد شانس ابتلا به بیماری MS را دارند.
نتیجه گیری مطالعه حاضر اولین گزارش از ارتباط بین پلی مرفیسم mir23a و بیماری MS می باشد. با توجه به نتایج به دست آمده می توان گفت که پلی مورفیسم mir 23a با شناسه rs3745453 با MS در ارتباط است (029/0=p).

کلید واژگان: پلی مرفیسم, میکروRNA, مالتیپل اسکلروزیس

Association between rs3745453 Gene Polymorphism and the Risk of Multiple Sclerosis

Zeynab Golshani, Zohreh Hojati, Ali Sharifzadeh *, Vahid Shaygannejad, Mojtaba Jafarinia

Medical Journal of Mashhad University of Medical Sciences, Volume:60 Issue: 5, 2018, PP 681 -688

Introduction

Multiple Sclerosis (MS) is a major autoimmune disease of the central nervous system. Today it is specified that changes in the sequence of single nucleotides or SNPs are associated with disease or resistance to disease. In recent studies, the association of micro-RNA polymorphism has been reported with diseases such as cancer and autoimmune diseases. Micro RNA is a group of non-coding RNA that affects a variety of biological processes such as growth, cell division, and immunity.

Materials and Methods

blood samples were collected from 71 MS patients and 71 healthy subjects, and DNA was extracted. Genotyping analysis was performed using TARMS PCR technique. The relationship between rs3745453 polymorphism and MS was evaluated by statistical tests.

Results

TT, TC and CC genotypic frequencies are 34, 24 and 13 in patients and 39, 11 and 21% in control group respectively. In both groups, the TT genotype was dominant and heterozygote frequencies were higher in patients than control group. Odd ratio (OR) in TC genotype was 2.7. In other words, heterozygote individuals have a 2.7 times higher chance of MS than others

Conclusion

This study was the first report of the relationship between mir23a polymorphism and MS disease. According to the results, we can say that mir 23a rs3745453 polymorphism is associated with Multiple sclerosis (P = 0.029). It is suggested that further studies should be done with more samples.

Keywords: Polymorphism, Micro RNA, Multiple sclerosis

بررسی میزان ترشح خارج سلولی پپتید ضد سرطان VEGF111b در سلول های انسانی HEK-293

مرتضی صادقی*، زهره حجتی

مجله فیض، سال بیست و یکم شماره 1 (پیاپی 92، فروردین و اردیبهشت 1396)، صص 28 -34

سابقه و هدف

VEGF111b یک ایزوفرم جدید از فاکتورهای رشد اندوتلیال عروقی (VEGF) است که اخیرا به عنوان یک داروی ضد سرطان مطرح شده است. هدف مطالعه حاضر بررسی میزان ترشح این پروتئین از دیواره سلول های HEK293 به منظور تولید تجاری این فاکتور نوترکیب است.

مواد و روش ها

توالی VEGF111b توسط نرم افزار OLIGO و اطلاعات ژن بانک NCBI طراحی و داخل وکتور pBUD.cE4.1کلون شد. وکتور نوترکیب pBUD.VEGF111b با استفاده از کیت لیپوفکتامین به داخل سلول های HEK293 ترانسفکت شد. تولید VEGF111b 48 ساعت بعد از ترانسفکشن در عصاره لیز سلولی توسط وسترن بلاتینگ و آنتی بادیHuman anti-VEGF بررسی شد. میزان ترشح VEGF111b در عصاره لیز سلولی و محیط کشت سلولی به روش ELISA اندازه گیری گردید.

نتایج

کلونیتگ صحیح قطعهVEGF111b در وکتور pBUD.cE4.1 توسط هضم آنزیمی و ژل الکتروفورز تائید شد. مشاهده باند شارپ 12 کیلودالتن در نتایج وسترن بلات عصاره لیز سلولی نشان گر تولید پپتید نوترکیب VEGF111b در سلول های HEK293 بود. نتایج الایزا در جذب نوری 450 نانومتر برای VEGF111bدر محیط کشت سلولی و عصاره لیز سلولی به ترتیب برابر با 2/81±19/20 pg/ml و pg/ml7/42± 32/87 بود. و در نمونه های کنترل منفی بیان VEGF-111b مشاهده نشد.

نتیجه گیری

یافته های این مطالعه نشان گر قابلیت بالای انتقال و ترشح VEGF111b از دیواره سلول های HEK293 به محیط کشت سلولی بدون شکستگی و هضم پروتئولیتیکی است. به نظر می رسد تولید تجاری این پپتید دارویی و تخلیص از محیط کشت سلولی HEK293 با بازدهی بالا امکان پذیر باشد.

کلید واژگان: فاکتور رشد اندوتلیال عروقی A, ترشح, HEK293

Evaluation of anticancer peptide VEGF111b secretion in HEK293 human cells

Morteza Sadeghi*, Zohreh Hojati

Feyz, Volume:21 Issue: 1, 2017, PP 28 -34

Background

VEGF111b is a new isoform of vascular endothelial growth factor (VEGF) recently considered as a new anticancer drug. The aim of this study was to evaluate the VEGF111b secretion from HEK293 cell wall in order to commercial production of this recombinant factor.

Materials And Methods

After the design of VEGF111b sequence using OLIGO software and NCBI gene bank data, it was cloned into the pBUD.cE4.1 vector. The pBUD.VEGF111b recombinant vector was transfected into HEK293 cells using lipofectamine kit. Forty-eight hours after the transfection the production of VEGF111b was estimated by Western blotting and Human anti VEGF antibody. The VEGF111b secretion into cell culture and cell lysate extract was measured using ELISA.

Results

The correct cloning of VEGF111b into pBUD.cE4.1vector was confirmed using enzymatic digestion and gel electrophoresis. The observed production of recombinant peptide in HEK293 was confirmed with 12KDa band in cell lysate extract of Western blotting. The ELISA results at 450 nanometer absorbance for cell culture media and cell lysate extract were 19.20±2.81 pg/ml and 32.87±7.42 pg/ml, respectively. However, no VEGF111b expression was observed in negative controls.

Conclusion

The findings of this study indicate the powerful ability of transformation and secretion of VEGF111b from HEK293 cell wall to cell culture media with no breaking and proteolytic digestion. It seems that the commercial production and purification of this therapeutic peptide from HEK293 cell culture would be possible with high efficiency.

Keywords: Vascular Endothelial Growth Factor A, Secretion, HEK293

بررسی میزان تولید پپتید ضد سرطان VEGF-111b در سلول های انسانی ترنسفکت شده از طریق Real Time- PCR

مرتضی صادقی، زهره حجتی

مجله دانشگاه علوم پزشکی مازندران، پیاپی 145 (بهمن 1395)، صص 20 -28

سابقه و هدف

فاکتورهای رشد اندوتلیالی تیپ b با فعالیت ضد رگ زایی و مهار رشد تومورها به عنوان داروهای جدید ضدسرطان مورد توجه هستند. در این مطالعه هدف بررسی میزان بیان vegf111b در سلول های انسانی HEK293 بوده است.

مواد و روش ها

در این مطالعه تجربی سلول های HEK293 توسط وکتور pBUD.VEGF111b حاوی ژن VEGF111B به روش لیپوفکتامین ترنسفکت شدند و mRNA سلول های ترنسفکت شده و سلول های کنترل استخراج شدند و از روی آن cDNA ساخته شدو میزان بیان vegf111b از طریق Real time-PCR اندازه گیری شد.

یافته ها

ترنسفکشن سلول های HEK293 با موفقیت انجام شد و 48 ساعت پس از ترنسفکشن سلول های HEK293 ، ct مربوط به بیان vegf111b در سلول های ترنسفکت شده برابر 23.17 و ct مربوط به بیان ژن کنترل GAPDH در این سلول ها برابر 21.11 بود. در سلول های کنترل (ترنسفکت نشده) و ct مربوط به GAPDH برابر 21.09 بود و هیچ بیانی از vegf111b در این سلول ها مشاهده نشد.
استنتاج: بیان مناسب پروتئین نوترکیب vegf111b در سلول های HEK293 نخستین گام برای تولید و تحقیقات بیش تر روی این پروتئین است و با انجام این مطالعه امکان استفاده از این محصول در تحقیقات بعدی روی مهار رگ زایی و درمان سرطان فراهم شد.

