به جمع مشترکان مگیران بپیوندید!

تنها با پرداخت 70 هزارتومان حق اشتراک سالانه به متن مقالات دسترسی داشته باشید و 100 مقاله را بدون هزینه دیگری دریافت کنید.

برای پرداخت حق اشتراک اگر عضو هستید وارد شوید در غیر این صورت حساب کاربری جدید ایجاد کنید

عضویت

جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه "گوسفند" در نشریات گروه "علوم دام"

تکرار جستجوی کلیدواژه «گوسفند» در نشریات گروه «کشاورزی»
  • عیسی دیرنده*، زربخت انصاری، اسدالله تیموری یانسری، اعظم قادری
    سابقه و هدف

    در حال حاضر هدف از پرورش گوسفند در ایران تولید گوشت می باشد، لذا افزایش تولید در این بخش نیازمند اقداماتی نظیر اصلاح نژاد و همچنین راهکارهای کوتاه مدت نظیر بهبود شرایط بهداشتی و تغذیه ای است. درک رشد و توسعه ماهیچه اسکلتی، یکی از اهداف بسیار مهم در صنعت پرورش دام و تولید گوشت بوده که با جنبه های ویژه ای از طب انسانی نیز می تواند در ارتباط باشد. لذا هدف از این پژوهش، تعیین تاثیر تغذیه گلوتامین به عنوان یک راهکار تغذیه ای بر بیان ژن های میوژنیک در ماهیچه گوسفند زل در شرایط تنش گرمایی است.

    مواد و روش ها

    برای انجام این پژوهش 12 راس بره پرواری زل نر با متوسط وزن 6/1±25 کیلوگرم به صورت تصادفی با دو سطح مکمل گلوتامین (صفر و 2/0 گرم به ازای هر کیلوگرم وزن بدن در روز) به مدت 60 روز تحت تاثیر تنش گرمایی تغذیه شدند. نمونه گیری از ماهیچه ران در دو زمان مختلف (اواسط (روز 30) و انتهای دوره آزمایشی (روز 60)) با گان مخصوص بیوپسی با سوزن قطر 14 از سه گوسفند در هر تیمار گرفته شد. سپس نمونه ها در سرم فیزیولوژی شستشو و تا زمان استخراج RNA کل در دمای 96- درجه سانتی گراد قرار داده شد. استخراج RNA با استفاده از ترایزول و بر مبنای دستورالعمل شرکت سازنده (اینویتروژن، شماره کاتالوگ 40200) صورت گرفت. برای تهیه cDNA از کیتQuantifast Revears-Transcriptase شرکت کیاژن استفاده شد. سطوح mRNA ژن ها با روش 2-ΔΔCT برآورد شد.ژن YWHAZ به عنوان ژن مرجع مورد استفاده قرار گرفت. کلیه نمونه ها با دو تکرار استفاده شدند. مقایسه بین گروه ها با استفاده از آزمون t در نرم افزار آماری SAS (نسخه 1/9) انجام شد.

    یافته ها

    نتایج پژوهش حاضر نشان داد تغذیه گلوتامین بیان ژن های Myf5 (75/2 برابر)، MyoD (89/3 برابر)، MRF4 (16/2 برابر)، Myogenin (76/4 برابر) را افزایش و بیان ژن Myostatin (54/4 برابر) را در روز 21 آزمایش کاهش داد. در روز 42 آزمایش نیز تغذیه گلوتامین مشابه روز 21 تغذیه گلوتامین بیان ژن های Myf5 (10/2 برابر)، MyoD (56/2 برابر)، MRF4 (78/2 برابر)، Myogenin (25/5 برابر) را افزایش و بیان ژن Myostatin (03/3 برابر) را به طوز معنی داری کاهش داد.

    نتیجه گیری

    به طور کلی با توجه به تاثیر تغذیه گلوتامین در سطح 2/0 گرم به ازای هر کیلوگرم وزن بدن در روز بر بیان ژن هایی میوژنیک در ماهیچه ران در شرایط گرمایی استفاده از آن در صورت تکرارپذیری نتایج می تواند راهکاری برای افزایش عملکرد رشد گوسفندان در شرایط تنش گرمایی باشد. واژه های کلیدی: تغذیه، گلوتامین، بیان ژن، گوسفند، Realtime PCR

    کلید واژگان: تغذیه, گلوتامین, بیان ژن, گوسفند, Realtime- PCR
    Essa Dirandeh *, Zarbakht Ansari, Asadollah Teymoori, Azam Ghaderi
    Background and objectives

    Currently, sheep breeding in Iran aims to produce meat; therefore increasing production in this part requires measures such as breeding and short-term solutions such as improving health and nutritional conditions. Understanding the growth and development of skeletal muscle is one of the most important goals in the animal breeding and meat production industry, which can be related to special aspects of human medicine. Therefore, the aim of this research was to determine the effect of glutamine feeding as a nutritional strategy on myogenic gene expression in the muscle of Zell sheep under heat stress conditions.

    Materials and methods

    Zell sheep cows (n = 12) with an average weight of 25.0±1 Kg randomly assigned fed with different glutamine levels (0 and 0.2 g/kg body weight. Diets were fed for 60 days under heat stress conditions. Sampling of the thigh muscle was taken at two different times (in the middle of the experiment and at the end of the experimental period) with a special biopsy gun with a 14-diameter needle from three sheep in each treatment. Then the samples were washed in physiological serum and kept at -96°C until total RNA extraction. RNA extraction was done with trizol and based on manufacture instructions (Invitrogen). The RNA was reversely transcribed in the presence of 1 mmol/L oligo (dT) primer and 4 U Omniscript RTase (Omniscript RT Kit; Qiagen, Mississauga, Ontario, Canada) according to the manufacturer’s instructions. To ensure the amplification, they were tested using a cDNA and Real-time PCR (model CORBETT 3000, Australia). Data were normalized to a calibrator sample using the 2ΔΔCt method with correction for amplification efficiency. Samples were expressed relative to YWHAZ as a housekeeping gene, which was stable under the culture conditions used. Data was analyzed using t-test (SAS 9/1).

    Results

    The results of the present study showed that glutamine feeding increased the expression of Myf5 (2.75 times), MyoD (3.89 times), MRF4 (2.16 times), Myogenin (4.76 times), and the expression of Myostatin gene (54 4 times) on the 21st day of the experiment. On the 42nd day of the experiment, glutamine feeding increased the expression of Myf5 (2.10 times), MyoD (2.56 times), MRF4 (2.78 times), and Myogenin (5.25 times) genes, like the 21st day of glutamine feeding. And it decreased the expression of the Myostatin gene (3.03 times) on the contrary.

    Conclusion

    The results of the present study showed, in general, that considering the effect of glutamine nutrition on the expression of myogenic genes in heat conditions, its use can be a solution to increase growth performance in heat stress conditions if the results are reproducible.Keywords: Gene expression, Glutamine, Sheep, Real-time- PCR

    Keywords: Gene Expression, Glutamine, Sheep, Real Time- PCR
  • پریسا جبیبی، سئودا حسین زاه، آرش جوانمرد*، عباس رافت، کریم حسن پور
    مقدمه و هدف

    در سرتاسر جهان، آلودگی نماتدهای دستگاه گوارش، جمله جدی‎ترین علل بیماری در نشخوارکنندگان اهلی محسوب می‎شوند. در این راستا، تنوع فنوتیپی قابل‎توجهی در داخل و بین نژادهای گوسفند نسبت به مقاومت به نماتدهای گوارشی گزارش شده است که به‎نظر می‎رسد زمینه ژنتیکی دارد. لیست ژن های کاندیدای موثر و شبکه ژنی شناسایی شده در خصوص مقاومت انگلی در گوسفند نشان می دهد که ژن هایی دخیل در سیستم ایمنی همچون، ژن اینترفرون interferon γ (IFN-γ) می باشد. در مسیرهای بیوشیمیایی سیتوکنین سیستم ایمنی و ایجاد مقاومت به انگل و واکنش های ایمنی نقش دارد. همچنین، بعضی جهش های موجود روی این ژن تاثیر منفی روی عملکرد سلول های تخصصی سیستم ایمنی در مواجه با انگل های مهاجم دارد. فن آوری ریز آرایهDNA، یکی از پرکاربردترین روش های پربرونداد اطلاعات مربوط به بیان ژن در پروژه های عملکرد ژنوم است که امکان بررسی بیان همزمان هزاران ژن را فراهم می کند. فن آوری ریزآرایه، ریزآرایه ژنومیکس و ریزآرایه پروتئومیکس را شامل می شود. هدف از پژوهش حاضر، شناسایی و دسته‎بندی برخی از ژن های موثر در مقاومت نسبی ژنتیکی گوسفند به آلودگی نماتد با استفاده از داده های ریزآرایه می باشد.

    مواد و روش ها

    در پژوهش حاضر، جهت دستیابی به پایگاه‎های با دسترسی آزاد، بانک برخط GEO متعلق به NCBI بررسی گردید و داده های ریزآرایه مناسب با بهترین تکرار برای آلودگی به نماتدهای انگلی دانلود (پلتفورم GPL4077، GPL4076 و GPL4072 با مجموع 48 داده خام) و با استفاده از بسته های نرم افزاری مبتنی بر R مورد بررسی قرار گرفت و ژن های با بیان افتراقی معنی‎دار شناسایی شدند. این داده ها، به سه دسته‎ی شاهد، قبل از عفونت و سلول‎های عفونی تقسیم‎بندی شدند. به‎منظور، بررسی کیفیت داده ها از سه نمودار مرجع Heatmap، تجزیه مولفه‎های واریانس (PCA) و نمودار آتشفشانی استفاده گردید. سپس، با بررسی این نمودار ها نمونه هایی که دارای کیفیت نامطلوب بودند از مراحل بعدی تجزیه و تحلیل حذف گردید. از پکیج نرم‎افزاری تحت مجموعه R/Bioconductor و وابستگی‎های نرم‎افزاری آنها همچون (Biobase، GEOquery، limma، affy، Genfilter، Pheatmap، Plyr، Reshape2، (Ggplot2 برای مشخص شدن افزایش و یا کاهش معنی‎دار بیان ژن‎ها و تفکیک آنها از ژن‎های اولیه استفاده شد. داده‎های خام در مقیاس لگاریتمی سنجیده شد و همچنین، از آماره P value تصحیح شده در جهت مقایسات بیان بین گروه های ژنی استفاده گردید.

    یافته ها

    نتایج مشاهده شده در خصوص کنترل کیفیت داده‎های خام و خروجی‎های مربوط به کنترل کیفیت داده‎های ادغام شده نشان داد که واریانس درون‎گروهی داده‎های خام بالا بوده فلذا، پیش تصحیح و پردازش داده‎های خام در این خصوص قبل از تجزیه و تحلیل اصلی انجام شد. نتایج آنالیز همبستگی پس از پیش پردازش داده‎های خام بیانگر ارتباط قوی ژن‎ها در گروه‎های آلوده (inf) و پیش‎آلوده ((pre-inf در مقایسه با نمونه‎ی سالم که به‎عنوان کنترل استفاده شد بود که اعتبارسنجی نتایج آتی را بطور قوی تایید کرد. پس از انجام آنالیزهای بیوانفورماتیکی، ژن‎های کاندیدای NACA، RPL4،NAGS ، CTCF، GBP1، BHLHE، YTHDF3، PDHA1، MXI1 دچار افزایش بیان معنی‎دار و ژن‎های PDHA1 و MXI1 دچار کاهش بیان معنی‎دار شدند. با توجه به نتایج به‎دست آمده در این مطالعه، این ژن‎ها از دیدگاه آنتولوژی، در روند متابولیسم سلولی، عملکرد مولکولی، ایجاد ترکیبات ژنتیکی و زندگی سلولی نقش دارند. بنابراین، با مشاهده به سطح p-value <0.05 به‎عنوان ژن‎های معنادار گزارش شدند. ژن NAGS در واقع ژن ان اکریل گلوتامات سنتتاز می‎باشد که کوفاکتور اولین انزیم دخیل در سیکل دفع اوره در پستانداران می‎باشد نقش عملکردی این ژن در بسیاری از بیماری‎های عصبی مشخص شده است. ژن CTCF تاثیر مثبت بر روی سلول‎های سیستم ایمنی می‎گذارد و مخصوصا در مقابله با ویروس‎ها و عوامل مهاجم به بدن میزبان ایفای نقش می‎کند. ژن گوانیلات بایدنیگ پروتئینGBP1  در مقابله بدن با بسیاری از عوامل عفونی نقش دارد. این ژن باعث پاسخ‎های اکسی داتیو و اتوفاژی سیستم ایمنی میزبان در برایر عوامل مهاجم می‎گردد. ژن متیل آدونوزین ار ان ای بابدینگ 3 کارایی بیشتری در ایمنی آنتی‎ویرال داشته و همچنین ارتباط نزدیکی با ژن گوانیلات بایدنیگ پروتئین که در مقابله بدن با بسیاری از عوامل عفونی نقش دارد. این ژن باعث پاسخ‎های اکسی داتیو و اتوفاژی سیستم ایمنی میزبان در برابر عوامل مهاجم می‎گردد. ژن پیروات دهیدروژناز PDHA1 در متابولیسم سیستم‎های ایمنی نقش دارد. این ژن در تنظیمات ناشی از فاکتورهای آلوستریک، ترمیم پیوندهای کووالانسی و تغییرات نسبتا سریع در مقادیر پروتئین های بیان شده، یا با تغییر بیان ژن یا تخریب پروتئولیتیک نقش آفرینی می‎کند. ژن MXI1 برای کنترل ورود عوامل مهاجم به داخل بدن میزبان کمک می‎کند و باعث بهبود و التیام عفونت‎ها می‎شود.علت توجیهی عدم تطبیق نتایج پژوهش حاضر با مطالعات پیشین را می‎توان به عواملی همچون استفاده از نمونه‎ها (نژادهای متفاوت) و تکنیک‎های آزمایشگاهی متفاوت، میزان آلودگی با انگل متفاوت، سن متفاوت ماده آزمایشی، نوع و تیپ متفاوت نماتد، تکنیک و ابزار متفاوت، تفاوت‎های آب و هوایی منطقه آزمایش و موقعیت جغرافیایی و استفاده از تکنیک‎های متفاوت ار ان سیک و میکرواری را دانست. با این وجود نتایج و خروجی‎های این مطالعه در شرایط حاکم مربوطه می‎تواند کاربردی باشد.