کلید واژگان: فاکتور رشد اندوتلیال عروقی, ترنسفکشن, سلول HEK293

Evaluation of VEGF-111b Anticancer Peptide Production in Transfected Human Cells Using Real time- PCR Analysis

Morteza Sadeghi, Zohreh Hojati

Journal of Mazandaran University of Medical Sciences, Volume:26 Issue: 145, 2017, PP 20 -28

Background and

Purpose

Endothelial growth factor type b with anti-angiogenic activity and inhibition of tumor growth are considered as new anticancer drugs. The aim of this research was to study the expression of vegf111b in HEK293 human cells.

Materials And Methods

In this experimental study, HEK293 cells were transfected by pBUD.VEGF111b vector containing the VEGF111B gene through lipofectamine method. The mRNA of transfected cells and control cells were extracted and cDNA was built over it. Then, the expression levels of vegf111b were measured using Real time- PCR.

Results

Transfection of HEK293 cells was successfully done and 48 hours after transfection of HEK293 cells, ct of the vegf111b expression in transfected cells was 23.17 and ct of the GAPDH control gene expression in these cells was 21.11. In the control (untransfected) cells the ct of GAPDH was 21.09 and there was no expression of vegf111b in these cells.

Conclusion

Expression of Vegf111b recombinant protein in HEK293 cells is the first step for further research on this protein. Current study has provided the possibility of using this product for future research on angiogenesis and cancer treatments.

Keywords: vascular endothelial growth factor, transfection, HEK293 cells

طراحی، ترانسفورماسیون و تکثیر ایزوفرم نوترکیبVEGF111b در E. coli Top10 برای تولید داروی نوترکیب

مرتضی صادقی*، زهره حجتی

مجله فیض، سال بیستم شماره 5 (پیاپی 90، آذر و دی 1395)، صص 447 -453

سابقه و هدف

سنتز پروتئین های نوترکیب با خاصیت مهار گیرنده های رشد در تومورهای سرطانی یکی از راه های جدید درمان سرطان است. هدف مطالعه حاضر طراحی و کلون ایزوفرم نوترکیبVEGF111b در وکتور pBudCE4.1 و بررسی سازگاری این سازه با باکتری E. coli Top10 جهت تولید داروی نوترکیب است.

مواد و روش ها

ایزوفرم جدید VEGF111b با استفاده از توالی های موجود در بانک های ژنی و نرم افزار 7 oligoطراحی شده و توسط آنزیم های BGLII و KpnI بریده شده و در پایین دست پروموتور EF-1 در وکتور pBudCE4.1 کلون شد. وکتور نوترکیب pBud.VEGF111b توسط روش کلرید کلسیم در باکتری E. coli Top10 ترانسفورم شد. جداسازی باکتری های نوترکیب در محیط LBA حاوی غلظت 3/0 و 5/0 درصد آنتی بیوتیک زئوسین انجام شد. در مرحله آخر وکتور نوترکیب با استفاده از کیت استخراج DNA از ژل (Thermo K0513) استخراج شده و وجود قطعه نوترکیب VEGF111b توسط هضم آنزیمی و تعیین توالی تائید شد.

نتایج

الحاق قطعه 111b در جایگاه مورد نظر تائید شد. تمامی کلونی های E. coli Top10 مشاهده شده در محیط حاوی غلظت 0/5 درصد زئوسین حاوی قطعه نوترکیب VEGF111b بودند و در غلظت 0/3 درصد زئوسین، 61/9 درصد کلونی نوترکیب مشاهده شد. وجود توالیVEGF111b در باکتری های نوترکیب توسط هضم آنزیمی و تعیین توالی تائید شد.

نتیجه گیری

مطالعه حاضر گامی مهم در جهت تولید داروی نوترکیبVEGF111b و بررسی عملکرد ضد سرطانی این پروتئین است. وکتورpBudCE4.1 با دارا بودن 2 جایگاه کلونینگ و 8 جایگاه برش آنزیمی کاندید مناسبی برای کلونینگ و بیان پروتئین های نوترکیب در E. coli Top10 است.

کلید واژگان: E, coli, پروتئین نوترکیب, VEGF111b

Design, transformation and proliferation of VEGF111b recombinant isoform in Escherichia coli Top10 in order to produce recombinant drugs

Morteza Sadegi *, Zohreh Hojjati

Feyz, Volume:20 Issue: 5, 2016, PP 447 -453

Background

The synthesis of recombinant proteins with the aim of inhibiting the tumor receptors is one of the new approaches in cancer treatment. The aim of this study was to design and clone the VEGF 111b recombinant isoform in pBudCE4.1 vector and assess its compatibility with E.coli Top10 in order to produce some recombinant drugs.

Materials And Methods

The VEGF111b new isoform designed using gene sequences available in the databases and oligo 7 software was digested by BglII and KpnI enzymes. Then it was cloned at downstream of the EF-1 promoter in the pBudCE4.1vector.
Isolation of recombinant bacteria was done in LBA medium with the concentration of Zeocin antibiotic (3% and 5%). In the final step, the recombinant vector was extracted using DNA gel extraction kit and VEGF111b recombinant fragment was confirmed by enzyme digestion and sequencing.

Results

The ligation of 111b fragment in expected site was confirmed. The entire E.coli Top10 colonies were observed in Zeocin medium (5%) containing recombinant VEGF111b fragment and recombinant colonies (61.9%) were observed at Zeocin medium (3.0%). The existence of VEGF111b sequences in recombinant bacteria was confirmed by enzyme digestion and sequencing.

Conclusion

The present study is an important step in the production process of VEGF111b recombinant protein and evaluating its anticancer effect. Moreover, the pBudCE4.1 vector containing 2 cloning sites and 8 enzyme excision sites is a good candidate for cloning and expression of recombinant proteins in E.coli TOP10.

Keywords: E.coli, Recombinant Protein, VEGF111b

استفاده از DNA کاتالیست ها: راه کاری نوین در درمان بیماری ها

فریبا دهقانیان، زهره حجتی*، فاطمه جوادی زرنقی

فصلنامه تازه های بیوتکنولوژی سلولی مولکولی، پیاپی 23 (تابستان 1395)، صص 9 -18

DNA کاتالیست ها (دئوکسی ریبوریم ها، DNA آنزیم ها، DNAزایم ها)، مولکول های DNA تک رشته ای، کاتالیتیک و مصنوعی می باشند. با استفاده از تکنیک In vitro selection، DNA کاتالیست هایی با توانایی کاتالیز واکنش های برش RNA ، اتصال RNA و طیف وسیعی از دیگر واکنش های شیمیایی شناسایی شده است. DNA کاتالیست ها به صورتIn vitro و به عنوان ابزارهای بیوشیمیایی و آنالیتیکی و هم چنین به عنوان سنسور مورد استفاده قرار می گیرند. این توالی های کاتالیتیک هم چنین به عنوان عوامل درمانی و به صورت In vivo به منظور هدف قرار دادن یک mRNAی اختصاصی نیز کاربرد دارند.
اگرچه سوال های مفهومی و عمل کردی زیادی در ارتباط با DNA کاتالیست ها باقی مانده است، اما آن ها به عنوان یک امید تازه در حوزه ی کاربردهای In vitro و In vivo مطرح می شوند. در این بررسی به مطالعه مفهوم و انواع مختلف DNA کاتالیست ها، تکنیک In vitro selection و کاربردهای درمانی آن ها پرداخته شده است. این مطالعه هم چنین به بررسی چالش ها و راه کارهای مقابله با آن ها در حوزه استفاده درمانی از DNA کاتالیست ها برای درمان بیماری های مختلف شامل سرطان ها، عفونت های باکتریایی و ویروسی می پردازد.

کلید واژگان: DNA کاتالیست ها, In vitro selection, کاربردهای درمانی, mRNAی هدف

بررسی ارتباط میان پلی مورفیسم های اگزون 12 و اگزون 24 از ژن jhdm2a با ناباروری مردان

زهره حجتی*، فاطمه نوری امام زاده، فریبا دهقانیان

International Journal of Reproductive BioMedicine، سال چهاردهم شماره 6 (پیاپی 77، Jun 2016)، صص 386 -389

مقدمه

در طی اسپرماتوژنز، برخی از تغییرات دینامیکی شامل حذف هیستون‌ها و جایگرینی آن‌ها با پروتئین هسته‌ای انتقالی و پروتامین به وقوع می‌پیوندد. این پروتئین‌ها برای فشرده‌سازی و بسته‌بندی کروماتین اسپرم مورد نیاز می‌باشند. JHDM2A یک هیستون دمتیلاز بوده که به صورت مستقیم به نواحی پروموتری ژن‌های Tnp1 و Pm1 متصل شده و بیان آن‌ها را از طریق خارج نمودن H3K9 در پروموتر آن‌ها کنترل می‌نماید.