    نتیجه گیری

    استفاده از اطلاعات و خروجی‎های تکنیک میکرواری و بررسی الگوی بیان افتراقی می‎تواند برای اصلاح دام مولکولی گوسفند در جهت مقاومت به انگل‎های داخلی از طریق تلفیق اطلاعات فنوتیپی و ژنوتیپی در مدل‎های حیوانی کمک شایان توجهی نماید.

    کلید واژگان: آلودگی نماتد, ریز آرایه, گوسفند, مقاومت ژنتیکی
    Parisa Habibi, Seuda Hosseinzadeh, Arash Javanmard*, Abas Rafat, Karim Hasanpur
    Background

    To date, one of the main areas of research is the creation of breeds with inherent resistance to digestive nematodes in sheep. In this context, resistance to digestive nematodes has exhibited significant phenotypic differences within and between sheep breeds, suggesting a genetic basis for these differences. According to the list of effective candidate genes and the identified gene network for parasite resistance in sheep, there are genes involved in the immune system, such as the interferon-γ gene (IFN-γ). Cytokinin is involved in biochemical immune system signaling pathways, parasite resistance, and immunological responses. In addition, certain mutations in this gene impair the ability of specialized cells of the immune system to fight off parasite invasion. One of the most popular approaches to generating gene expression data for genome function studies is DNA microarray technology, which allows the simultaneous expression of thousands of genes. Proteomics and genomics are two application areas of microarray technology. This research aims to identify and categorize some of the genes involved in the relative genetic resistance of sheep to nematode infection using microarray data.

    Methods

    In this context, the GEO-Bank, part of the NCBI, was searched for access to open-access databases. Downloaded microarray data corresponded to infection with parasitic nematodes with the best replication (e.g., data in two resistant and sensitive groups), and the set of genes with differential expression was identified using R -based appropriate software packages (Biobase, GEOquery, limma, affy, Genfilter, Pheatmap, Plyr, Reshape2, and Ggplot2). Raw data were measured on a logarithmic scale, and the P-value fit statistics were used for expression comparisons between gene groups.

    Results

    The main analysis was performed after precorrection and processing of the raw data because of the high intragroup variance of the data, as evidenced by the observed quality control results of the raw data and the quality control-related results of the integrated data. After pre-processing of the raw data, correlation analysis revealed a strong relationship between genes in the pre-Inf group (Pre-Inf) and the infected group (Inf) compared to the control group. Three heatmap reference charts, a PCA chart, and a volcano plot were used to verify data quality, and by verifying these charts, samples of unfavorable quality were removed from the next stages of analysis. After a bioinformatics analysis, the results showed significantly increased expression patterns (NACA, RPL4, NAGS, CTCF, GBP1, BHLHE, YTHDF3, PDHA1, and MXI1) and diminished expression patterns of PDHA1 and MXI1 genes. According to the results of this study, these genes play a role in the cellular metabolism process, molecular function, the formation of genetic connections, and cell life. Therefore, they were significant (p-value < 0.05) according to the magnitude of the change. The N-acryl glutamate synthetase (NAGS) gene is the cofactor of the first enzyme involved in the urea cycle in mammals. The functional role of this gene has been identified in many neurological diseases. The CTCF gene has a positive effect on the cells of the immune system and plays a special role in defending against viruses and pathogens that invade the host body. The guanylate binding protein 1 (GBP1) gene plays a role in the body's defense against many infectious pathogens. This gene causes oxidative reactions and autophagy of the host immune system as a barrier to invading pathogens. The methyl adenosine RNA binding 3 gene is more effective in antiviral immunity and is closely linked to the GBP1 gene, which plays a role in the body's resistance to many infectious agents. This gene causes oxidative responses and autophagy of the host immune system against invading pathogens. The PDHA1 pyruvate dehydrogenase gene is involved in immune system metabolism. This gene plays a role in allosteric factor-induced regulation, repair of covalent bonds, and relatively rapid changes in the level of expressed proteins, either through altered gene expression or proteolytic degradation. The MXI1 gene helps control the entry of invading pathogens into the host's body and promotes recovery and healing from infections. The results can be explained by several reasons, including the use of different sample breeds and laboratory techniques, the level of parasite contamination, the age of the test material, the variety of tested nematodes, and inconsistent techniques and tools of the current study with those of previous studies. Other reasons include the climatic differences between the test region and its physical location as well as the use of different RNA and microarray methods. However, the results of the study may be helpful under the related circumstances.

    Conclusion

    The results of microarrays and differential expression patterns can be of great help to molecularly modify livestock to resist internal parasites. Using more advanced tools, such as next-gene sequencing, will provide more accurate and relevant information.

    Keywords: Genetic Resistance, Microarray, Nematode Infection, Sheep
  • علیرضا طالبیان مسعودی*
    سابقه و هدف

    عنصر ید جزء ساختمانی هورمونهای تیروئیدی (T3 و T4) است که برای حیات پستانداران ضروری است. کمبود ید باعث تولید ناکافی هورمونهای تیروئیدی می شود که به شکل اولیه به دلیل فقر آن در خاک رخ می دهد. عنصر سلنیم نیز از طریق شرکت در ساختمان سلنوپروتئینهایی که شکل غیر فعال T4 را به شکل فعال T3 تبدیل می نمایند، در سوخت و ساز هورمونهای تیروئیدی شرکت می کند لذا کمبود سلنیم می تواند تاثیر یدرسانی را با اخلال روبرو سازد. هدف این تحقیق، بررسی اثر مکمل دهی ید بر غلظت هورمون های تیروئیدی در میش های داشتی در معرض کمبود ید در شرایط کمبود یا کفایت سلنیم بود.

    مواد و روش ها

    یک گله گوسفند داشتی در منطقه ای که قبلا کمبود سلنیم و ید در آن گزارش شده است انتخاب گردید. در این گله، تعداد 30 راس میش جوان (شکم زایش 2-3) از توده نژاد فراهانی با وزن بدن مشابه (6 ± 47 کیلوگرم) به صورت تصادفی به سه گروه شامل شاهد و دو گروه آزمایشی تقسیم شدند. گروه آزمایشی اول و دوم مقدار 390 میلی گرم ید به شکل اتیل استر اسیدهای چرب روغن دانه گیاه گلرنگ را در اواخر آبستنی در انتهای فصل زمستان و گروه آزمایشی دوم، مقدار 10 میلی لیتر مکمل سلنیم به شکل تزریق زیر جلدی دریافت نمودند. غلظت هورمون های تیروئیدی شامل تری یدو تیرونین و تیروکسین، ید معدنی سرم خون و غلظت سلنیم سرم خون قبل از شروع آزمایش و ماهیانه تا ماه سوم در گروه های آزمایشی اندازه گیری و مقایسه شد.

    یافته ها

    غلظت ید معدنی سرم در گله آزمایشی در شروع آزمایش53/15 میکروگرم ید در لیتر و غلظت سلنیم سرم خون 73/79 نانوگرم در میلی لیتر بود که هر دو در محدوده کمبود قرار داشت. مکمل دهی ید باعث افزایش معنی دار غلظت ید معدنی سرم خون در گروه های آزمایشی نسبت به گروه شاهد در هر سه ماه نمونه برداری شد (01/0  <p). مکمل دهی سلنیم نیز باعث افزایش معنی دار غلظت سلنیم سرم خون در گروه مکمل سلنیم و ید در مقایسه با مقدار پایه و گروه آزمایشی مکمل ید و شاهد در تمام ماه های آزمایش گردید (01/0  <p). افزایش غلظت هورمون T4 در گروه مکمل ید و گروه مکمل ید و سلنیم نسبت به مقدار پایه و گروه شاهد در ماه اول آزمایش به دنبال مکمل دهی ید مشاهده گردید. غلظت این هورمون در ماه دوم و سوم در گروه مکمل ید، بیشتر از شاهد و گروه مکمل ید و سلنیم بود. ید رسانی باعث افزایش غلظت T3 در ماه اول و دوم آزمایش نسبت به مقدار پایه شد و مکمل دهی سلنیم همچنین باعث افزایش معنی دار غلظت T3 در ماه اول و دوم آزمایش در گروه مکمل ید و سلنیم نسبت به گروه مکمل ید و شاهد گردید. افزایش غلظت هورمونهای تیروئیدی به دنبال مکمل دهی ید نشان داد که ساخت این هورمون ها تحت تاثیر کمبود ید قرار داشته اند. مکمل دهی سلنیم با افزایش غلظت T3 در ماه اول و دوم و کاهش نسبت معنی دار T4 به T3 در ماه دوم، نشان داد که تاثیر ید رسانی در شرایط کفایت سلنیم بهتر صورت می گیرد.

    نتیجه گیری

    نتایج نشان دهنده تاثیر مکمل ید مورد استفاده در افزایش غلظت ید معدنی سرم می باشد همچنین افزایش تولید هورمونهای تیروئیدی به دنبال ید رسانی حاکی از اثر محدود کنندگی کمبود ید بر ساخت این هورمونها در شرایط کمبود است. در شرایط کمبود سلنیم، اثر مکمل دهی ید بر تولید هورمون T3 می تواند محدود شود.

    کلید واژگان: تیروکسین, تری یدوتیرونین, سلنیم, گوسفند, مکمل ید
    Alireza Talebian Masoudi *
    Background and objectives

    Iodine is a structural component of thyroid hormones (T3 and T4), which are essential for the life of mammals. Iodine deficiency leads to insufficient production of thyroid hormones, which is primarily due to the lack of iodine in the soil. Selenium is also involved in the metabolism of thyroid hormones by participating in the construction of selenoproteins that convert the inactive form of T4 into the active form of T3. The aim of this study was to investigate the effects of iodine supplementation on thyroid hormone concentrations of in ewes exposed to iodine deficiency under selenium deficient or sufficient conditions.

    Materials and methods

    A flock of sheep was selected in an area where selenium and iodine deficiency had been identified. In this flock, 30 young ewes (2-3 births) of Farahani breed with similar body weight (47 ± 6 kg) were randomly divided into three groups, including a control group and two experimental groups. The first and second experimental groups received 390 mg of iodine in the form of fatty acid ethyl ester from safflower oil at the end of gestation at the end of winter season, and the second experimental group received 10 ml of selenium supplement in the form of subcutaneous injection. The concentration of thyroid hormones, including triiodothyronine and thyroxine, inorganic iodine in serum and selenium concentration in blood serum were measured and compared before the beginning of the experiment and monthly until the third month in the experimental groups.

    Results

    The inorganic iodine concentration in the serum of the experimental animals at the beginning of the experiment was 15.53 μg /L and the selenium concentration in the blood serum was 79.73 ng/ml, both of which were in the deficiency range. Iodine supplementation caused a significant increase in the concentration of inorganic iodine in blood serum in the experimental groups compared to the control group in all three months of sampling (P < 0.01). Selenium supplementation also caused a significant increase in blood serum selenium concentration in the selenium+ iodine-supplemented group compared with baseline and the control and iodine supplemented groups in all months of the experiment (P < 0.01). In the first experimental month after iodine supplementation, an increase in T4 hormone concentration was observed in the iodine-supplemented group and in the iodine + selenium supplemented group compared with baseline and the control group. The concentration of T4 hormone was higher in the iodine supplementation group than in the control group and in the iodine + selenium supplementation group in the second and third months. Iodine supplementation increased T3 concentration in the first and second months of the trial compared with baseline, and selenium supplementation also significantly increased T3 concentration in the first and second months of the trial in the iodine + selenium supplemented group compared with the iodine supplemented group and the control group. The increase in the concentration of thyroid hormones after iodine supplementation showed that the production of these hormones was affected by iodine deficiency. Selenium supplementation increased the concentration of T3 in the first and second months and decreased the ratio of T4 to T3 in the second month. It showed that the effect of iodine supplementation is better in the conditions of selenium sufficiency.

    Conclusion

    The results indicate the effect of iodine supplementation to increase inorganic iodine concentration in serum, and the increase in thyroid hormone concentration after iodine supplementation indicates the limiting effect of iodine deficiency on the production of these hormones under iodine deficiency conditions. In selenium deficiency, the effect of iodine supplementation on T3 hormone production may be limited.

    Keywords: Thyroxine, Triiodothyronine, Selenium, Sheep, Iodine Supplement
  • جبرئیل واحدی، اسماعیل پیش بهار*، عبداله بابایی، آذین جهانبخش

    زمینه مطالعاتی:

     توجه به ابعاد مختلف اقتصاد دامپروری از جمله مسائل مربوط به بازار دام، می تواند از جمله عوامل موثر بر نیل به امنیت غذایی در جامعه باشد. علی رغم اینکه پرورش گوسفند یکی از منابع مهم کسب درآمد برای دامداران شهرستان اهر محسوب می گردد، با این حال فعالین این حوزه آنطور که باید، حضور فعالی در بازارهای داد و ستد منطقه به هم نرسانده اند.

    هدف

    مطالعه حاضر درپی بررسی عوامل موثر بر بازاررسانی گوسفند در شهرستان اهر می باشد.