هدف

در این مطالعه، ارتباط میان پلی‌مورفیسم‌های اگزون 12 و اگزون 24 از ژن Jhdm2a با ناباروری مردان برای اولین بار مورد بررسی قرار گرفت.

مواد و روش ها

در این مطالعه‌ی آزمایشگاهی، 200 مرد ناباور (الیگواسپرمی و آزواسپرمی) و 200 پدر سالم مورد ارزیابی قرار گرفتند. روش‌های SSCP-PCR و PCR-RFLP برای غربالگری موتاسیون‌های موجود در اگزون 12 و اگزون 24 مورد استفاده قرار گرفتند.

نتایج

محصولات PCR مربوط به اگزون 24 با استفاده از روش RFLP مورد بررسی قرار گرفتند و هیچ موتاسیونی در جایگاه برش آنزیم EcoRV یافت نشد. بررسی‌های بیشتر با استفاده از روش SSCP و در مورد تمام نوکلیوتیدهای اگزون 12 و اگزون 24 ادامه یافت و هیچ تغییری در این اگزون‌ها یافت نشد.

نتیجه گیری

به طور کلی،‌این مطالعه ارتباط میان پلی‌مورفیسم‌های اگزون‌ 12 و اگزون 24 از ژن Jhdm2a را مورد بررسی قرار داده است و پیشنهاد می‌کند که پلی‌مورفیسم‌های این‌ اگزون‌‌ها با ریسک ناباروری مردان در ارتباط نمی‌باشد.

کلید واژگان: هیستون دمتیلاز, Jhdm2a, ناباروری, PCR-RFL, SSCP-PCR

Association between polymorphisms of exon 12 and exon 24 of JHDM2A gene and male infertility

Zohreh Hojati *, Fatemeh Nouri Emamzadeh, Fariba Dehghanian

International Journal of Reproductive BioMedicine, Volume:14 Issue: 6, Jun 2016, PP 386 -389

Background

Some dynamic changes occurs during spermatogenesis such as histone removal and its replacement with transition nuclear protein and protamine. These proteins are required for packing and condensation of sperm chromatin. JHDM2A is a histone demethylase that directly binds to promoter regions of Tnp1 and Prm1 genes and controls their expression by removing H3K9 at their promoters.

Objective

The association between polymorphisms of exon 12 and exon 24 in JHDM2A gene and male infertility were evaluated for the first time.

Materials And Methods

In this experimental study, 400 infertile men (oligospermia and azoospermia) and normal healthy fathers were evaluated (n=200). Single Strand Conformation Polymorphism (SSCP-PCR) and polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) methods were used for screening any polymorphisms that are exist in exon 12 and exon 24.

Results

Exon 24 PCR products were analyzed by RFLP but no polymorphism was found in this exon at the restriction site of EcoRV enzyme. Our monitoring along the whole nucleotides of exon 12 and exon 24 were continued using SSCP method, but we found no change along these exons.

Conclusion

Generally, this study evaluated the association between polymorphisms in exon 12 and exon 24 of JHDM2A gene and male infertility which suggests that polymorphisms of these exons may not be associated with the risk of male infertility.

Keywords: Histone Demethylases, Infertility, Polymerase Chain Reaction

ارزیابی پایدارترین ژن های مرجع در بافت بیضه ی مردان آزواسپرم

سید مرتضی جوادی راد، زهره حجتی، کامران قائدی، محمدحسین نصر اصفهانی، بهزاد عباسی

مجله دانشکده پزشکی اصفهان، پیاپی 367 (هفته سوم اسفند 1394)، صص 2407 -2416

مقدمه

واکنش PCR کمی در زمان واقعی (Real-time quantitative reverse transcriptase-polymerase chain reaction یا qRT-PCR)، یک روش سریع، حساس و قابل اعتماد برای مقایسه ی بیان ژن ها می باشد که مستعد خطاهای تکنیکی فراوانی است. همچنین، استفاده از ژن های مرجع (خانه گردان) تاریخی، همیشه و در همه ی بافت ها مناسب نمی باشد. در این مطالعه، به بررسی و انتخاب ژن(های) مرجع مناسب در بافت بیضه پرداخته شد تا بتوان از این ژن(های) مناسب برای انجام واکنش qRT-PCR استفاده کرد.

روش ها

نمونه ی بافت بیضه از 15 مرد آزواسپرم غیر انسدادی (NOA یا Non-obstructive azoospermia) به عنوان گروه مورد و 15 مرد آزواسپرم انسدادی (OA یا Obstructive azoospermia) به عنوان گروه شاهد گرفته شد. با استفاده از نرم افزار Beacon designer 8.1 پرایمرهای مناسب برای چهار ژن مرجع Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH)، Ribosomal protein L37 (RPL37)، Ring finger protein 1 (RING1) و Eukaryotic translation elongation factor 2 (eEF2) طراحی شد. بهینه سازی های قبل از انجام qRT-PCR، شامل کنترل مقدار RNA برای سنتز Complementary DNA (cDNA) و تعیین غلظت مناسب پرایمرها انجام شد. منحنی ذوب رسم گردید و مقادیر Quantitation cycle (Cq) استخراج شد. آنالیز میانگین Cq در دو گروه شاهد و مورد با استفاده از نرم افزار BestKeeper نسخه ی 1 انجام شد و ژن های مرجع مناسب انتخاب گردید.

یافته ها

مقایسه ی میانگین Cq بین دو گروه NOA و OA حاکی از آن بود که دو ژن RPL37 و GAPDH به ترتیب با انحراف معیار 39/1 و 67/1 کمترین تغییرات را در بین چهار ژن مرجع کاندیدا نشان داد. بنا بر این، دو ژن RPL37 و GAPDH، به ترتیب با مقادیر r برابر با 959/0 و 927/0، به عنوان مناسب ترین ژن های مرجع در بافت بیضه انتخاب شد.

نتیجه گیری

دو ژن RPL37 و GAPDH به ترتیب، مناسب ترین ژن های مرجع در بافت بیضه هستند و برای مطالعه ی بیان ژن ها با استفاده از روش qRT-PCR مناسب می باشند.

کلید واژگان: ژن مرجع, بیضه, Real, time quantitative reverse transcriptase, polymerase chain reaction, نرم افزار BestKeeper

Evaluation of the Most Stable Reference Genes in Testicular Tissue of the Men with Azoospermia

Seyed Morteza Javadirad, Zohreh Hojati, Kamran Ghaedi, Mohammad Hossein Nasr, Esfahani, Behzad Abbasy

Journal Of Isfahan Medical School, Volume:33 Issue: 367, 2016, PP 2407 -2416

Background

Real-time quantitative reverse transcriptase- polymerase chain reaction (qRT-PCR), is a fast, sensitive and reliable method of gene expression comparison that is prone to a lot of technical errors. On the other hand, historical reference (housekeeping) genes are not suitable for all tissues. Herein, we have tried to identify and evaluate the best reference gene for testis tissues for further qRT-PCR experiments.

Methods

Testis tissues of 15 men with non-obstructive (NOA) and 15 men with obstructive (OA) azoospermia (as control individuals) were collected. Primer designing and verification of four candidate reference genes including glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), ribosomal protein L37 (RPL37), ring finger protein 1 (RING1) and eukaryotic translation elongation factor 2 (eEF2) were performed using Beacon designer 8.1 software. PCR pre-optimization for reverse transcriptase input RNA and best primer concentration were included. Melt curve analysis was drawn and values of quantitation cycle (Cq) were extracted. Mean Cq analysis was calculated using BestKeeper v1 software and suitable reference genes were selected afterward.
Findings: Comparing the mean Cq values between the NOA and OA groups declared that RPL37 and GAPDH showed the lowest standard deviations of 1.39 and 1.67 among the other candidates. GAPDH and RPL37 were selected as the best reference genes in testis tissues with their r values of 0.959 and 0.927, respectively.

Conclusion

The results of this study show that the best reference genes for normalization of qRT-PCR data of testis tissues are GAPDH and RPL37.

Keywords: Reference gene, Testis, Real, time quantitative reverse transcriptase, polymerase chain reaction (qRT, PCR), BestKeeper software

طراحی و ساخت کانسترکت نوترکیب واجد ژن اینترفرون بتای جهش یافته در ناحیه کزاک (Kozak) به منظور تشدید ترجمه

مریم کی، زهره حجتی *، مریم حیدری

مجله علوم پزشکی رازی، سال بیست و دوم شماره 9 (پیاپی 138، آذر 1394)، صص 68 -77

زمینه و هدف

اینترفرون بتا یکی از مهمترین اعضای گروه I اینترفرون ها بوده و به عنوان داروی اصلی در بسیاری از بیماری ها از جمله بیماری مالتیپل اسکلروزیس استفاده می شود. پروتئین اینترفرون بتا واجد نیمه ی عمر کمی بوده و لذا بیماران به دریافت مکرر دارو نیازمند می باشند. با توجه به اهمیت دارویی پروتئین اینترفرون بتا، امروزه تلاش های گسترده ای در جهت بهبود سطح ترجمه و افزایش تولید آن صورت پذیرفته است. چندین عامل مهم می تواند بر روی میزان بیان پروتئین در سلول تاثیر گذار باشند که توالی مناسب احاطه کننده کدون آغاز (توالی کزاک) از جمله ی آن موارد می باشد.

روش کار

پرایمرهای اختصاصی جهت ایجاد جهش هدفمند در توالی کزاک با استفاده از روش SOEing PCR (Splicing by overlap extension / Splicing by overhang extension (SOE) PCR) طراحی و PCR انجام شد. به منظور ایجاد جهش مورد نظر در ژن اینترفرون بتا سه واکنش PCR انجام پذیرفت. محصول نهایی جهش یافته و پلاسمید pSVM، برش داده شده و متعاقبا اتصال بین محصولات برش داده شده توسط لیگاز انجام گرفت. پس از ترانسفورماسیون با استفاده از مخلوط لایگیشن، استخراج پلاسمید صورت گرفت. پس از تولید کانسترکت و تایید با استفاده از روش های هضم آنزیمی و PCR کانسترکت نوترکیب به رده ی سلولی CHO با استفاده از کیت لیپوفکتامین ترانسفکت گردید.

یافته ها

در تحقیق حاضر با استفاده از روش های مهندسی ژنتیک کانسترکت نوترکیب اینترفرون بتا تولید گردید. در این کانسترکت با استفاده از روش SOEing PCR و ایجاد جهش های هدفمند در ناحیه ی توالی کزاک، توالی مذکور به حالت ثابت نزدیک گردید. کلنی های سفید رنگ بر روی محیط کشت پس از ترانسفورماسیون مشاهده گردید. استخراج پلاسمید از کلنی ها انجام گرفته و صحت کانسترکت نوترکیب با استفاده از هضم آنزیم و همچنین PCR تایید گردید. طول قطعه ی ایجاد شده پس از هضم آنزیمی صحت کلون نمودن ژن نوترکیب اینترفرون بتا را تایید نمود. پس از تایید فرایند کلونینگ، سلول های CHO کشت داده شده و ترانسفکشن پلاسمید نوترکیب به رده ی سلولی CHO صورت گرفت.

نتیجه گیری

جهش هدفمند در توالی کزاک ژن اینترفرون بتا صورت گرفت. جهش مورد نظر بر روی توالی کزاک می تواند سبب بهبود و افزایش میزان ترجمه پروتئین اینترفرون بتا گردد. در مراحل بعدی میزان تاثیر جهش در روند تولید پروتئین با استفاده از روش ELISAبررسی خواهد شد.

کلید واژگان: توالی کزاک, اینترفرون بتا, SOEing PCR, رده ی سلولی CHO

Design and production of recombinant interferon beta construct with specific mutations in Kozak sequence due to promote translation

Razi Journal of Medical Sciences, Volume:22 Issue: 9, 2015, PP 68 -77

Background

Interferon beta is one of the most important members of group I interferons and is the main drug for multiple sclerosis treatment. Interferon beta has short half life and this compels patients to make frequent use of medicine. According to its clinical usage there is broad effort to improve translation level and protein production. There are several important factors which effect protein production that Kozak sequence is one of the most important one.

Method

Specific primers were designed due to induce site directed mutations by SOEing PCR (Splicing by overlap extension / Splicing by overhang extension (SOE) PCR) method. Three PCR reactions needed to amplify recombinant interferon beta gene. The final recombinant gene and pSVM plasmid were digested by EcoRI and then ligated by DNA ligase enzyme. After transformation plasmid extraction was done and the structure of the recombinant plasmid confirmed by digestion and PCR. Finally, approved recombinant plasmid was transfected to CHO cell line by using Lipofectamine kit.

Result

Genetic engineering methods were used to produce recombinant interferon beta gene. Production of recombinant construct including specific mutations in Kozak sequence was done by using SOEing PCR method. The white colonies were detected after transformation. Plasmid extraction was done and the structure of recombinant plasmid was confirmed by digestion and PCR. Expected length of fragment was observed after digestion. The CHO cells were cultured and recombinant plasmids were transfected to CHO cell line.

Conclusion

These mutations will enhance and improve interferon beta protein production. The influence of these mutations in protein production will survey by using ELISA method in next phase of research.

Keywords: Kozak sequence, Interferon beta, SOEing PCR, CHO cell line

ساخت سازه ی ژنی pBud.CE4.1 IFNβ Wild Type و بررسی سطح بیان ژن اینترفرون بتای انسانی در رده ی سلولی HEK293 ترانسفکت شده با این سازه

راحله نوروزی، زهره حجتی *

مجله دانشکده پزشکی اصفهان، پیاپی 354 (هفته دوم آذر 1394)، صص 1691 -1700

مقدمه

اینترفرون بتا، از جمله سایتوکاین های مهمی است که در پاسخ به عوامل محرک و آنتی ژن ها بیان می شود و در فرایندهای ایمنی و التهاب نقش دارد. در این پژوهش، ضمن کلون نمودن ژن اینترفرون بتا در وکتور pBud.CE4.1، سطح بیان این ژن در مقایسه با حالت بیان پایه در رده ی سلولی انسانی HEK293 با استفاده از روش (Real-time PCR (Real-time polymerase chain reaction بررسی گردید.

روش ها

توالی ژن اینترفرون بتا با استفاده از پرایمرهای اختصاصی حاوی جایگاه برش آنزیمی KpnI و BglII از روی وکتور pSVMdhfr حاوی این ژن تکثیر شد و سپس، در وکتور pBud.CE4.1 خطی شده با آنزیم های پیش گفته، کلون گردید. ساختار وکتور نوترکیب، با استفاده از روش هضم آنزیمی، Colony PCR و تعیین توالی، بررسی و در نهایت، به درون باکتری مستعد Escherichia coli TOP10 ترانسفورم شد. پس از تکثیر، پلاسمید نوترکیب استخراج و به رده ی سلولی HEK293 ترانسفکت گردید. استخراج RNA، سنتز (cDNA (Complementary DNA و بررسی سطح بیان با استفاده از روش Real-time PCR صورت گرفت.

یافته ها

ژن اینترفرون بتا، تحت پروموتر eEf1a وکتور با موفقیت در رده ی سلولی HEK293 بیان شد. سطح بیان این ژن در اثر ترانسفکشن، 9/ 79 برابر افزایش نسبت به شاهد را نشان داد. ترانسفکت وکتور فاقد ژن، افزایش بیان 87/ 2 برابری را نشان داد که احتمال می رود، به علت ورود یک ژنوم بیگانه باشد.

نتیجه گیری

پروتئین های تولید شده در سیستم های پروکاریوتی، فاقد گلیکوزیلاسیون می باشند و در نتیجه، خواص فیزیکوشیمیایی متفاوتی نسبت به حالت طبیعی دارند. بنا بر این، بیان ژن هدف در سلول انسانی تحت پروموتر قوی وکتور انتخابی، از مزایای پژوهش حاضر است. انجام مطالعات پروتئینی در این زمینه، می تواند هدف مطالعات آتی باشد.

کلید واژگان: اینترفرون بتا, رده ی سلولی HEK293, وکتور pBudCE4, 1, Real, time polymerase chain reaction

Construction of pBud.CE4.1 IFNβ (Human Beta Interferon) and Analysis of its Expression Level in Transfected HEK293 Cell via This Construct

Raheleh Norouzi, Zohreh Hojati

Journal Of Isfahan Medical School, Volume:33 Issue: 354, 2015, PP 1691 -1700

Background

Interferon beta (IFNβ) is one of the important cytokines expressed in response to stimulating factors such as antigens and plays roles in immunity and inflammatory process. In present study, the expression level of IFNβ-1a was examined in HEK293 cell line using real-time polymerase chain reaction (Real-Time PCR).