    روش کار

    رگرسیون پوآسن معمولی و پوآسن تعمیم یافته جهت تجزیه و تحلیل اطلاعات بکار رفت و پس از ارزیابی معیارهای اطلاعاتی آکائیک و شوارتز-بیزین، رگرسیون پوآسن تعمیم بافته به عنوان الگوی مناسب برگزیده شد. اطلاعات لازم برای پژوهش حاضر از طریق مصاحبه حضوری و تکمیل پرسشنامه از 100 دامدار پرورش دهنده گوسفند جمع آوری گردید.

    نتایج

    براساس مقادیر نسبت خطر متغیرها، به ترتیب برخورداری از آغل مناسب (004/2)، نگرش مثبت دامدار نسبت به نژادهای اصلاح شده (373/1)، داشتن مشاغلی غیر از پرورش گوسفند و زراعت (329/1)، دسترسی به اعتبارات (217/1)، توانایی تهیه به موقع علوفه و خوراک دام (212/1)، دسترسی مناسب به خدمات پزشکی و بهداشتی دامداری (212/1)، دسترسی به چراگاه های مناسب (210/1) و تعداد گوسفندهای هر دامدار (003/1) اثر مثبت معنی دار بر بازاررسانی گوسفند از خود نشان دادند، درحالیکه سکونت در شهر (674/0) و فاصله تا نزدیکترین بازار خرید و فروش گوسفند (988/0) دارای تاثیر منفی بودند.

    نتیجه گیری نهایی: 

    سیاست گذاری های مناسب در راستای تسهیل دسترسی به اعتبارات می تواند از طریق تامین مالی احداث آغل مناسب، تامین نهاده های دامی و افزایش تعداد گله از جمله اقدامات موثر در راستای افزایش تعداد گوسفندهای عرضه شده در بازار باشد. ضمن اینکه بهبود خدمات دامپزشکی و نیز برگزاری دوره های آموزشی و ترویجی به منظور رفع نگرش های بدبینانه نسبت به نژادهای اصلاح شده، تمهیدات مدیریتی موثری قلمداد می گردد.

    کلید واژگان: بازاررسانی, رگرسیون پوآسن تعمیم یافته, گوسفند
    Jebraeil Vahedi, Esmaeil Pishbahar *, Abdolah Babaei, Azin Jahanbakhsh
    Introduction

    Animal husbandry as an economic sub-sector is one of the most successful productive activities of the agricultural sector, which plays a very effective role in providing food for society. On the other hand, the economic growth of society, the increase in household consumption of livestock products and the population growth have caused an increase in demand for these products. The transition from traditional to modern agriculture and the distance of the centers of consumption from the production areas, mostly located in marginal and rural areas, has led to an importance of the marketing of agricultural products. Marketing methods of agricultural and animal products in Iran are expensive and incompatible with the goals of sustainable development of the rural economy. Therefore, there are many problems such as price volatility, high production costs, the presence of merchants, as well as the insufficient government support about market development and marketing policy for rural products, also in relation to the marketing of agricultural and animal products in Ahar County. Therefore, this research attempts to analyze the factors affecting marketing of sheep in Ahar County using the generalized Poisson regression method.

    Material and methods

    The purpose of this study is analysis of factors affecting marketing of sheep in Ahar County using the generalized Poisson regression method. In this study, the dependent variable is numerical. Linear regression methods cannot be used in studies where the dependent variable is countable because the dependent variable in these models must follow a normal distribution and be continuous. Therefore, using the Poisson regression model is considered to be a suitable method for conducting investigations where the dependent variable is numerical in nature. To achieve the research goal, the normal Poisson regression was first estimated, but due to the fact that the mean and variance of the dependent variables were not equal, the surrogate model, that is, the generalized Poisson regression, was also estimated. Next, the Akaike and Schwartz-Bayesian information criteria were used to ensure the adequacy of the generalized Poisson model. Considering that the amount of the Akaike and Schwartz-Bayes statistic was smaller in the generalized Poisson model, the generalized Poisson model was considered to be an appropriate model. Data were collected by completing a questionnaire from 100 Ahar County ranchers using a simple random sampling procedure. Stata15 software was used to estimate the models.

    Results and discussion

    Because the mean (52.84) and variance (2576.70) of the dependent variable are not equal, the normal Poisson model is not appropriate and the generalized Poisson model must be used. Also, Akaike’s statistic (AIC) and Schwartz-Bayesian (BIC) in the Poisson model are 1132/912 and 1161/569, respectively, while in the generalized Poisson model they are 838/432 and 869/694. Therefore, the generalized Poisson model is better than the Poisson model. The coefficients of all variables in the generalized Poisson model are significant. Since Poisson regression coefficients are difficult to interpret directly, their incidence risk ratio (IRR) values were calculated. The results of the incidence risk ratio estimation indicate that living in the city (0.674) and distance to the nearest sheep market (0.988) had a negative effect and having a suitable corral (2.004), attitude of breeders to improve breeds (1.373), having of farm income (1.329), access to credits (1.217), prepare animal feed in time (1.212), access to veterinary services (1.212), access to suitable pastures (1.210) and number of sheep (1.003) had a positive effect on the number of sheep marketed.

    Conclusion

    The results showed that several factors are involved in the amount of sheep sales in the study area. One of these factors is the attitude of the region's breeders to the improved and high-yielding breeds of sheep and, accordingly, their willingness to buy and breed these sheep. Because improved sheep increase the market power of the ranchers through their characteristics such as twins and the production of higher products. Another factor that is effective in rancher marketing is the distance between the rancher and the sheep market. The rancher thinks a longer distance as higher marketing costs, resulting in a decrease in sales. Ranchers who live in the city and whose primary residence is far from where their sheep are raised cannot take good care of their sheep, resulting in a drop in production and ultimately a drop in the productivity of the individual in the thing leads of marketing. Based on the results, farmers who have more sheep can sell more. Farmers who have other economic activities besides animal husbandry can use the income from these activities to expand and improve sheep farming and increase the number of sales and their income levels. Access to pastures and credit will lead to higher income levels. Having a suitable corral for keeping livestock has the greatest impact on the number of sheep sold. It is obvious that if the rancher does not have a suitable place to keep the livestock, he will not be able to continue his activity. The results indicated that appropriate measures to facilitate access to credit may be through finance the construction of suitable corral, provide cattle feed and increase the number of flocks, can be an effective measure to increase the number of sheep offered on the market. In addition, improving veterinary care and conducting educational and extension courses to eliminate negative attitudes towards improved sheep are considered effective management measures.

    Keywords: Generalized Poisson Regression, Marketing, Sheep
  • خدیجه مرادی، مصطفی محقق دولت آبادی*، جواد حبیبی زاد
    در گوسفندان نژاد لری بختیاری، وجود لکه های سیاه بر روی پوست منجر به کاهش کیفیت پشم استحصالی می شود. اساس مولکولی و ژن های دخیل در رنگ پوشش برخی از دام ها از جمله گوسفندان تا حدودی شناسایی شده است. از این رو، هدف از انجام این مطالعه، بررسی بیان ژن های گیرنده ملانوکورتین-1 (MC1R)، پروتئین سیگنال دهی آگوتی (ASIP)، فاکتور شبه کروپل4 (KLF4)، و فاکتور رونویسی القاکننده ملانوسیت ((MITF در بخش های سفید و تیره بافت پوست در گوسفندان نژاد لری بختیاری بود. برای این منظور، از تعداد 14 راس گوسفند با رنگ پوشش سفید دارای لکه های تیره (سیاه)، نمونه پوست از هر دو بخش سفید و تیره تهیه و RNA کل استخراج گردید. برای ارزیابی بیان نسبی ژن های مورد نظر، از ژن های β-actin و GAPDH به عنوان ژن مرجع جهت نرمال کردن داده ها استفاده گردید. همچنین، جهت تکثیر قطعه ای از ژن های مورد مطالعه، با استفاده از توالی mRNA موجود برای این ژن ها در بانک اطلاعاتی (GenBank)، آغازگرهای مناسب توسط نرم افزار Primer3plus طراحی شدند. در نهایت، از نرم افزارهای BestKeeper و REST 2009 V2.0.13 برای تجزیه و تحلیل داده های بیان ژن استفاده شد. بر اساس نتایج توصیفی، ژن های MC1R وMITF با میانگین 42/30 و 86/25 برای مقادیر Ct، به ترتیب کمترین و بیشترین مقدار بیان را در بین ژن های هدف در نمونه های پوستی داشتند. علاوه براین، ژن های مرجع (β-actin و GAPDH) بیشترین پایداری بیان را در بین تمام ژن های مورد مطالعه داشتند. تفاوت معنی داری در سطوح mRNA ژن های MC1R، ASIP، KLF4 و MITF در بافت تیره پوست نسبت به بخش سفید پوست مشاهده نشد. اگرچه، بیان ژن ASIP در قسمت تیره نسبت به بخش سفید پوست بیش از دو برابر بود، اما این تفاوت ازنظر آماری معنی دار نبود. علاوه براین، ژن MC1R کمترین تفاوت بیان را در بخش های سیاه و سفید بافت پوست از خود نشان داد. این نتایج نشان می دهد که سطح بیان این چهار ژن مورد مطالعه نقشی در ایجاد لکه های پوستی سیاه رنگ در گوسفند نژاد لری بختیاری نداشته باشد.
    کلید واژگان: بیان ژن, رنگ پوشش, گوسفند, لکه سیاه پوست
    Khadije Moradi, Mustafa Muhaghegh Dolatabady *, Javad Habibizad
    Introduction
    Sheep are the main source of wool and its fiber characteristics, such as diameter, length, and color, which are determined by genetics and environmental factors, are key features in the economic value of sheep wool. In sheep, white wool has the highest economic value due to its dyeability, thus, the identification of mechanisms responsible for coating color determination is very important from an economic point of view. In general, the coat color is determined based on the amounts and types of melanin produced and released by the melanocytes in the skin tissue (Ito et al., 2000). The genetic basis and genes involved in coat color are well understood in rodents, although many of these genes are incorporated in coat color regulation in other species; including Sheep also have a common role. In Iran, the Lori Bakhtiari sheep is one of the most important breeds of sheep in terms of the use of its wool in the textile and carpet industries. In his breed, the dominant coat of the wool is white, although sometimes a percentage of dark brown and pale brown is also observed (Saadat Nouri, M. & Siah Mansour, 1368). However, in this breed, some animals have black spots on their coat, which leads to a decrease in wool quality. Since MC1R, ASIP, KLF4 and MITF genes play an important role in controlling and determining coat color in mammals, the purpose of this study was to investigate the expression of these genes in two phenotypes of white and black spots in the skin tissue of Lori Bakhtiari sheep.
    Materials and Methods
    Skin samples were obtained from both white and dark parts of 14 white-coated sheep with black spots and total RNA was extracted. The quality and quantity of extracted RNAs were evaluated by agarose gel electrophoresis and spectrophotometer. Extracted RNA samples were exposed to DNase1 enzyme digestion to remove the possible contamination of genomic DNA. Also, the quality of synthesized cDNA was evaluated using 1% agarose gel. In this research, in order to amplify a fragment of the studied genes, using the mRNA sequence of these genes in the GenBank database, appropriate primers were designed by Primer3plus software. To evaluate the relative expression of the target genes, β-actin and GAPDH genes were used as reference genes to normalize the data. Finally, BestKeeper and REST 2009 V2.0.13 software were used for the analysis of gene expression data.
    Results and Discussion
    Based on the descriptive results of Ct values, MC1R and MITF genes revealed minimum and maximum expression stability among the target genes in skin samples with standard deviations of 1.34 and 3.62, respectively. In addition, the reference genes (β-actin and GAPDH) showed the highest stability among all the studied genes. No significant differences were observed in mRNA levels of MC1R, ASIP, KLF4, and MITF genes in the spotted skin tissue compared to the white part of the skin (p>0.05). However, the expression of the ASIP gene was more than 2 times in the spotted part compared to the white skin, but this difference was not significant (p=0.21). In addition, the MC1R gene showed minimum expression differences in black spots and white parts of the skin tissue. In addition, the MITF and MC1R genes showed the highest and lowest levels of expression in skin samples of Lori Bakhtiari breed sheep with average Ct of 25.86 and 30.42, respectively. However, among all the studied genes, the lowest mRNA level was observed for the GAPDH gene with an average Ct of 35.96.
    Conclusion
    Mammalian coat color results from various factors such as the degree and distribution of melanin pigment and the interaction between genotype and environment (B. Li et al., 2018). In addition, melanogenesis is a complex process that includes melanocyte growth, melanosome formation, melanin synthesis, melanin transport, and melanosome release (Ito & Wakamatsu, 2011). According to the conducted studies, a large number of genes are involved in the mechanism of coat color determination, but two genes, MC1R and ASIP, play an essential role in the regulation and control of coat color (Searle, 1968). In our study, no significant difference was observed in the expression of MC1R, ASIP, KFL4, and MITF genes in the spotted compared to the white part of the skin tissue in Lori Bakhtiari sheep. These results showed that the development of skin spots is not under the control of the studied genes in Lori Bakhtiari sheep, and genes or other factors can play roles in the creation of dark spots in this breed.
    Keywords: Black Spot, Coat Color, Gene Expression, Sheep
  • فاطمه بحری بیناباج*، سید همایون فرهنگ فر، محمدرضا شیخلو

    از داده های شجره و وزن مربوط به 13633 بره نژاد بلوچی حاصل آمیزش 308 قوچ و 3747 میش که در مرکز اصلاح نژاد دام شمال شرق کشور طی سال های 1368 تا 1400 ثبت شده بود، استفاده گردید. شش مدل حیوانی شامل اثرات ثابت (سال، ماه، نوع تولد، جنس بره و سن میش) و ترکیب های متفاوتی از اثرات تصادفی به کار رفت. بررسی اثر سازه های غیر ژنتیکی موثر بر صفات با رویه GLM نرم افزار SAS و برآورد اجزاء (کو)واریانس با نرم افزارWombat انجام شد. تمام اثرات ثابت بر صفات اثر معنی دار داشتند ("P<0.001"). مدلی که شامل اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم آتوزومی، ژنتیک افزایشی کروموزوم وابسته به جنس، اثر افزایشی مستقیم مادر بود و بین اثر افزایشی مستقیم و اثر ژنتیک مادری کوواریانس وجود داشت، به عنوان بهترین مدل برای انجام تجزیه و تحلیل ژنتیکی برای تمام وزن ها استفاده شد. برای صفات وزن تولد، سه، شش، نه ماهگی و یک سالگی وراثت پذیری مستقیم آتوزومی به ترتیب 16/0، 34/0، 41/0، 49/0 و 56/0، وراثت پذیری مستقیم وابسته به جنس به ترتیب 004/0، 0، 0، 007/0 و 005/0 و وراثت پذیری مادری به ترتیب 34/0، 38/0، 32/0، 32/0 و 36/0 برآورد شد. ژن های وابسته به جنس، اثرگذاری ناچیز و نزدیک به صفر بر وزن بدن در سنین آغازین و اثرگذاری قابل توجه تری بر وزن های بدن در سن های بالاتر دارند. پیشنهاد می شود برای تجزیه ژنتیکی صفات رشد، مدل حیوانی به کار برده شود که قادر به جداسازی واریانس ژنتیکی افزایشی کل به سه جزء اتوزومال، وابسته به جنس و مادری باشد تا بتواند در انتخاب ژنتیکی بطور موثرتری عمل کند.

    کلید واژگان: اثر مادری, پیشرفت ژنتیکی, وزن زنده, کروموزم جنسی, گوسفند
    Fateme Bahri Binabaj *, SEYYED HOMAYOUN FARHANGFAR, Mohamadreza Sheikhlou

    Pedigree and weight trait records belonging to 13633 Baluchi lambs descendent from 308 ram and 3747 dam which were collected in North-east animal breeding center from years 1989 to 2021 were used. Six univariate animal models with fixed (birth year, month, type, sex of lamb and age of dam) and different random effects were fitted to data. Effects of non-genetic factors on weight traits were investigated by Proc GLM of SAS software, and to estimate the variance components the Wombat software was used. All fixed effects had significant effect on the studied traits (P<0.001). Model with additive autosomal, sex linked, and additive maternal random with covariance between direct additive genetic and maternal genetic effect had the lowest AIC and was used for genetic analysis. For birth, weaning, 6, 9 month and yearling weight respectively additive autosomal heritability were 0.16, 0.34, 0.41, 0.49 and 0.56, additive sex-linked heritability were 0.004, 0, 0, 0.007 and 0.005 and maternal heritability were 0.34, 0.38, 0.32, 0.32 and 0.36. Results showed that sex-linked genes possibly have negligible and close to zero additive genetic effects on body weights at initial ages and in comparison, more noticeable effects on body weights at higher ages. In general, it is recommended to use an animal model for genetic analysis of growth traits in sheep, which is able to separate the total genetic variance into three autosomal, sex-dependent and maternal components in order to be more effective in genetic selection.

    Keywords: Maternal effect, genetic progress, live weight, sex chromosome, sheep
  • زینب علی پور، امیرحسین خلت آبادی فراهانی، محمدحسین مرادی، حسین محمدی

    هدف پژوهش حاضر، مطالعه پویش کل ژنوم بر مبنای تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه ژنی جهت شناسایی جایگاه های ژنی و مسیرهای بیوشمیایی موثر بر صفات مرتبط با تولید شیر و امتیاز سلول های بدنی در گوسفند نژاد وال دل بلیک بود. اطلاعات ژنوتیپی 476 راس گوسفند این نژاد به همراه رکوردهای فنوتیپی مرتبط با صفات تولیدی شامل تولید شیر و ترکیبات شیر در برنامه PLINK نسخه (90/1) ارزیابی شد. پس از انجام کنترل کیفیت، نهایتا 42285 نشانگر SNP در 426 حیوان برای آنالیزهای نهایی مورد استفاده قرار گرفتند. نتایج آنالیز پویش ژنومی به ترتیب 1830، 1577، 2186، 793، 710 و 1063 نشانگر SNP با صفات تولید شیر، مقدار و درصد چربی، مقدار و درصد پروتئین شیر و نهایتا امتیاز سلولهای بدنی در گوسفند وال دل بلیک در ارتباط می باشد (P-value ≤ 0.05). نتایج آنالیز بر پایه غنی سازی مجموعه-های ژنی منجر به شناسایی مسیرهای (ژن کاندیدای) فسفوریلاسیون چربی (ژن کاندیدای TTC7B)، جابجایی لیپوپروتئین (ژن ZDHHC17)، تنظیم انتقال یون کلسیم (ژن ATP2B2) و مسیر فرآوری هورمون پپتید (ژن PCSK6) در ارتباط با تولید شیر، مسیر تنظیم فرایندهای متابولیکی اسید چرب (ژن IRS1 و SLC45A3) مرتبط با چربی شیر، مسیر انتقال سیگنال توسط فسفوریلاسیون پروتئین (ژن ERCC6) و مسیر فرایند متابولیکی اسید آمینه های گوگرد دار (ژن NOX4) در ارتباط با پروتئین شیر و نهایتا مسیر های تنظیم مثبت پاسخ به محرک های بیوتیک (ژن PRKCA)، مسیر پاسخ به محرک های خارجی (ژن CACNA2D1)، تنظیم پاسخ به استرس (ژن های EGFR و HSP90B1) و مسیر پاسخ به عفونت های باکتریایی(ژن کاندید ANXA3) در ارتباط با امتیاز سلو های بدنی شیر شد. .

    کلید واژگان: پویش ژنومی, تولید شیر, امتیاز سلول های بدنی, آنالیز غنی سازی, گوسفند
    Zeinab Alipoor *, amirhoseni khaltabadi farahani, mohammadhosein moradi, hossein mohammadi

    associated with milk related traits and somatic cell scores through genome-wide association study based on gene-set enrichment analysis in Valle del Belice sheep breed. To this end, the genotypic information of 476 sheep of this breed along with phenotypic records related to production traits including milk yield and milk composition were evaluated using PLINK v. 1.9. After performing various quality control steps, finally 42285 SNP markers in 426 animals were used for follow-up analysis. The results of the genome wide association study (GWAS) showed that 1830, 1577, 2186, 793, 710 and 1063 SNP markers are associated with milk yield, amount and percentage of fat, amount and percentage of protein and somatic cell score in Valle del Belice sheep, respectively (P-value ≤ 0.05). The results of the analysis based on gene-set enrichment led to the identification of pathways (candidate genes) of lipid phosphorylation (including TTC7B candidate gene), lipoprotein transport (ZDHHC17 gene), regulation of calcium ion transport (ATP2B2 gene) and pathway of peptide hormone processing (PCSK6 gene) associated with milk yield; regulation of fatty acid metabolic process (IRS1 and SLC45A3 genes) related to milk fat; the signal transduction by protein phosphorylation (ERCC6 gene) and the pathway of sulfur amino acid metabolic process (NOX4 gene) in relationship with milk protein; and finally the pathways of positive regulation of response to biotic stimulus (PRKCA gene), response pathway to external stimuli (CACNA2D1 gene), regulation of response to stress (EGFR and HSP90B1 genes) and response to bacterium (candidate gene ANXA3) related to somatic cell score.

    Keywords: Genome-wide scan, Milk production, Somatic cell score, Enrichment analysis, Sheep
  • حسین محمدی*، محمد شمس اللهی
    در پژوهش حاضر، به منظور برآورد میزان ضرایب همخونی ژنومی و شناسایی جزایر ROH، مجموع 206راس گوسفند متعلق به سه نژاد گوسفند مصری با تراشه های K50 تعیین ژنوتیپ شدند. پس از کنترل کیفیت داده ها، 48361 تعداد نشانگر SNP در تعداد نمونه 204 راس گوسفند باقی ماند. تخمین ضریب همخونی، از طریق چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی (FGRM)، میزان هموزیگوسیتی (FHOM)، همبستگی گامت ها (FUNI)، با استفاده از نرم افزار GCTA (نسخه0/1) و همچنین، قطعات هموزیگوت ژنومی (FROH) با PLINK (نسخه 9/1) محاسبه شد. بعنوان پیش فرض، 1 درصد از نشانگرهای SNP با بالاترین فراوانی در قطعات هموزیگوت بعنوان، جزایر ROH در نظر گرفته شد. نتایج این بررسی نشان داد که بطور کلی، پس از تجزیه و تحلیل های انجام شده مجموع، 62 جزیره ROH با طول 60/24 تا 13 مگاباز شناسایی شد. بطورئیکه، توزیع جزایر ROH در سرتاسر ژنوم یکنواخت نبود و بین نژادها متفاوت بود، بطوری که بیشترین و کمترین تعداد جزایر ROH به ترتیب روی کروموزوم های شماره 1، 24 و 26 مشاهده شد، ولی، برخی مناطق مشترک شناسایی شدند. میانگین تعداد و طول ROH محاسبه شده در تمام نژادهای گوسفند مورد مطالعه به ترتیب برابر، با 11 و 78/205 مگا جفت باز بود. کمترین ضریب همخونی محاسبه شده با سه روش (FGRM، FHOM، FUNI) مربوط به نژاد گوسفند وهیتی و بیشترین مربوط به نژاد گوسفند سیدی بود. همچنین، بیشترین میزان FROH (043/0) در نژاد سیدی و کمترین مقدار آن (018/0) در نژاد بارکی برآورد شد. بررسی بیوانفورماتیکی، مناطق شناسایی شده نشان داد که برخی از این مناطق ژنومی با ژن های موثر بر آداپتاسیون و سیستم ایمنی (SEMA3D، CSF2، ITPR1)، ژن های کاندیدای دخیل صفات رشد و توسعه عضلات اسکلتی (UGGT1، ITGA2)، ژن های کاندیدای تولید مثل (ABHD16B) همپوشانی دارند. به عنوان جمع بندی نتایج پژوهش حاضر نشان داد که فرآیند انتخاب برای صفات مهم اقتصادی در طی سال های متوالی، منجر به شکل گیری قطعات هموزیگوت زیادی به نام جزایر ROH در ژنوم گوسفندان شده است که پویش ژنومی این جزایر در سطح ژنوم می تواند بعنوان، راهبرد جایگزین برای شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با صفات مهم اقتصادی باشد.
    کلید واژگان: ژن کاندیدا, سیستم ایمنی, سیگنال انتخاب, جزایر ROH, گوسفند
    Hossein Mohammadi *, Mohammad Shamsollahi
    In this study in order to estimate inbreeding coefficient and identify the ROH Islands associated with the genes under selection, the 50k BeadChip genotyped data of 206 sheep from 3 different Egyptian breeds were used. After quality control, 48361 SNPs in 204 sheep were remained for the future analysis. Inbreeding coefficient was calculated using four methods including, genomic relationship matrix (FGRM), excess of homozygosity (FHOM), correlation between uniting gametes (FUNI) using the GCTA 1.0 software and run of homozygosity (FROH) using the PLINK 1.9 software. One percent of SNP with the highest frequency in ROH were considered as ROH Islands. The lowest rate of inbreeding according to (FGRM, FHOM, and FUNI) was related to Wahati and the highest was related to Saidi breed. The highest amount of FROH (0.043) was observed in Saidi and the lowest amount (0.018) was observed in Barki breed. Average length of ROH ranged from 45.02 to 205.87 Mb, while the average number of ROH ranged from 8.14 to 14.07. The highest number ROH was observed on chromosome 2, while the lowest was on chromosome 26. Average inbreeding coefficient from FROH in Barki, Saidi and Wahati were estimated 0.018, 0.043 and 0.027 respectively. A total of 62 ROH Islands with length: 24.60 Kb to 13 Mb were identified, which covering less than 1% of the sheep genome. The ROH Islands was not distributed across the genome uniform and varied among breeds, but some common were identified. Bioinformatics analysis demonstrated that some of these genomic regions overlapped with reported genes that directly or indirectly influenced traits for adaptation and immune system (SEMA3D, CSF2, ITPR1), development of the skeletal muscle (UGGT1, ITGA2), and reproduction (ABHD16B). The results of this study revealed that, the selection processes in different sheep breeds for economic traits during several years, has led to the formation of many ROH islands in sheep genome, therefore scanning these regions at the genome level can be an alternative strategy to identify genes and associated loci with economic traits.
    Keywords: Candidate Gene, Immune system, ROH Islands, Selection sweeps, sheep
  • رضا توحیدی*، علی جوادمنش، الیاس ابراهیمی خرم آبادی، کمال قاسمی بزدی