Methods

IFNβ gene sequence was amplified using specific primers contained KpnI and BglII restriction site from pSVMdhfr-IFNβ plasmid as template. It was cloned in similarly digested pBud.CE4.1 linear vector. Construction of recombinant plasmid was verified via restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis, colony PCR and gene sequencing. Recombinant plasmid was transformed into competent Escherichia coli Top10 cells finally. After amplification, recombinant plasmid was purified and transfected into HEK293. At last, RNA extraction, cDNA synthesis and analysis of expression level of gene were performed using Real-Time PCR method.

Findings

IFNβ gene was expressed under eEf1a promoter in HEK293 successfully. The expression level of target gene was increased 79.9 times in comparison with the control via transfection. Transfection of null vector showed 2.87 times elevation of target gene expression in response to the alien genome entered into the cell.

Conclusion

The proteins produced in prokaryotic systems were non-glycosylated thus they had different physicochemical properties in comparison with the natural form. So, the production of IFNβ protein in human cell line under strong promoter of selected vector is one of the advantages of this research. Protein studies in this field are targeted for the future studies.

Keywords: HEK293 cell line, Interferon beta, pBud.CE4.1 vector, Real, time polymerase chain reaction

بررسی بیوانفورماتیکی برخی از ترکیبات گیاهی ضد رگ زایی در مقایسه با داروی سورافنیب در درمان سرطان

فریبا دهقانیان، زهره حجتی، مریم کی

فصلنامه ژنتیک نوین، سال نهم شماره 4 (پیاپی 39، زمستان 1393)، ص 451

ایجاد وکتورهای تداخلی یوکاریوتی از pSVM با انتقال ناحیه ی توالی اتصال در ژنوم (attB) به آن

حمیده جعفری، زهره حجتی*

مجله دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد، سال شانزدهم شماره 6 (پیاپی 75، بهمن و اسفند 1393)، صص 9 -18

زمینه و هدف

سالیان زیادی است که انواع مختلفی از سلول های تخمدان هامستر چینی (CHO) غالبا برای تولید اکثر محصولات دارویی استفاده می شود. تولید دائمی در این سلول های میزبان، یک چالش بزرگ است. هدف از این مطالعه، همسانه سازی ناحیه ی توالی اتصال در ژنوم باکتری (attB) در وکتور pSVM با استفاده از سیستم نوترکیبی phiC31 برای بقای طولانی وکتور در سلول های C HO بوده است.

روش بررسی

در این مطالعه تجربی آزمایشگاهی، یک جایگاه برش آنزیم محدود کننده ی PvuII به عنوان جایگاه کلونینگ توسط نرم افزار CLC در وکتور pSVM انتخاب که برش با این آنزیم منجر به ایجاد دو انتهای صاف در وکتور شد. دو پرایمر اختصاصی برای جداسازی و تکثیر ناحیه ی attB از وکتور pDrBB2 توسط نرم افزار 5 Oligo®طراحی شد. ژل الکتروفورز و آنالیز PCR بر روی قطعه تکثیرشده در جهت تایید ساختار آن انجام شد.

یافته ها

ناحیه ی attB به طور موفق در داخل وکتور pSVM الحاق شد و توسط ژل الکتروفورز نشان داده شد. در جهت تایید ورود ژن attB در وکتور pSVMواکنش colony PCR از کلنی های نوترکیب انجام شد و صحت کلونینگ با مشاهده ی باند مربوط به ترادف attB انجام گرفت.

نتیجه گیری

در این تحقیق، جایگاه attB در پلاسمیدpSVM همسانه سازی گردید. با بهره گیری از این اطلاعات و وجود جایگاه psedo-attP در کروموزوم سلول های CHO، می توان بعد از الحاق ژن اینترفرون انسانی در این پلاسمید، و ورود این پلاسمید و پلاسمید حاوی آنزیم اینتگراز به سلول های CHO برای اولین بار زمینه ی پایداری بیان این پروتئین را در سلول های CHO فراهم کرد.

کلید واژگان: سلول های تخمدان هامسترچینی, ناحیه ی توالی اتصال در ژنوم یوکاریوتی, نوترکیبی در جایگاه خاص, وکتورهای تداخلی, وکتور pSVM

Construction of eukaryotic integrative vectors by insertion of the integration region attB in pSVM

Hamideh Jafari, Zohreh Hojati*

Journal of Shahrekord University of Medical Sciences, Volume:16 Issue: 6, 2015, PP 9 -18

Background And Aims

Different varieties of Chinese Hamster Ovary (CHO) cells are being used frequently for producing most pharmaceutical products for many years. Permanent production in these host cells is a major challenge. The aim of this study was to integrate the vector permanently in the genome. In this study, the phiC31 site-specific recombination system was used for prolonged maintenance of the vector in the CHO cells.

Methods

In this laboratory experimental study, a restriction enzyme cut site (PvuII) was selected as a cloning site in the pSVM vector using CLC software. Cutting with this enzyme led to create two blunt ends into the vector. Two specific primers were designed for isolation and amplification of attB region from pDrBB2 vector, using Oligo®5 software. Gel electrophoresis and PCR analysis were performed on the amplified fragment in order to confirmation of its structure.

Results

The attB region was successfully integrated in to pSVM vector and was shown by gel electrophoresis. Colony PCR technique has revealed the correct structure of the reconstructed vectors.

Conclusion

In this study, the phiC31 integrate catalyzes recombination between pseudo-attP sites (in CHO chromosomes) and attB site. A new construct has been made in this project containing attB site. This construct has to be introduced into CHO cells accompanied with pCMV-int vector (co-transfection) containing integrase. This integrase facilitates the incorporation of the pSVM vector into the chromosome, in order to get a permanent existence of the new construct into the CHO cells.

Keywords: CHO cells, Eukaryotic genome attachment site, Site, specific recombination, recombination, Construct, Gel electrophoresis

بررسی ارتباط بین میزان بیان فاکتور رشد اندوتلیال عروقی و ایجاد تومور سرطان پستان

مرتضی صادقی، زهره حجتی*، کامران قاعدی

مجله دانشگاه علوم پزشکی اراک، سال هفدهم شماره 8 (پیاپی 89، آبان 1393)، صص 27 -34

زمینه و هدف

فاکتور رشد اندوتلیال عروقی یکی از مهم ترین تنظیم کننده های رگزائی است که ارتباط بین افزایش بیان این فاکتور رشد و پیشروی تومور در چندین سرطان گزارش شده است. هدف این مطالعه بررسی میزان بیان چهار ایزوفرم فاکتور رشد اندوتلیال عروقی در تومور سرطان پستان است.

مواد و روش ها

در این مطالعه 25 نمونه تومور سرطان پستان و 25 نمونه بافت سالم مورد استفاده قرار گرفت، از هر نمونه mRNA استخراج شد و سپس cDNA آن ساخته شد. میزان بیان چهار ایزوفرم: 121، VEGF165، VEGF 183 VEGF و 189 VEGF توسط qRT-PCR و ژل الکتروفورز اندازه گیری شد.

یافته ها

از بین 4 ایزوفرم 165VEGF و 121 VEGF بیشترین و 183 VEGF و 189 VEGF کم ترین بیان را در کل نمونه ها داشتند. میزان بیان کلی VEGF در نمونه های توموری نسبت به نمونه های کنترل افزایش معنی داری داشت (4/6 برابر، p<0.01).

نتیجه گیری

ارتباط بسیار معنی داری بین افزایش بیان فاکتور رشد اندوتلیال عروقی و ایجاد تومور سرطان پستان وجود دارد که احتمالا می توان در آینده از آن به عنوان مارکر تشخیص زود هنگام سرطان پستان استفاده کرد.

کلید واژگان: سرطان پستان, آنالیز الگوی بیان ژن, فاکتور رشد اندوتلیال عروقی

Assay of Relation between the Vascular Endothelial Growth Factor Expression and Breast Cancer Tumor Formation

Morteza Sadeghi, Zohreh Hojati *, Kamran Ghaedi

Journal of Arak University of Medical Sciences, Volume:17 Issue: 8, 2014, PP 27 -34

Background

vascular endothelial growth factor (vegf) is one of the most important regulator of angiogenesis, there are some reports about the relation of VEGF over expression and progression of tumor in several cancers. The aim of this study is assay of four VEGF isoforms expression in breast cancer tumor samples.

Materials And Methods

25 breast cancer tumor samples and 25 health samples were used in this study, mRNA was extracted from each sample and then cDNA was made. The expression of four isoforms: VEGF121, VEGF165, VEGF183 and VEGF189 were measured by real time reverse transcription PCR (RT-PCR) and gel electrophoresis.

Results

among the four isoforms, VEGF165 and VEGF 121 had maximum and VEGF 183 and VEGF 189 minimum expression level in all samples. The total expression level of VEGF had a significant increase in tumor samples in comparison with the control samples (4/6, p<0.01).

Conclusion

there is a significant relation between the VEGF over expression and breast cancer tumor formation, which it can be used as a prognosis marker of breast cancer in future.

Keywords: Breast Cancer, Gene Expression Ppattern Analysis, Vascular Endothelial Growth factor

افزایش تولید آنتی بیوتیک کلاولانیک اسید با ایجاد گونه های استرپتومایسس کلاولی جروس تراریخت واجد ژن claR

مریم کی، زهره حجتی*، مجید متولی باشی

نشریه زیست شناسی میکروبی، پیاپی 10 (تابستان 1393)، صص 37 -44

مقدمه

کلاولانیک اسید از جمله آنتی بیوتیک های مهار کننده ی β لاکتاماز بوده که توسط استرپتومایسس کلاولی جروس تولید می شود. کلاولانیک اسید در ترکیب با سایر آنتی بیوتیک های قوی و حساس به β لاکتاماز مورد استفاده بالینی قرار می گیرد. ژن CalR از جمله ژن هایی بوده که نقش مهمی در تنظیم تولید کلاولانیک اسید ایفا نموده و به منظور بیان ژن های اواخر مسیر بیوسنتز کلاولانیک اسید مورد نیاز است.

مواد و روش ها

کانسترک نوترکیب pMTclaR حاوی ژن تنظیمی claR از دانشگاه اصفهان تهیه و به منظور استفاده، از سویه استرپتومایسس لیویدنس با استفاده از روش لیز قلیایی استخراج شد. به منظور انجام ترانسفورماسیون پروتوپلاست از باکتری استرپتومایسس کلاولی جروس تهیه و در مرحله بعد با استفاده از پلی اتیلن گلایکول در سویه استرپتومایسس کلاولی جروس ترانسفورم شد. با استفاده از استخراج پلاسمید و انجام PCR ترانسفورماسیون تایید شد. در نهایت به منظور بررسی نحوه تاثیر ژن claR اضافه شده از روش بایواسی استفاده شد.

نتایج

کلونی های گچی حاصل از رشد استرپتومایسس کلاولی جروس ترانسفورم شده بر روی محیط GYME حاوی آنتی بیوتیک مشاهده شد که تایید انجام ترانسفورماسیون است. از سویه ترانسفورم شده پلاسمید استخراج و ساختار آن توسط ژل الکتروفورز تایید شد. با استفاده از پلاسمید استخراج شده و پرایمرهای اختصاصی claR واکنش PCR انجام و باند 1334 جفت بازی مشاهده شد. در نهایت با انجام روش بایواسی و مشاهده ی هاله عدم رشد در نمونه ترانسفورم شده و مقایسه آن با نمونه کنترل مشخص شد که حضور پلاسمید نوترکیب سبب افزایش 3/3 برابری تولید کلاولانیک اسید در سویه استرپتومایسس کلاولی جروس شده است.

بحث و نتیجه گیری

در مطالعه حاضر، با انتقال پلاسمید نوترکیب حاوی ژن claR میزان تولید آنتی بیوتیک کلاولانیک اسید تا 5/2 برابر افزایش یافت. با توجه به اهمیت دارویی کلاولانیک اسید ایجاد سویه هایی که توانایی تولید بیشتر کلاولانیک اسید را داشته باشند می توانند به بومی سازی تولید آنتی بیوتیک کلاولانیک اسید با صرفه اقتصادی بیشتر درمقیاس صنعتی کمک شایانی نماید.

کلید واژگان: استرپتومایسس کلاولی جروس, کلاولانیک اسید, بایواسی, پلاسمید pMTclaR, ژن claR

Increase of Clavulanic acid production by using recombinant Streptomyces clavuligerus strain including claR gene

Maryam Kay, Zohreh Hojati *, Majid Motovali, Bashi

Journal of Microbial Biology, Volume:3 Issue: 10, 2014, PP 37 -44

Introduction

Clavulanic acid is a major β-lactam antibiotic which is produced by Streptomyces clavuligerus. Clavulanic acid is used in combination of strong but sensitive to β-lactamase antibiotics. The claR gene has an important role in regulation of clavulanic acid production and is needed for the expression of the genes in final step of clavulanic acid biosynthesis.

Materials And Methods

The recombinant construct pMTclaR which contains claR gene is obtained from Isfahan University and plasmid extraction was done from Streptomyces lividans for next steps. The Streptomyces clavuligerus protoplast was prepared and transformation was done by using polyethylene glycol. Transformation was confirmed by plasmid extraction and PCR. Finally, bioassay method was used to survey the effect of extra copy of claR on clavulanic acid production.

Results

The typical chalky white colony of Streptomyces clavuligerus was seen on GYME plates containing thiostrepton antibiotic. Plasmid extraction was initially carried out. Furthermore, PCR reaction was done by claR specific primers and the 1334 bp band which was belonging to claR was detected. Finally, the bioassay was done and the diameters of zone of inhibition in control and sample were compared. The results of the bioassay show that amplification of the claR gene in multicopy plasmids resulted in a 2.5 fold increase in clavulanic acid production. Discussion and

Conclusion

In this study the 3.3 fold increase in clavulanic acid production was obtained by using an expression vector containing claR. According to the clinical use of clavulanic acid, production of bacterial strains which are able to produce high level of antibiotic can help significantly in customization of antibiotic production.

Keywords: Streptomyces clavuligerus, Clavulanic acid, Bioassay, pMTclaR plasmid, ClaR gene

شناسایی موتاسیون در اگزون های 13 و 23 و بخشی از اینترون 12 از ژن jhdm2a در انسان و ارتباط آن با ناباروری مردان

الهه سلیمانپور، زهره حجتی، محمدحسین نصر اصفهانی

مجله پژوهش های سلولی مولکولی (زیست شناسی ایران)، سال بیست و هفتم شماره 2 (تابستان 1393)، صص 242 -251

زمینه و هدف

هیستون دمتیلاز حاوی دمین (JHDM2A) JmjC یک تنظیم کننده کلیدی تغییرات اپی ژنتیکی است که در بیضه بیان می شود، برای اسپرم زایی ضروری است و به طور اختصاصی لیزین 9 هیستون3 را در حالت مونو و دی متیله، دمتیله می کند. JHDM2A به طور مستقیم یا غیر مستقیم روی مناطق مرکزی پروموتر پروتئین های گذرای هسته ای و پروتامین ها، که محصول آنها برای فشرده سازی کروماتین اسپرم نیاز است، اثر می گذارد.

روش بررسی

در این مطالعه 150 مرد نابارور که در آزمایش اسپرموگرام ثابت شده آزوسپرم و اولیگوسپرم هستند، مورد مطالعه قرار گرفتند. بر اساس مطالعات بیوانفورماتیکی و با استفاده از نرم افزار Clustal میزان مشابهت ژن jhdm2a بین انسان و موش 91% تخمین زده شد. اگزون های 13 و 23 انتخاب شده و برای شناسایی موتاسیون تکثیر شدند. محصول PCR آنها با استفاده از تکنیک SSCP مورد بررسی قرار گرفت.

یافته ها

در اگزون 23 هیچ تغییری در الگوی باند ها مشاهده نشد اما در دو فرد بیمار در اگزون 13 الگوهای باندی متفاوتی در SSCP در مقایسه با افراد کنترل و سایر افراد نابارور دیده شد. نتایج تعیین توالی نشان داد که در این دو فرد بیمار یک موتاسیون از نوع جانشینی →A33838C وجود دارد.

نتیجه گیری

در نتیجه با شناسایی موتاسیون های موجود در این ژن، می توان از آن به عنوان یک مارکر برای شناسایی ناباروری مردان استفاده کرد.