    گوسفند، به عنوان یک مدل ژنتیکی برای مطالعه ارتباط بین تنوع ژنتیکی و میزان تخمک‎گذاری در تحقیقات پیشین مورد استفاده قرار گرفته است. مطالعات اخیر نشان داده است که تنوع در میزان تخمک‎گذاری و صفت چندقلوزایی می توانند توسط مجموعه ژن‎هایی به نام ژن‎های کنترل کننده باروری کنترل شوند. در این راستا، سه ژن عملکرد باروری به نام‎های BMPR1B یا FecB، GDF9 یا FecG و BMP15 یا FecX در گوسفند شناسایی شده‎اند. روش مولکولی Tetra-ARMS PCR یک جایگزین مناسب برای روش های پرهزینه مانند توالی‎یابی و PCR-RFLP در شناسایی اسنیپ‎هایی است که توالی آنها شناخته شده هستند. در سالهای اخیر، ورود آلل برولا به نژاد گوسفند افشاری کشور موارد چند تخمک‎گذاری را افزایش داد. هدف از مطالعه حاضر، بررسی چند شکلی دو ژن باروری شامل FecB و FecG در گوسفندان نژاد مغانی، افشاری و بلوچی خراسان رضوی و ارتباط آن‎ها با صفت چندقلوزایی بود. نمونه‎های خون از مجموع، تعداد 95 راس گوسفند افشاری، بلوچی و مغانی از طریق ورید وداجی اخذ شد. دو جفت آغازگر کنترل (خارجی) و اختصاصی (داخلی) برای تکثیر قطعات ژن‎های FecB و FecG در روش Tetra-ARMS PCR مورد استفاده قرار گرفتند. برنامه دمایی برای تکثیر قطعات ژن FecB به صورت واسرشت سازی اولیه در C 94 به مدت 4 دقیقه، سپس، 35 چرخه دمایی به ترتیب C 94 به مدت 25 ثانیه، دمای اتصال در C 54 به مدت 35 ثانیه، بسط در دمای C 72 به مدت 20 ثانیه و بسط نهایی در C 72 به مدت 5 دقیقه انجام شد. برای تکثیر قطعات ژن FecG از دمای اتصال C 54 به مدت 35 ثانیه، بسط در دمای C 70 به مدت 40 ثانیه و دمای بسط نهایی C 70 به مدت 5 دقیقه استفاده شد. در بررسی نتایج بدست آمده، سه ژنوتیپ برای ژن FecB در گوسفند افشاری شامل هموزیگوت وحشی، هتروزیگوت و هموزیگوت جهش یافته مشاهده شدند. همه گوسفندان بلوچی و گوسفند مغانی برای این ژن هموزیگوت وحشی بودند. فراوانی ژنوتیپ هموزیگوت وحشی برای سه نژاد گوسفند فوق الذکر بالا بود. فراوانی آلل وحشی در این نژاد 39/0 و فراوانی آلل جهش یافته 61/0 بود، در مجموع، برای سه نژاد به ترتیب 8/0 و 2/0 اندازه گیری شد. نتیجه Tetra-ARMS PCR برای جهش نقطه‎ای G1 ‏درجایگاه GDF9 برای همه نژادها چندشکلی نشان داد. هرچند، فراوانی هموزیگوت وحشی بالا بود. برای نژاد گوسفند بلوچی فقط چهار درصد از حیوانات ژنوتیپ هتروزیگوت داشتند و 96 درصد حیوانات ژنوتیپ وحشی را نشان دادند. برای نژاد گوسفند مغانی 16 درصد ژنوتیپ هتروزیگوت را نشان دادند و فقط چهار درصد از حیوانات ژنوتیپ هموزیگوت جهش یافته داشتند. همچنین، تنها یک ژنوتیپ هتروزیگوت در نژاد افشاری مشاهده شد. مطالعات متعددی ارتباط بین ژن‎های FecB، FecG و FecX را با چند قلوزایی در گوسفند نشان داده است. به دلیل فراوانی بالای هموزیگوت وحشی و این حقیقت که میش‎های بلوچی و مغانی عمدتا، تک قلوزا بودند، نقش جهش FecB در چند قلوزایی گوسفند افشار ی می‎تواند قابل توجه باشد. قوچ مورد استفاده در این گله هتروزیگوت بود. به طور کلی، می توان نتیجه گرفت که آلل جهش یافته FecB با چندقلوزایی گوسفندان ایرانی ارتیاط دارد. هرچند، تایید آماری این موضوع نیاز به یک مطالعه اختصاصی همرا با ثبت دقیق رکورد صفات تولید مثلی دارد. نتایج این مطالعه چندشکلی آلل برولا در میش‎های افشاری که فرزندان یک قوچ ژنوتیپ هتروزیگوت بودند را نشان داد. همچنین، کل این میش‎ها در شکم اول و 50 درصد آن‎ها در شکم دوم چند قلوزا بودند. بنابراین، جهش برولا ممکن است باعث چند قلوزایی در میش‎ها ‎شود. هرچند، تایید ارتباط چندشکلی‎های ژنی مرتبط با افزایش باروری و چندقلوزایی نیاز به مطالعه جامع تری به همراه اندازه‎گیری شاخص‎هایی مانند غلظت هورمون‎های جنسی، میزان تخمک‎گذاری و اندازه فولیکول‎ها دارد.

    کلید واژگان: ژن کاندید, باروری, چندشکلی, گوسفند
    Reza Tohidi *, Ali Javadmanesh, Elias Ebrahimi Khoramabadi, Kamal Ghasemi Bezdi

    Sheep are used as a genetic model to study the relationship between genetic diversity and ovulation rate. Previous studies have shown that ovulation rate and litter size can be controlled by a set of genes called fecundity genes . Three fertility genes have been identified in sheep called BMPR1B or FecB, GDF9 or FecG and BMP15 or FecX. Tetra-ARMS-PCR is a suitable alternative method in the context of expensive methods such as sequencing and PCR-RFLP to identify SNPs whose sequences are known. The entry of the Booroola allele into the Afshari breed increased the frequency of litter size. The aim of this study was to investigate the polymorphism of two fertility genes including FecB and FecG in Mughani, Afshari and Baluchi sheep in Khorasan Razavi province.Blood samples were taken from 95 Afshari, Baluchi and Mughani sheep. Two pairs of control (outer) and specific (inner) primers were used to amplify FecB and FecG gene fragments by the Tetra-ARMS PCR method. Temperature cycling of PCR amplification for FecB started at 94°C for 4 minutes, followed by 35 cycles consisting of 94°C for 25 seconds, annealing temperature at 54°C for 35 seconds, extension at 72°C for 20 seconds and a final extension at 72°C for 5 minutes. For amplification of the G1 point mutation on the FecG gene, the annealing temperature was 54°C for 35 s, extension was 70°C for 40 s, and final extension was 70°C for 5 minutes. The PCR products were electrophoresed on a 2% agarose gel.Three genotypes have been observed for the FecB gene in Afshari sheep; wild homozygous (++), heterozygous (B+) and homozygous mutant (BB). All Mughani and Baluchi sheep were homozygous for this gene. A 108 bp band was detected for mutant homozygotes. A band of 213 bp was observed in wild homozygotes. The frequency of wild homozygotes was high in the three breeds,. The frequency of the wild allele in this breed was 0.39 and that of the mutant allele 0.61, the overall frequencies for the three breeds being 0.8 and 0.2, respectively. The result of Tetra-ARMS-PCR for the G1 point mutation of the GDF9 gene showed polymorphism in all three breeds, however, the frequency of wild homozygotes was high. In the Balochi breed, only two animals (4%) were heterozygous and 96% of the animals showed the wild homozygous genotype. In the Mughani breed, 16% were heterozygous and only one animal was homozygous mutant. In addition, only one heterozygote was observed in the Afshari breed. Several studies have shown the association of the FecB, FecG and FecX genes with litter size in sheep. Due to the high frequency of wild homozygotes and the fact that Mughani and Baluchi ewes mostly gave birth to single lambs, the role of FecB mutation in litter size of Afshari ewes was observed. The ram used in this herd was heterozygous for FecB. In general, it can be concluded that the mutant FecB allele has a correlation with litter size in Iranian sheep. However, the statistical confirmation of this issue requires a dedicated study with a detailed record of reproductive traits.The results of this study demonstrated the presence of a Booroola mutation in the Afshari ewes that were offspring of heterozygous rams. In addition, all of these ewes had litter size in at least one of the two pregnancies. Hence, the Booroola mutation may potentially increase the litter size of ewes. However, a more comprehensive study measuring biological indicators such as sex hormone levels, ovulation rate and follicle size is needed to demonstrate the effect of these types of mutations on increasing fertility.

    Keywords: Candidate Gene, Fecundity, Polymorphism, Sheep
  • حسین محمدی*، حسین مرادی شهربابک، امیر حسین خلت آبادی فراهانی
    انتخاب طبیعی و مصنوعی در جهت افزایش فراوانی جهش های جدیدی که در برخی از جمعیت ها مفید هستند باعث بر جای گذاشتن نشانه هایی در سطح ژنوم می شود. هدف از پژوهش حاضر، شناسایی نشانه های انتخاب بین نژادهای گوسفند بومی ایران با نژادهای مصری بود. بدین منظور از اطلاعات 96 راس گوسفند زندی و 107 راس گوسفند مصری (59 راس بارکی و 48 راس راهمنی) استفاده شد. پس از اجرای مراحل مختلف کنترل کیفیت داده ها، برای شناسایی نشانه های انتخاب از روش آماری hapFLK به وسیله نرم افزارhapFLK  نسخه 4/1 استفاده شد. ژن های کاندیدا با استفاده از چندشکلی های تک نوکیوتیدی (SNP) که در بازه 1/0 درصد بالای ارزش hapFLK، واقع شده بودند با استفاده از برنامه BioMart شناسایی شدند. سپس عملکرد زیستی ژن ها با استفاده از پایگاه اطلاعاتی PANTHER بررسی شده و برای تفسیر عملکرد ژن های کاندیدا از پایگاه های برخط GeneCards و UniProtKB استفاده شد. نتایج حاصل از hapFLK نشان داد که در مقایسه جمعیت گوسفند بومی زندی با نژادهای مصر،ی هفت ناحیه ژنومی روی کروموزوم های یک، دو (سه منطقه)، 10، 25 و 26 شناسایی شدند. بررسی ژن های گزارش شده در این مناطق نشان داد که در داخل یا مجاورت این نواحی، ژن های DNAJB4، FNDC3B، GULP1، ACVR1 و FGF9 قرار داشتند. ژن های موجود در این مناطق با سیستم ایمنی، سازگاری، تعداد بره متولد شده و رشد عضلات مرتبط هستند. نتایج این تحقیق می تواند منبع اطلاعاتی ارزشمندی در زمینه شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با صفات در نژادهای مختلف گوسفند فراهم آورد. به هر حال، جهت شناسایی دقیق این ژن ها و جایگاه های کنترل کننده صفات کمی یا QTLها لازم است مطالعات پیوستگی و عملکردی بیشتری انجام شود.
    کلید واژگان: انتخاب, پویش ژنومی, تعداد نتاج متولد شده, سازگاری, گوسفند
    H. Mohammadi *, H. Moradi Shahrebabak, A. H. Khaltabadi Farahani
    Introduction
    Artificial and natural selection not only increases the frequency of new-useful mutations but also remains some signals throughout the genome. Since these regions often control economically important traits, identifying and tracking these regions is the most important subject in animal genetics. Also, natural and artificial selection related to adaptation and economic traits, such as litter size, results in changes at the genomic level which leads to the appearance of selection signatures. Several tests including the linkage disequilibrium-based approach, site frequency spectrum, and population differentiation-based approach have been developed to explore the footprints of selection in the genome. Domestication and selection have significantly changed the behavioral and phenotypic traits in modern domestic animals. The selection of animals by humans left detectable signatures on the genome of modern sheep. The identification of these signals can help us to improve the genetic characteristics of economically important traits in sheep. Over the last decade, interest in the detection of genes or genomic regions that are targeted by selection has been growing. Identifying signatures of selection can provide valuable insights about the genes or genomic regions that are or have been under selection pressure, which in turn leads to a better understanding of genotype-phenotype relationships. One of the best ways to understand physiological processes is to analyze gene regulation networks. Identification of genes involved in economic traits as molecular markers in breeding is of special importance. Gene regulation networks enable the researcher to study all of the genes together. This study aimed to identify selection signature regions and candidate genes related to adaptation and the number of lambs born.
    Materials and methods
    To identify the signatures of selection in Iranian native sheep and Egyptian breeds, genomic information of 96 native sheep (including 96 Zandi) and 107 Egyptian sheep (including 59 Barki and 48 Rahmani) were used. The genomic information of foreign breeds was extracted from the Dryad database (https://dryad.com/articles/dataset). To determine the genotype of the samples, Illumina Bead Chip 50K was used. Quality control was conducted using the Plink software. The markers or individuals were excluded from the further study based on the following criteria: unknown chromosomal or physical location, call rate <0.95, missing genotype frequency >0.05, minor allele frequency (MAF) < 0.05, and a P-value for Hardy–Weinberg equilibrium test less than 10-6. After the quality control of the data, the hapFLK statistical method, with hapFLK v1.4 software, was used to identify selection signatures. The genomic version of the Oar_v4.0 database in NCBI was used for detecting the genomic position of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the sheep genome. Candidate genes were identified by SNPs located at 0.1% upper range of hapFLK using BioMart software in ensemble 109. Then, using the PANTHER database, the general biological function of the genes was checked. At this stage, it is assumed that genes that belong to a functional class can be considered as a group of genes that have some specific and common characteristics, and the QTLs in the selected region were extracted using the Animal Genome database, and the genes were compared with other research. GeneCards (http://www.genecards.org) and UniProtKB (http://www.uniprot.org) databases were also used to interpret the function of the obtained genes.
    Results and discussion
    Based on the results of hapFLK, by comparing the Zandi population with Egyptian breeds (Barki and Rahmani), seven genomic regions on chromosomes 1, 2 (three regions), 10, 25, and 26 were identified. Candidate genes of DNAJB4, FNDC3B, GULP1, ACVR1, and FGF9 were in these regions. Further investigation using bioinformatics tools showed these genomic regions overlapped with the immune system, adaptation, litter size, and lipid and muscle metabolism.
    Conclusions
    The results of this study may provide an important source to facilitate the identification of genomic regions and then, the genes affecting economically important traits in the sheep industry. However, it will be necessary to carry out more association and functional studies to demonstrate the implications of these genes. Therefore, in subsequent studies with more samples and more breeds of domestic and wild sheep in Iran, a better understanding of candidate genes for important economic traits in domestic and wild species would be achieved.
    Keywords: Selection, Genome scan, Litter Size, Adaptation, Sheep
  • رمضانعلی عزیزی، امیرحسین خلت آبادی فراهانی*، حسین مرادی، حسین محمدی، حسینعلی قاسمی

    به منظور بهره گیری از نتایج تحقیقات مرتبط با مطالعات پویش کل ژنومی (GWAS) و استفاده از آن در جهت ترسیم شبکه های تنظیم ژنی، مطالعات جدیدی در حال انجام می باشد که مبنای آن استفاده از الگوریتم های ماتریس AWM است (Reverter و Fortes، 2013). در مطالعه حاضر، شبکه های ژنی از طریق الگوریتم های ماتریسAWM -PCIT و ارتباط SNPها با فنوتیپ های تولید و ترکیبات شیر گوسفند ترسیم شد. بدین منظور از داده های تولید و ترکیبات شیر 469 راس میش نژاد Valle del Belice و اطلاعات ژنوتیپی 37228 SNP استفاده شد. داده های فنوتیپی شامل 5328 رکورد روز آزمایش برای 6 صفت تولید شیر (مقدار تولید، میزان و درصد چربی، میزان و درصد پروتیین و تعداد سلول های بدنی شیر) بود و شبکه تنظیم ژنی با استفاده از برنامه cytoscape رسم شد. نتایج نشان داد که استفاده از الگوریتم های AWM-PCIT از بین ژن های شناسایی موجود، که در ارتباط مستقیم و غیرمستقیم با صفات مرتبط با شیر بودند ژن های OSBPL3، ERBB4، VGLL4، BAZ1A، DDX25، CDH23، ITSN2، DPY30، FAT3 و CAPN10 شناسایی شدند. نتایج مطالعه حاضر و سایر مطالعات نشان داد که فرآیند پیچیده تولید و ترکیبات شیر تحت تاثیر شبکه تنظیم ژنی بیش از 10 ژن مهم و ارتباط با تعداد زیادی از ژن های دیگرقرار دارد و با توجه به تایید نتایج حاصل از مطالعه قبلی در زمینه ی پویش ژنومی صفات تولید و ترکیبات شیر، و شناسایی مناطق ژنومی جدید مرتبط با این صفات، استفاده از یافته های این تحقیق، می تواند در انتخاب ژنتیکی گوسفند مفید باشد.