کلید واژگان: هیستون دمتیلاز حاوی دمین (JHDM2A(JmjC, ناباروری مردان, SSCP, بیوانفورماتیک

Mutation detection in Exon 13 and 23 and a certain part of intron 12 of jhdm2a gene in human and its association with male's infertility

Elaheh Soleimanpour, Zohreh Hojati, Mohammad Hossein Nasr-Esfahani

Journal of Molecular and Cellular Research, Volume:27 Issue: 2, 2014, PP 242 -251

Background

JmjC-domain-containing histone demethylase 2A (JHDM2A) is essential for spermatogenesis and is a key epigenetic regulator expressed in the testis. It specifically demethylates mono- and di-methylated histone H3 lysine 9. JHDM2A directly or indirectly bound to the core promoter regions of transition nuclear protein and protamine genes، the products of which are required for packaging and condensation of sperm chromatin.

Methods

In this work، 150 infertile men were studied. these men have been proved to be either oligospermia or azoospermia. 91% similarity was observed between jhdm2a gene in human and mouse as shown by bioinformatic analysis using clustal software. exon 13 nad 23 were selected and amplified for mutation screening. The PCR products were used in polyacrylamid gel electrophoresis for further SSCP analysis.

Results

Screening of exon 23 did not reveal any variation in subjects screened. Different SSCP patterns were observed among two infertile men، in comparison with others (controls and infertile men). A single nucleotide substitution C33838→A in exon 13 that causes prolin→glutamin exchange revealed by sequencing analysis in these three infertile patients.

Conclusion

So by further mutation screening on this gene، it may be considered as a new gene marker for men''s infertility.

Keywords: JmjC, domain, containing histone demethylase 2A (JHDM2A), male infertility, SSCP, bioinformatics

نقش سلولهای بنیادی سرطانی در افزایش ریسک ابتلاء به متاستاز و کاهش میزان بقای افراد مبتلا به سرطان پستان

مجید متولی باشی*، فاطمه کوه کن، زهره حجتی

مجله پژوهش های سلولی مولکولی (زیست شناسی ایران)، سال بیست و ششم شماره 3 (پاییز 1392)، صص 365 -377

امروزه سلولهای بنیادی سرطانی به عنوان یکی از عوامل اصلی و منشاء متاستاز مطرح می باشند. سلولهای بنیادی سرطانی مواد متعددی از جمله آنزیمهای پروتئازی را از خود ترشح می کنند. آنزیم کلاژناز بینابینی یا کلاژناز فیبروبلاستی عضوی از خانواده بزرگ آنزیمهای پروتئازی مذکور می باشد که با تخریب غشای پایه و ماتریکس خارج سلولی نه تنها گسترش سلولهای سرطانی را تسهیل می نماید بلکه با رهایش فاکتورهای رشد و فاکتورهای رگزایی در بقاء و تغذیه سلولهای سرطانی نیز نقش کلیدی ایفا می کند. دخول یک باز گوانین در موقعیت 1607- پروموتور ژن کلاژناز فیبروبلاستی یک جایگاه اتصال برای اعضای خانواده ETS از فاکتورهای رونویسی ایجاد می کند. جذب عوامل الگوبرداری در اثر این پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی (G2) بیان ژن کلاژناز فیبروبلاستی را به طور محسوسی افزایش می دهد که این شرایط می تواند گسترش سلولهای توموری و تهاجم آنها را آسان تر سازد. هدف از این مطالعه ارزیابی اثر پلی مورفیسم مذکور بر گسترش و متاستاز سرطان پستان و میزان بقای کل، بقای ویژه سرطان و بقای عاری از بیماری افراد مبتلا به سرطان پستان است. بدین منظور، نمونه خون 200 خانم مبتلا به سرطان پستان و 100 نمونه کنترل به نسبت مساوی از دو شهر تهران و اصفهان جمع آوری گردید و با روش PCR-RFLP تعیین ژنوتیپ گردید. محاسبات آماری نشان دادند که فراوانی ژنوتیپ G2/G2 در بین افراد بیمار نسبت به افراد کنترل بیشتر است (5/29 درصد در برابر 23 درصد). بیماران در دو دسته متاستازی (M+) و غیر متاستازی (M-) طبقه بندی شدند. توزیع ژنوتیپی G2/G2 در گروه متاستازی نسبت به گروه کنترل تفاوت آماری معنی داری نشان داد (94/3-05/1=95% CI و 03/2=OR). در مرحله بعد بیماران غیر متاستازی به مدت میانگین 32 ماه تحت نظارت و پیگیری قرار گرفتند. آنالیز بقای کلی 3 ساله در افراد بیمار واجد ژنوتیپ G2/G2 در مقایسه با افراد واجد ژنوتیپهای دیگراز لحاظ آماری معنی دار نبود (تست لاگ-رانک: 12/0=P، 34/2=χ2). اما میزان بقای ویژه سرطان و بقای عاری از بیماری در بین دو گروه مذکور تفاوت آماری معنی داری نشان داد (بقای ویژه سرطان، تست لاگ-رانک: 01/0=P، 45/5 = χ2، بقای عاری از سرطان، تست لاگ-رانک: 002/0=P، 99/8 =χ2). در مجموع، مطالعه اپیدمیولوژی حاضر برای اولین بار نشان داد که ژنوتیپ G2/G2 به عنوان یک فاکتور تسهیل کننده، با گسترش و متاستاز سرطان پستان مرتبط بوده و سبب افزایش ریسک ابتلاء به متاستاز و کاهش میزان بقاء در افراد واجد ژنوتیپ G2/G2 می شود.

کلید واژگان: سلولهای بنیادی سرطانی, کلاژناز فیبروبلاستی, میزان بقاء, متاستاز, سرطان پستان

The role of SNP in fibroblast collagenase gene with increasing of metastasis risk and viability reduction in breast cancer patients

Journal of Molecular and Cellular Research, Volume:26 Issue: 3, 2013, PP 365 -377

Today، role of cancer stem cells as a basic and original factor in cancer metastasis is discussed. Cancer stem cells secret different materials such as protease enzymes. Interstitial collagenase or fibroblast collagenase is a member from large family of protease enzymes destroying basic membrane and extracellular matrix. Therefore، it is not only facilitates progression of cancer cells but also having key role in cancer cell viability through releasing of growth and angiogenesis factors. Insertion of a guanine nucleotide at the position of -1607 introduces a binding site for ETS transcriptional factor in the promoter of the gene. Binding ETS to the 2G polymorphism allele would be increased expression of fibroblast collagenase gene which it could be progressed releasing of cancer stem cells، and therefore، it could be facilitated metastasis. Goal of this study is valuation of association between the 2G/1G polymorphism with progression and metastasis of breast cancer، and also patient viability. Blood samples of 200 cases and 100 controls were collected from two capital cities، Tehran and Isfahan; equally. Samples were genotyped using PCR-RFLP method. Statistical analyses show that 2G/2G genotype frequency is much more in cases rather than controls (29. 5% compare with 23%). Patients were divided into two groups of with metastatic activity (M+) and without metastatic activity (M-). The 2G/2G genotype was more frequent in M+ group compared with control group (OR = 2. 03، CI95% = 1. 05–3. 94). In next step، patients without metastasis were followed up for 32 months. Three years total viability analyses in patients who carrying the 2G/2G genotype in comparing with other patients showed no significantly difference. However rate of cancer special viability and viability without disease in the two groups were statistically significant. In conclusion، to our knowledge، the present epidemiological study for the first time indicates that the 2G/2G genotype polymorphism could be a facilitated factor for progression and metastasis of breast cancer and causing of viability reduction in patients.

Keywords: Cancer stem cells, Collagenase fibroblast, Viability rate, Metastasis, Breast cancer

مطالعه مولکولی حذف های جزیی ناحیه AZFc کروموزم Y در مردان نابارور

زهرا رضایی، مجید متولی باشی، زهره حجتی، رضا محمودی

مجله دانشگاه علوم پزشکی کرمان، سال بیستم شماره 5 (مهر و آبان 1392)، ص 460

مقدمه

حذف ها در ناحیه AZF دلیل عمده ژنتیکی ناباروری در مردان می باشد که به وسیله نوترکیبی همولگوس درون و بین کروموزمی، بین آمپلیکون ها ایجاد می شود. همچنین نوترکیبی همولگوس می تواند باعث حذف های جزیی ناحیه AZF (Azoospermia factor) گردد. هدف از پژوهش حاضر، بررسی ارتباط حذف های جزیی ناحیه AZFc با ناباروری بود.