    کلید واژگان: مطالعات پویش ژنومی (GWAS, شبکه تنظیمی ژن, تولید شیر, گوسفند
    Ramezanali Azizi, AmirHossein Khaltabadi Farahani *, Hossein Moradi, Hossein Mohammadi, Hossein Ali Ghasemi

    Nowadays, new studies are being conducted based on the results of GWAS studies and the mapping of gene regulation networks based on the use of AWM matrix algorithms. In the present study, to map gene networks using AWM-PCIT matrix algorithms and and the association of SNPs with sheep milk production phenotypes and compositions was used. For this purpose, data on milk production traits in Valle del Belice sheep were used. After data quality control, 469 ewes and 37228 SNPs were used for final analysis. Phenotypic data were retained for analysis and contained 5586 Test day records for six milk production traits. and their gene regulation network was plotted using the cytoscape program. The results showed that using AWM-PCIT matrix algorithms, among the candidate genes that are directly and indirectly related to milk production traits were identified GENES OSBPL3, ERBB4, VGLL4, BAZ1A, DDX25, CDH23, ITSN2, DPY30, FAT3 and CAPN10. The present study and other studies have shown that the complex process of milk production and composition is important under the influence of the gene regulation network of more than 10 genes and is associated with many other genes.In total, this study supported previous results from GWAS of milk production and composition traits, also revealed additional regions in the sheep genome associated with these economically important traits. Using these findings could potentially be useful for genetic selection in the breeding programs.

    Keywords: Gene regulatory network, milk production, Sheep, GWAS
  • حسین محمدی*، محمد شمس اللهی
    مقدمه و هدف

    بررسی معماری ژنتیکی صفات تولیدمثلی به‎دلیل این‎که تاثیر عمده‎ای بر سیستم‎های تولیدی در صنعت گوسفنداری دارد، مورد توجه محققین قرار گرفته است. هدف پژوهش حاضر، شناسایی مناطق ژنومی موثر بر تعداد کل نتاج متولد شده و سن اولین بره‎زایی میش‎های نژاد پربازده کایاس با استفاده از آرایه های ژنومی 50K بود.

    مواد و روش‎ها: 

    در این تحقیق، از اطلاعات ژنوتیپی و فنوتیپی 538 راس از میش های با باروری بالا شامل تعداد کل بره متولد شده در طول عمر و سن اولین زایش استفاده شد. آنالیز در سه مرحله شامل تعیین مکان SNPهای معنی دار با ژن، ارتباط ژن ها به طبقات عملکردی و مسیرهای بیوشیمیایی و در ادامه آنالیز همبستگی بین هر یک از مسیرهای عملکردی با صفات فنوتیپی مورد نظر انجام گرفت. ارزیابی پویش ژنومی برای صفات تولید مثلی در نرم افزار GEMMA انجام شد و سپس با استفاده از بسته نرم‎افزاری biomaRt2 برنامه R ژن های معنی داری که در داخل و یا 15 کیلوباز بالا و پایین‎دست نشانگرهای معنی دار قرار داشتند، شناسایی شدند. در نهایت، آنالیز غنی سازی مجموعه های ژنی با برنامه برخط KOBAS با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن های نزدیک به مناطق انتخابی از طریق پایگاه های برخط GO، KEGG، Reactome، BioCyc و PANTHER انجام شد.

    یافته ها

    در این پژوهش تعداد 11 نشانگر تک نوکلیوتیدی روی کروموزوم های 1، 2، 5، 7، 8، 10، 13، 15، 17، 22 و 23 شناسایی شدند. در این مناطق ژن های QULP1،AURKA،TEX12،DLG1T،ACVR1، LCP2 و PPFIA2 که با صفات تولیدمثلی در ارتباط هستند، قرار داشتند. برخی از این ژن های شناسایی شده در این تحقیق با مطالعات قبلی هم‎خوانی داشتند. در تحلیل غنی سازی مجموعه های ژنی، تعداد 19 مسیر بیولوژیکی مرتبط با صفات تولید مثلی شناسایی شدند. برخی از مسیرهای زیستی شناسایی شده در باروری، نرخ تخمک‎اندازی، بیوسنتز استروژن، نرخ آبستنی، رشد و توسعه عضلات اسکلتی، رشد ابتدایی جنین و سن بلوغ نقش مهمی دارند.

    نتیجه گیری: 

    ‎ نتایج حاصل از این تحقیق می تواند نقش مکانیسم های ژنتیکی موثر بر صفات تولید مثلی بیشتر آشکار سازد. با توجه به تایید مناطق قبلی پویش ژنومی و نیز شناسایی مناطق ژنومی جدید در این مطالعه، می توان با اطمینان بیشتراز یافته ‎های این پژوهش در برنامه های اصلاح نژادی برای صفات اقتصادی مهم در گوسفند استفاده نمود.

    کلید واژگان: آنالیز غنی سازی, تک نوکلئوتیدی, چندشکلی تولید مثل, ژن کاندیدا, گوسفند
    Hossein Mohammadi*, Mohammad Shamsollahi
    Introduction and Objectives

    Genetic architecture of sheep reproduction is increasingly gaining scientific interest due to the major impact on sheep production systems. The present study aimed to conduct for identifying the loci associated with total number of progeny born and first lambing age in highly prolific Chios sheep using the 50K arrays.

    Material and Methods

    In this research, phenotypic and genotypic data related to total number of lambs born and first lambing age in lifetime and first lambing age were obtained from 538 highly prolific sheep. The gene set analysis consists basically in three different steps: the assignment of SNPs to genes, the assignment of genes to functional categories and finally the association analysis between each functional category and the phenotype of interest. Genome wide association study was performed with reproductive traits using GEMMA software. Using the biomaRt2 R package the SNP were assigned to genes if they were within the genomic sequence of the gene or within a flanking region of 15 kb up- and downstream of the gene. Finally, a gene enrichment analysis was performed with the KOBAS platform from online bioinformatics databases for the assignment of the genes to functional categories, the GO, KEGG, DAVID and PANTHER databases were used.

    Results

    In this research, 11 SNP markers on chromosomes 1, 2, 5, 7, 8, 10, 13, 15, 17, 22 and 23 were identified. Also, we identified different sets of candidate genes related to reproductive traits: QULP1, AURKA, TEX12, DLG1T, ACVR1, LCP2 and PPFIA2 in Chios sheep. Some of these genes identified in this research were consistent with previous studies. In the enrichment analysis of gene sets, 19 biological pathways related to reproduction traits were identified. Some of these pathways have important role in fertilization, ovulation rate, estrogen biosynthesis, conception rate, skeletal muscle development, early development of the fetus and puberty.

    Conclusion

    The results of this research can further reveal the role of genetic mechanisms affecting reproductive traits. Considering the conformation of previous genomic region and the new genomic regions identified in this study, the findings of this research can be used more confidently in breeding programs for important economic traits in sheep.

    Keywords: Candidate gene, Enrichment analysis, Reproduction, Sheep, SNP
  • طاهر یلچی*
    مقدمه و هدف

    پروتیین خام یکی از گران ترین اجزای جیره غذایی و مواد مغذی مورد نیاز دام است. یکی از راهکارهای استفاده بهینه از پروتیین خام ایجاد نوسان در سطح پروتیین خام جیره و تغذیه متناوب آن در فواصل زمانی یک تا چند روز است. این پژوهش به منظور بررسی تاثیر تغذیه متناوب پروتیین خام جیره بر عملکرد رشد و برخی فراسنجه های شکمبه ای و خونی در بره های نر پرواری انجام شد.

    مواد و روش ها

    سه جیره غذایی با پروتیین خام 12، 14 و 16 درصد و انرژی قابل متابولیسم یکسان تنظیم شدند. از 36 راس بره نر با میانگین وزن 2/04±23/94 کیلوگرم در چهار تیمار در قالب طرح کاملا تصادفی استفاده شد. تیمار اول جیره با سطح پروتیین خام 14 درصد را به صورت ثابت دریافت کرد. تیمارهای دوم تا چهارم جیره های با پروتیین خام 12 و 16 درصد را به ترتیب با تناوب 24، 48 و 72 ساعت دریافت کردند. مصرف خوراک، عملکرد رشد، ضریب تبدیل خوراک، قابلیت هضم و برخی فراسنجه های شکمبه ای و خونی اندازه گیری شد.

    یافته ها

    تفاوت معنی داری از نظر مصرف خوراک و عملکرد رشد در بین تیمارها مشاهده نشد هرچند ضریب تبدیل خوراک در تیمار با تناوب مصرف پروتیین خام 48 ساعته بهبود یافت و نسبت به تیمار شاهد تمایل به معنی داری را نشان داد (0/063=p). بیشترین قابلیت هضم ماده آلی مربوط به تیمار با تناوب مصرف 48 ساعته بود که نسبت به سایر تیمارها تمایل به معنی داری را نشان داد (0/091 =p). بین تیمارهای آزمایشی از نظر قابلیت هضم ماده خشک، پروتیین خام و الیاف نامحلول در شوینده خنثی تفاوت معنی داری مشاهده نشد. بیشترین نیتروژن آمونیاکی مایع شکمبه و نیتروژن اوره ای خون در تیمار با تناوب مصرف پروتیین خام 48 ساعته بود (0/05<P).

    نتیجه گیری

    نتایج این پژوهش نشان داد ضریب تبدیل خوراک به هنگام استفاده از راهکار ایجاد نوسان در سطح پروتیین خام جیره و تغذیه متناوب آن تاحدودی بهبود می یابد، اما تاثیری در عملکرد رشد بره های نر و قابلیت هضم خوراک نداشت. همچنین نیتروژن آمونیاکی شکمبه و نیتروژن اوره ای خون افزایش یافت. لذا استفاده از این راهکار در تغذیه بره های نر پرواری توصیه می شود.

    کلید واژگان: پرواربندی, عملکرد, قابلیت هضم, گوسفند, نیتروژن اوره ای خون
    Taher Yalchi*
    Introduction and Objective

    Crude protein is one of the most expensive components of feed and nutrients needed by animals. One of the ways to optimally use crude protein is to oscillating the level of crude protein in the diet and feeding it intermittently at intervals of one to several days. This study was conducted in order to investigate the effect of oscillating dietary protein concentration on growth performance and some rumen and blood parameters in fattening male lambs.

    Material and Methods

    Three diets were adjusted with crude protein of 12, 14 and 16% and with the same metabolic energy. 36 male lambs with an average weight of 23.94±2.04 kg were used in four treatments in a completely randomized design. The first treatment received a diet with a crude protein level of 14%. The second to fourth treatments received diets with 12 and 16% crude protein at intervals of 24, 48 and 72 hours, respectively. Feed consumption, growth performance, feed conversion ratio, digestibility and some rumen and blood parameters were measured.

    Results

    No significant difference was observed in terms of feed consumption and growth performance among the treatments, although the feed conversion ratio improved in the treatment with a 48-hour crude protein consumption interval and showed a tendency to be significant compared to the control treatment (p=0.063). The highest digestibility of organic matter was related to the treatment with 48-hour consumption interval, which shows a tendency to be significant compared to other treatments (p=0.091). No significant difference was observed between experimental treatments in terms of digestibility of dry matter, crude protein and neutral detergent fiber. The highest rumen ammonia nitrogen and blood urea nitrogen were in the treatment with 48-hour crude protein consumption interval (p<0.05).

    Conclusion

    The results of this research showed that the feed conversion ratio improves to some extent when using the method of creating oscillations the crude protein level of the ration and its intermittent feeding, but it had no effect on the growth performance of male lambs and feed digestibility, as well as rumen ammonia nitrogen and blood urea nitrogen increased. Therefore, it is recommended to use this strategy in feeding fattening male lambs.

    Keywords: Blood urea nitrogen, Digestibility, Fattening, Performance, Sheep
  • محمد رضا بحرینی بهزادی*، محمد کشاورزپور، فرهاد صمدیان
    هدف از انجام این پژوهش، بررسی عملکرد تولیدمثلی میش های بومی شهرستان خانمیرزا در دو فصل تولیدمثلی و غیر تولیدمثلی، با برنامه‏های کوتاه‎مدت و بلندمدت همزمان‎سازی فحلی به همراه تزریق استرادیول و eCG بود. آزمایش در دو دوره و با دو گروه مجزای 400 راسی از میش‏ها (دو تا پنج سال و میانگین وزنی 5/2±45 کیلوگرم) در قالب چهار گروه آزمایشی 100 راسی انجام شد. در گروه اول یا شاهد هیچ گونه برنامه همزمان‏سازی انجام نشد. گروه‏های آزمایشی دوم و سوم، تیمارهای کوتاه‏مدت استفاده از اسفنج پروژسترونی به مدت 12 روز بودند. در تیمارهای دوم و سوم در روز اسفنج‏برداری به ترتیب یک میلی‏گرم استرادیول بنزوات و 400 واحد بین المللی eCG به طور عضلانی تزریق شد. در تیمار چهارم یا تیمار بلندمدت-eCG، میش‎ها به مدت 14 روز تیمار پروژسترونی را دریافت کرده و در روز اسفنج‏برداری 400 واحد بین المللی eCG به طور عضلانی به آن ها تزریق شد. نتایج نشان داد که کاهش طول مدت تیمار با اسفنج پروژسترونی، در هر دو دوره آزمایش، منجر به کاهش معنی‏دار نرخ پاسخ فحلی گردید، ولی بر سایر فراسنجه‏های تولیدمثلی تاثیر معنی‏داری نداشت. صرف نظر از فصل، تزریق استرادیول به جای eCG در روز اسفنج‏برداری، ضمن افزایش نرخ پاسخ فحلی میش‏ها، منجر به افزایش شدید نرخ بازگشت به فحلی و کاهش معنی‏دار درصد میش‎های آبستن، میش‎های زایمان کرده و نرخ بره‎زایی میش‎ها گردید. بنابراین، در طول هر دو فصل تولیدمثلی و غیر تولیدمثلی، تیمار کوتاه‏مدت پروژسترونی (12 روز) و همچنین تزریق استرادیول بنزوات به جای eCG برای همزمان‏سازی فحلی میش‎ها قابل توصیه نمی‏باشد.
    کلید واژگان: اسفنج پروژسترون دار, عملکرد تولیدمثلی, گوسفند, همزمان سازی فحلی
    Mohammad Reza Bahreini Behzadi *, Mohammad Keshavarzpour, Farhad Samadian
    Introduction
    Estrus synchronization is a valuable management tool that has been employed in enhancing reproductive efficiency in ewes. Synchronization of estrus and ovulation for fixed-time artificial insemination in sheep is mostly based on the insertion of intravaginal devices containing either progesterone CIDR (Controlled Internal Drug Release) inserts or progestagens (sponges impregnated with fluorogestone acetate (FGA) or medroxyprogesterone acetate (MAP)). Intravaginal sponges are usually inserted over periods of 12 to 14 day and used together with eCG, particularly out of season, administered at the time of sponge withdrawal or 48 hours prior to sponge removal. It has now been indicated that shortening the duration of progesterone treatment with intravaginal instruments, while being effective in inducing estrus and ovulation, reduces the incidence of vaginal infections and consequently improves fertility. On the other hands, it has been reported that pregnancy rates of progestagen-synchronized ewes were lower during anestrus than during the breeding season. Therefore, this study was conducted to investigate the reproductive performance of indigenous ewes in Khanmirza city with short-term and long-term estrous synchronization programs accompanied by eCG during breeding and anestrous season. Moreover, efficacy of estradiol injection instead of gonadotropin during short-term progesterone treatment was evaluated in both seasons.
    Materials and Methods
    The experiment was performed at two periods, during the breeding and the anestrus seasons on 2 different groups of 400 ewes. During each season, ewes (2 to 5 years of age and average body weight of 45±2.5 kg) were allocated to 4 groups of 100, in the way that each experimental group contained an equal number of ewes of a particular age. Experimental groups were: Control (without any synchronization program), Short term-estradiol group (ewes received 12 days progesterone treatment and intramuscular injection of 1mg estradiol benzoate at the time of sponge removal), Short term-eCG group (ewes received 12 days progesterone treatment and intramuscular injection of 400 IU eCG at the time of sponge removal) and Long term-eCG group (ewes received 14 days progesterone treatment and intramuscular injection of 400 IU eCG at the time of sponge removal). The progesterone treatment consisted on a vaginal sponge which contained 60 mg Medroxyprogesterone Acetate. Then, the ewes were placed in pens and one healthy ram was introduced for every 5 ewes, in order to detect heat and mating. Estrus signs were detected and recorded every hour for 5 days. The percentages of ewes that showed overt signs of estrus during a period of five days (estrus rate), estrus onset (the time elapsed between sponge removal and the first accepted mating) and pregnancy rate (The number of ewes without showing signs of estrous after 42 days of mating/total number of ewes×100) were recorded. Fecundity and prolificacy rate was calculated based on the number of lambs born. Lambs were monitored for 30 days after birth and deaths among them during this period were recorded against the ewes which were their mothers, and the survival rate was determined. The multiple birth rate was calculated by combining the twin and triplet birth rates.
    Results and Discussion
    The results showed that reducing the duration of treatment with progesterone sponge in both trial period (autumn and spring) led to a significant reduction in estrus rate (P ≤ 0.05), but had no significant effect on other reproductive parameters (P > 0.05). Regardless of the season, injection of estradiol instead of eCG on sponge removal day, while increasing the estrus rate of ewes, led to a sharp increase in the rate of return to estrus (P ≤ 0.05) and caused decreases in the percentage of pregnant ewes, percentage of parturition ewes and lambing rate (P ≥ 0.05). In the breeding season, the mortality rate of lambs born from progesterone-synchronized ewes decreased and fecundity increased numerically compared to the corresponding group in breeding season group. Lack of possible effect of the anestrus season during synchronization programs on estrous rate and fertility of ewes can be attributed to optimal nutritional conditions of ewes in this season.
    Conclusion
    Short term progesterone treatment (12 day) as well as injection of estradiol benzoate instead of eCG is not recommended to synchronize the estrous of ewes during both reproductive and anestrus seasons. In other words, short-term progesterone treatment (12 days) was not effective to synchronize estrus in breeding and anestrous sheep which can be attributed to follicular dynamics.
    Keywords: Estrus Synchronization, Progesterone sponge, Reproductive performance, Sheep
  • علیرضا نیک منش*، مسعود اسدی فوزی، علی اسمعیلی زاده کشکوئیه، حجت اسدالله پور نعنائی، لیلا عزالدین لو
    مقدمه و هدف

    ژن BRCA1 که به آن "دروازه بان" می گویند؛ نقش مهمی در روند ترمیم آسیب های DNA، تنظیم چرخه سلولی، تنظیم فرآیند رونویسی، حفظ پایداری کروموزوم و دیگر مسیرهای مهم برای تعمیر و نگهداری از ثبات ژنوم دارد. تحقیق حاضر با هدف انجام آنالیزهای بیوانفورماتیکی و مقایسه تنوع ژنتیکی و ساختار فیلوژنتیکی ژن BRCA1 در نژادهای مختلف گوسفندان اهلی و وحشی از 49 نژاد در 6 منطقه جغرافیایی : آسیای غربی، اروپا، چین، شمال آفریقا، جنوب آفریقا و نژاد وحشی (کشور ایران) با استفاده از بانک اطلاعاتی ژنوم NCBI انجام شد.

    مواد و روش ها: 

    توالی های مورد نظر با استفاده از نرم افزار MEGA11 هم تراز و درخت فیلوژنتیکی به روش Neighbor-Joining ترسیم شد. همچنین تعداد جهش ها، تنوع نوکلیوتیدی، تنوع هاپلوییدی، تعداد جایگاه هایی که در آنها جایگزینی مشابه یا غیر مشابه اتفاق افتاده، درصد تفرق ژنی و تبدیل ژنی نیز با استفاده از نرم افزار Dnaspv5 مورد بررسی قرار گرفت.

    یافته ها:

     تجزیه و تحلیل های مربوط به مقایسه نژادهای موجود در 6 منطقه جغرافیایی، 112 چند شکلی را نشان داد که منجر به ایجاد 19 هاپلوتیپ مختلف با تنوع هاپلوتیپی 0/035 شد. تنوع نوکلیوتیدی و متوسط تفاوت های نوکلیوتیدی (k) در بین نژادها به ترتیب 0/205 و 0/052 برآورد گردید. تمایز ژنتیکی بین جمعیت گوسفندان چین با جمعیت گوسفندان وحشی کمترین بود. میانگین فواصل ژنتیکی بین تمام مناطق جغرافیایی 29/0 محاسبه گردید. میانگین نسبت نوکلیوتیدی (A+T) : (G+C)  برابر با 62 : 38 % بود که نشان دهنده غالب بودن بازهای سیتوزین و گوانین می باشد. میزان توالی حفاظت شده این تحقیق به طور میانگین 0/313 بود که نشان دهنده چند شکلی بالای این ژن و به وجود آمدن پروتیین های جدید و همچنین عملکردهای جدیدی جهت سازگاری با شرایط مختلف هموستازی می باشد. تعداد موثر کدون ها در این تحقیق 56/41 محاسبه شد. مقدارD تاجیما در آزمون بی طرفی تاجیما 0/478 به دست آمد که نشان دهنده متعادل بودن فشار انتخاب می باشد.

    نتیجه گیری: 

    تنوع ژنتیکی بالایی در جمعیت وحشی وجود دارد که از دلایل آن وجود محیط های جنگلی و باز، جلوگیری از رانش ژنتیکی و کاهش آمیزش های خویشاوندی می باشد که بر روی قدرت عضلانی، عادات غذایی، رفتارهای پرخاشگرانه، پاسخ های دفاعی، ادراک حسی مقابله با شرایط و استرس های محیطی مرتبط با بیان ژن BRCA1 در این جمعیت ها تاثیر گذار می باشد.

    کلید واژگان: تنوع ژنتیکی, ساختار فیلوژنتیکی, گوسفند, منطقه جغرافیایی, BRCA1
    Alireza Nikmanesh*, Masood Asadi Fozi, Ali Esmailizadeh, Hojjat Asadollahpour Nanaei, Leila Ezedinloo
    Introduction and Objective

    The BRCA1 gene, which is called “gate keeper” It plays an important role in the process of repairing DNA damage, regulating the cell cycle, regulating the transcription process, maintaining chromosome stability, and other important pathways for the maintenance of genome stability. The current research was conducted with the aim of bioinformatic analysis and comparison the genetic diversity and phylogenetic structure of the BRCA1 gene of different breeds of domestic and wild sheep from 49 breeds in 6 geographical regions: Western Asia, Europe, China, North Africa, South Africa and wild (Iran) using the NCBI genome databas.

    Material and Methods

    The desired sequences were aligned using MEGA11 software and a phylogenetic tree was drawn by Neighbor-Joining method. Also, the number of mutations, nucleotide diversity, haploid diversity, the number of positions in which similar or non-similar substitutions occurred, the percentage of gene differentiation, gene conversion were also analyzed using Dnaspv5 software.

    Results

    The analyzes related to the comparison of breeds in 6 geographical regions showed 112 polymorphisms, which led to the creation of 19 different haplotypes with a haplotype diversity of 0.035. Nucleotide diversity and average nucleotide differences (k) among breeds were estimated as 0.205 and 0.052, respectively. The genetic differentiation between the Chinese sheep population and the wild sheep population was the lowest. The average genetic distance between all geographical regions was calculated to be 0.29. The average nucleotide ratio (A+T):(G+C) was equal to 38:62%, which indicates the predominance of cytosine and guanine bases. The amount of conserved sequence (c) in this research was 0.313 on average, which indicates the high polymorphism of this gene and the creation of new proteins as well as new functions to adapt to different homeostasis conditions. The effective number of codons (ENC) in this research was calculated to be 56.41. The value of D in the Tajima neutrality test was 0.478, which indicates that the selection pressure is balanced.

    Conclusion

    The high genetic diversity in the wild population, the reasons for which are the presence of forest and open environments, prevention of genetic drift and reduction of inbreeding, which affects muscle strength, eating habits, aggressive behaviors, defense responses, sensory perception of confrontation with environmental conditions and stress that related to BRCA1 gene expression in these populations.

    Keywords: BRCA1, Genetic diversity, Geographic region, Phylogenetic structure, Sheep
  • اسماعیل روزرخ، آرمین توحیدی*، سعید زین الدینی، مجتبی امام وردی

    هدف از پژوهش حاضر مقایسه تاثیر اسفنج و سیدر با دو برند متفاوت در همزمانی فحلی، سلامت مهبل و عملکرد تولید مثلی خارج از فصل در میش های نژاد مغانی بود. بدین منظور 120 راس میش نژاد مغانی انتخاب و به صورت تصادفی در چهار گروه آزمایشی قرار گرفتند. میش ها در گروه اول و دوم، به ترتیب با استفاده از اسفنج اسپانجاوت و سیدر ایزی برید (به عنوان برندهای خارجی و رایج)، و گروه سوم و چهارم به ترتیب با استفاده از اسفنج فلوروجست و سیدر پروژست (به عنوان برندهای جدید ساخت مشترک ایران و چین) به مدت 12 روز تیمار شدند. میش ها در همه گروه ها در زمان برداشت اسفنج و سیدر، مقدار400 واحد بین المللی هورمون eCG دریافت کردند. نرخ ترشحات مخاطی مهبل و چسبندگی در اسفنج نسبت به سیدر بیشتر بود (01/0<p). ولی در فراسنجه های تولید مثلی و غلظت پروژسترون بین سیدر و اسفنج و همچنین برند های این دو ابزار تفاوت معنی داری وجود نداشت. بنابراین اسفنج فلوروجست و سیدر پروژست به دلیل قیمت کمتر و کارآیی مشابه می تواند جایگزین مناسبی برای اسفنج و سیدر های خارجی متداول باشد.