روش

از 100 مرد نابارور که به مرکز ناباروری اصفهان مراجعه نموده بودند و همچنین 100 مرد سالم به عنوان شاهد، نمونه خون تهیه شد. برای مطالعه حذف های جزیی از 5 مارکر 1201sY، 1206sY، 1161sY، 1291sY و 1191sY استفاده گردید. حذف های جریی در منطقه AZF با استفاده از روش Multiplex–STS–PCR (Multiplex- sequence tagged site- polymerase chain reaction) مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. برای تجزیه و تحلیل داده ها و بررسی اختلاف معنی دار، از آزمون Chi-square و در سطح معنی دار 05/0? P استفاده شد.

یافته ها

در گروه بیمار، 9 بیمار از 100 فرد مورد مطالعه، حذف gr/gr نشان دادند و در گروه شاهد، یک مورد حذف gr/gr مشاهده شد. 5 مورد، حذف 3b/2b در گروه بیماران دیده شد. یک مورد حذف 3b/2b در گروه شاهد مشاهده شد. حذف های 4b/2b در 3 مورد از بیماران یافت شد و به طور کلی، حذف های جزیی در 14 بیمار از 100 فرد مورد مطالعه، مشاهده گردید. حذف gr/gr در افراد مورد مطالعه، از لحاظ آماری اختلاف معنی داری نشان داد. اما حذف های 3b/2b از لحاظ آماری اختلاف معنی داری را نشان نداد.

نتیجه گیری

حذف های gr/gr سبب ناباروری می گردد و حذف های 3b/2b بر روی ناباروری اثری ندارد.

کلید واژگان: ناباروری, حذف در آزوسپرمی, فاکتور آزوسپرمی, مارکر STS

Molecular Study of Partial Deletions of AZFc Region of the Y Chromosome in Infertile Men

Rezaei Z., Motovali, Bashi M., Hojati Z., Mahmoudi R

Journal of Kerman University of Medical Sciences, Volume:20 Issue: 5, 2013, P 460

Background and Aims

The most significant cause of infertility in men is the genetic deletion in the azoospermia factor (AZF) region that is caused by the process of intra- and inter-chromosomal homologous recombination in amplicons. Homologous recombination could also result in partial deletions in AZF region. The aim of this research was to determine the association between the partial AZFc deletions and infertility.

Methods

The blood samples were taken from 100 infertile men‚ who referred to the Infertility Center of Isfahan‚ Iran. 100 healthy matched people were also selected as the control group. The five markers of sY1201‚ sY1206‚ sY1161‚ sY1291، and sY1191 were applied in order to study partial deletions. Partial deletions were analyzed in AZF region using the Multiplex–STS–PCR technique. The chi-square test was conducted to check the difference between pretest and posttest. Differences were considered significant if P < 0. 05.

Results

9% of studied persons showed gr/gr deletion (in the patient group). Only one case of gr/gr deletion was observed in the control group. Five patients showed b2/b3 deletion. One b2/b3 deletion was seen in the control group. The b2/b4 deletion was observed in 3 patients. In conclusion‚ partial deletions were observed in 14% of the patients. The statistical analysis of the gr/gr deletion in the study indicates a meaningful difference، but b2/b3 deletion does not represent a meaningful difference.

Conclusion

Our results suggest that gr/gr deletions are associated with spermatogenic failure، and there is no association between b2/b3 deletion and infertility.

Keywords: Infertility, Deleted azoospermia‚ Azoospermia factor‚ STS marker

بررسی ارتباط پلی مورفیسم G/C 765- ژن سیکلواکسیژناژ 2 با سرطان ریه در جمعیت اصفهان

مجید متولی باشی، زهره حجتی، مسعود عسگری

نشریه پژوهش در پزشکی، سال سی و هفتم شماره 1 (پیاپی 145، بهار 1392)، صص 47 -54

سابقه و هدف

دو نوع آنزیم سیکلواکسیژناژ 1 و 2 در انسان وجود دارد که فعالیت آنها باعث تولید پروستاگلندین ها می گردد. پروستاگلندین ها در فعالیت های متعدد از جمله سیستم ایمنی، تنظیم قطر رگ ها، تقسیم سلولی و رگ زایی ایفای نقش می کنند. گزارشاتی مبنی بر افزایش بیان آنزیم در مراحل شروع، گسترش و فعالیت متاستازی سرطان هایی همچون حنجره، معده و روده بزرگ ارائه شده است. هدف از مطالعه حاضر نقش پلی مورفیسم -765G/C در پروموتر ژن سیکلواکسیناژ 2 با سرطان ریه و گروه شاهد آن ها در جمعیت اصفهان بود.

روش بررسی

تحقیق با روش مورد- شاهدی انجام گرفت. تعیین ژنوتیپ سیکلواکسیژناژ 2 در 120 بیمار سرطان ریه و 110 کنترل با استفاده از تکنیک چند شکلی طولی قطعات DNA با استفاده از آنزیم های محدودالاثر- واکنش زنجیره ای پلی مراز (RFLP-PCR) بر روی DNA ژنومیک استخراج شده از نمونه تام خون انجام شد. شمار ژنوتیپ های مشاهده شده با شمار مورد انتظار برای جمعیت در تعادل هاردی واینبرگ با استفاده از آزمون کای دو مقایسه شد. اختلافات ژنوتیپ ها و آلل ها بین گروه ها با استفاده از آنالیز نسبت شانس (OR) آزموده شد.

یافته ها

ژنوتیپ GG پلی مورفیسم -765G/C در بیماران (5/62%) نسبت به گروه کنترل (45/55%) افزایش معنی دار آماری از خود نشان نداد (6/0P<). اما وقتی که بیماران به دو گروه متاستازی و غیر متاستازی تقسیم شدند، ارتباط ضعیفی بین ژنوتیپ GG پلی مورفیسمG/C با متاستاز مشاهده شد (04/0P<).

نتیجه گیری

به نظر می رسد که پلی مورفیسم -765G/C ژن سیکلو اکسیژناژ 2 با شروع سرطان ریه ارتباطی ندارد، ولی ارتباط آماری ضعیفی بین پلی مورفیسم با فعالیت متاستازی مشاهده می گردد.

کلید واژگان: سیکلو اکسیژناژ 2, RFLP - PCR, تعیین ژنوتیپ, سرطان ریه

Investigation of correlation between -765G/C polymorphism of cyclooxygenase 2 genes and lung cancer in Isfahan population

Majid Motovali-Bashi, Zohreh Hojati, Masoud Askary Malshaikh

Journal of Research In Medical Sciences, Volume:37 Issue: 1, 2013, PP 47 -54

Background

Two types of Cyclooxygenase enzymes، which produce prostaglandins، are present in humans. Prostaglandins play a role in the functions of various organs including the immune system، blood circulation، and cell division. Reports indicate that the level of these enzymes is increased in patients with metastases in several malignancies، including larynx، lung، stomach، colon، and prostate. The aim of this study was to investigate the association between -765 G/C promoter polymorphism of cyclooxygenase 2 and initiation and progression of lung cancer.

Materials And Methods

This is a case-control، retrospective study. Genotyping of cyclooxygenases was carried out by testing blood samples from 120 lung cancer patients and 110 controls using restriction fragment length polymorphism-polymerase chain reaction (RFLP-PCR) technique. The observed numbers of each cyclooxygenase genotype were compared with that expected for a population in Hardy-Weinberg equilibrium by using a χ2 test. The significance of the differences of observed alleles and genotypes between groups was tested using the odds ratio analysis.

Results

The genotype GG of polymorphism -765G/C seen in 62. 5% of patients did not indicate a significant statistic increase in comparison with the control group (55. 45%; P< 0. 6); however، when the patients were divided into two groups i. e. those with metastases and without metastases، a weak link was identified between genotype GG of polymorphism G/C، with metastasizing cancer، (P< 0. 04). Dividing patients into sub-groups such as sex and smoking habit showed no difference.

Conclusion

It seems that there is no association between -765 G/C polymorphism and developing of lung cancer statistically. But genotype GG of polymorphism -765G/C is linked weakly with lung cancer metastases.

Keywords: Cyclooxygenases, Prostaglandin, Metastatic activity, Lung cancer

به جمع مشترکان مگیران بپیوندید!

زهره حجتی