    کلید واژگان: همزمان سازی فحلی, آبستنی, پروتکل های کوتاه مدت, تولید مثل, گوسفند
    Esameel Rouzrokh, Armin Towhidi *, Saeed Zaeinoaldini, Mojtaba Emamverdi

    The aim of the present study was to compare sponge and cider with two different brands in estrous synchronicity, vaginal health and off-breeding performance in Moghani ewes. For this purpose, 120 ewes of Moghani breed were selected and randomly divided into four experimental groups. Ewes in the first and second groups, using sponge Sponjavet and CIDER Eazi breed (as valid and common brands) for 12 days, respectively, and the third and fourth groups, respectively, using sponge Fluorojest and CIDER Progest (as New brands made jointly by Iran and China) were treated for 12 days. Ewes in all groups received 400 IU units of eCG at the time of sponge and cider harvest. The rate of vaginal mucosal discharge and adhesion in sponge was higher than cider (P< 0.01). However, there was no significant difference between reproduction and progesterone concentrations between CIDER and sponge as well as brands of these two tools.Therefore, due to lower price and similar efficiency, Sponge Fluorojest and CIDER Progest can be considered as an appropriate alternative to common commercial sponge and CIDER..

    Keywords: Estrus synchronization, Conception, Short-term protocols, reproduction, sheep
  • زهرا تقی پور، رضا طهماسبی، امید دیانی*، امین خضری، زهره حاج علیزاده

    سابقه و هدف:

     با توجه به این که تعداد قابل توجهی تخم مرغ طی حمل و نقل، نگهداری در انبار و در هنگام فروش شکسته شده و قابل مصرف برای انسان نمی باشند، بنابراین می توان از آن به عنوان یک ماده خوراکی با کیفیت بالا در تغذیه نشخوارکنندگان استفاده کرد. تخم-مرغ، یک منبع عالی از پروتیین و چربی، مورد توجه بسیاری از محققان قرار گرفته و تحقیقاتی در رابطه با کاربرد آن به عنوان یک منبع پروتیین ارزان و متنوع در تغذیه حیوانات انجام شده است. طی برآورد صورت گرفته، هشت درصد تخم مرغ های تجاری تولیدشده کیفیت خوبی را ندارند و قابل مصرف برای انسان نمی باشند، که برای مصارف حیوانی از جمله در تغذیه دام ها، ارزش تغذیه ای خوبی را دارند. لذا هدف از پژوهش حاضر، بررسی اثر تغذیه سطوح مختلف تخم مرغ کامل ضایعاتی بر مصرف خوراک، گوارش پذیری ظاهری مواد مغذی، فراسنجه های تخمیری شکمبه و سنتز پروتیین میکروبی در گوسفند بود.

    مواد و روش ها

    تخم مرغ کامل ضایعاتی به صورت تر در ده روز مراجعه متوالی از یک واحد مرغ تخم گذار تهیه شد. تخم مرغ های جمع-آوری شده به صورت طبیعی در هوا و دور از نور مستقیم آفتاب خشک و آسیاب شدند. پس از تعیین ترکیب شیمیایی، در سطوح صفر، 5/2، 5 و 5/7 درصد در جیره های آزمایشی استفاده و جایگزین کنجاله کلزا و سبوس گندم شد. پس از تهیه جیره های آزمایشی، فراسنجه-های مورد نظر با استفاده از چهار راس گوسفند نر بالغ کرمانی با میانگین وزن زنده 5/0±44 کیلوگرم در قالب طرح چرخشی در چهار دوره 21 روزه بررسی شد. گوارش پذیری ظاهری براساس روش جمع آوری کامل مدفوع محاسبه گردید. از مایع شکمبه هر گوسفند در پنج روز آخر هر دوره در ساعات صفر، سه و شش ساعت پس از وعده صبح جهت تعیین pH، نیتروژن آمونیاکی شکمبه و جمعیت پروتوزوآ نمونه گیری عمل آمد. در آخرین روز هر دوره و در سه ساعت پس از مصرف خوراک، خون گیری از گوسفندان از طریق ورید وداج انجام گرفت. جهت تعیین میزان آلانتویین و پروتیین میکروبی، میزان ادرار تولیدی در روزهای نمونه گیری در طول 24 ساعت با ظرف هایی موجود در زیر قفس های متابولیکی جمع آوری شد.

    یافته ها

    مصرف خوراک، مصرف و ابقا نیتروژن و همچنین گوارش پذیری ظاهری مواد مغذی تحت تاثیر جیره های آزمایشی قرار نگرفت. این در حالی است که غلظت نیتروژن آمونیاکی در سه ساعت پس از مصرف خوراک و جمعیت کل پروتوزوآ و گونه های انتودینیوم (به-ترتیب 54/13 و 94/9) با افزایش سطح تخم مرغ کامل ضایعاتی جیره، افزایش یافت (05/0>P). با افزودن تخم مرغ کامل ضایعاتی میزان سنتز پروتیین میکروبی تغییر معنی داری نداشت. در بین فراسنجه های خونی، غلظت کلسترول خون گوسفندان با افزودن تخم مرغ کامل ضایعاتی به جیره گوسفندان افزایش یافت (75/58 میلی گرم در دسی لیتر با جیره شاهد در برابر 69 میلی گرم در جیره حاوی 5/7 درصد ضایعات تخم مرغ) (05/0>P).

    نتیجه گیری

    نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد تخم مرغ کامل ضایعاتی از نظر سطح مواد مغذی مورد نیاز نشخوارکنندگان به طور نسبی متعادل بوده و استفاده از آن در سطح 5/7 درصد موجب افزایش جمعیت گونه های پروتوزوآ و تولید آمونیاک در شکمبه و بهبود شرایط تخمیر شد. بنابراین، این فراورده می تواند به عنوان جزیی از کنسانتره ی نشخوارکنندگان کوچک در جیره گنجانده شود.

    کلید واژگان: تخم مرغ کامل ضایعاتی, تخمیر شکمبه, گوارش پذیری, گوسفند
    Zahra Taghipour, Reza Tahmasbi, Omid Dayani *, Amin Khezri, Zohreh Hajalizadeh
    Background and objectives

    Considering that the significant numbers of eggs are broken during transport, storage and sale and are not consumable by humans, so it can be used as a high quality feed in livestock diet. Egg is an important alternative feed ingredient that contains high quality crude protein and crude fat. It is estimated that 8% of produced commercial eggs had not a good quality which has good nutritional value for animal consumption. It has been thought that, as a high quality nutrient, unmarketable cracked eggs could be used in animal nutrition and a few studies have been carried out on that respect. Therefore, the purpose of this experiment was to investigate of the effect of feeding different levels of wasted egg as the main source of dietary protein on sheep rumen fermentation, nutrient digestibility and blood parameters.

    Materials and methods

    Whole waste egg were prepared from a commercial laying hen farm during 10 consecutive days. The collected eggs were air-dried away from direct sunlight then grounded. After determining the chemical composition of wasted eggs, levels of 0, 2.5, 5 and 7.5% were used in experimental diets. For determine the effects of wasted egg on sheep, four mature ram (with 44±0.5 live weight) were used in a change-over design with four periods of 21 days. Nutrients digestibility determined by fecal total collection method. In the 5 days at the end of each period at 0, 3 and 6 h after morning feeding, rumen fluid was sampled from sheep by esophagus tube and were filtered through three layers of cheesecloth. Blood samples were collected at the end of each period and 3 h after morning feeding in 10-mL. To determine the amount of allantoin and microbial protein synthesis, the daily urine produced during 24 hours was collected.

    Results

    In the present study, dry matter intake and digestibility in sheep fed experimental diet were not significantly altered. Ruminal pH was not affected by waste egg. But, ammonia nitrogen and total protozoa population (13.54 and 9.94 respectively) in rumen fluid at three hours after morning feeding increased (P<0.05) by adding of waste egg in sheep’s diet. Total purine derivatives and microbial protein synthesis did not change. Blood cholesterol levels in sheep fed wasted egg were significantly higher (58.75 in control diet vs 69 in 7.5 % whole waste egg diet) than other groups (P<0.05).

    Conclusion

    In conclusion, waste egg has suitable nutrients for using livestock feed. Whereas, feeding 7.5% of wasted egg increased of total protozoa population and ammonia nitrogen, and improved fermentation condition. Because alter in ruminal fermentation characteristics, this waste can be used as part of a concentrate in the diet of sheep.

    Keywords: Waste egg, Rumen fermentation, Microbial protein, Sheep
  • حسین محمدی*، محمدحسین مرادی، امیرحسین خلت آبادی فراهانی

    رنگ پوشش، یکی از صفات مهم اقتصادی در گوسفند بوده و همچنین می تواند در شناسایی و تعیین خصوصیات نژادی مورد استفاده قرار گیرد. هدف پژوهش حاضر، مطالعه پویش کل ژنوم و آنالیز مسیرهای زیستی بر مبنای تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه ژنی جهت شناسایی جایگاه ها و ژن های مرتبط با صفت رنگ پوشش گوسفندان لری-بختیاری بوده است. پویش کل ژنوم بر اساس روش مورد-شاهدی در برنامه PLINK نسخه 90/1 انجام شد. آنالیز غنی سازی مجموعه ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R نسخه 1/6/3 با هدف شناسایی سطوح عملکردی و مسیرهای زیستی ژن های نزدیک در مناطق انتخابی کاندیدا انجام شد و در نهایت برای آنالیز بیوانفورماتیکی از پایگاه های برخط GO، Metacyc، KEGG، Reactome و Panther استفاده گردید. در این پژوهش نشانگر تک نوکلیوتیدی معنی دار روی کروموزوم های 1، 2، 6، 9، 10 و 16 شناسایی شدند که با ژن های EDNRB، PDGFRA، TCF25 و TYRP1 مرتبط بودند. در آنالیز غنی سازی مجموعه ژنی تعداد 5 مسیر هستی شناسی ژنی با صفت رنگ پوشش مرتبط بودند (05/0<p). از این بین، مسیرهای Regulation of protein tyrosine kinase activity، Regulation of protein kinase A signaling وActivation of protein kinase activity نقش مهمی در رشد و توسعه ملانوسیت ها و تنظیم رنگدانه ها در بدن داشتند. با توجه به تایید ارتباط برخی از مناطق ژنومی شناسایی شده در تحقیق حاضر با رنگ پوشش در گوسفند و بعضی گونه های دیگر و همچنین شناسایی مناطق ژنومی جدید، ژن های شناسایی شده در این مطالعه می توانند به عنوان ژن های کاندیدا برای مطالعات تکمیلی و نهایتا در انتخاب ژنتیکی رنگ پوشش در گوسفند مورد استفاده قرار گیرد.

    کلید واژگان: پویش ژنومی, رنگ پوشش, گوسفند, مسیرهای زیستی‏
    Hossein Mohammadi *, MohammadHossein Moradi, AmirHossein Khaltabadi Farahani

    Coat color is one of the important economic traits in sheep and it can be used for breed identification and characterization as well. The aim of the present study was to perform genome wide association study (GWAS) and pathway analysis based on gene set enrichment analysis for identifying the loci associated with coat color in Lori-Bakhtiari sheep breed. The GWAS was carried out using PLINK v. 1.90. The gene enrichment analysis was performed by goseq R package in R v.3.6.1 with the aim of identifying functional clusters and biological pathways of the genes in selected candidate regions and finally, for bioinformatics analysis we used online databases and softwares of GO, Metacyc, KEEG, Reactome and panther. In this study significant SNP markers were identified on chromosomes 1, 2, 6, 9, 10, and 16 that overlapped with EDNRB, PDGFRA, TCF25, and TYRP1 genes. According to pathway analysis, four GO pathways were associated with the coat color trait (P˂0.05). Among these pathways, regulation of protein tyrosine kinase activity, regulation of protein kinase A signaling and activation of protein kinase activity biological pathways, were previously reported to have an important role on the melanocyte development and coat pigmentation. Considering that the genomic regions identified in the current study have been confirmed to be associated with coat color in sheep and other species in previous reports, as well as the identification of some novel putative regions, the identified candidate genes in our study could be further studied and eventually used in genetic selection for coat color in sheep.

    Keywords: Biological pathways, Coat color, Genome-wide association study, sheep
  • فاطمه ربیعی، رامین عبدلی*، فرجاد رفیعی، نوید قوی حسین زاده
    در مطالعه حاضر، توالی های کامل ژنوم میتوکندریایی همراه با توالی های جداگانه 13 ژن رمزگر پروتیین به ازای هر ژنوم از شش گونه گوسفند وحشی شامل Asian Mouflon (Ovis orientalis)، Bighorn (Ovis canadensis)، Argali (Ovis ammon)، Urial (Ovis vignei)، Snow (Ovis nivicola)، Dall (Ovis dalli) و گونه گوسفند اهلی (Ovis aries) از بانک اطلاعاتی NCBI استخراج و با یکدیگر مقایسه شدند. نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل فاصله توالی ها نشان دهنده بیشترین شباهت ژنتیکی (8/99 درصد) بین گوسفند وحشی Ovis orientalis و گوسفند اهلی (Ovis aries) بود. کمترین شباهت ژنتیکی (95 درصد) بین گوسفند اهلی (Ovis aries) و گوسفند وحشی Ovis dalli مشاهده شد. در تجزیه و تحلیل تبارشناختی، دو خوشه اصلی، هر کدام با زیرخوشه های متفاوت شناسایی شدند. گوسفند گونه اهلی (Ovis aries) همراه با گوسفندان وحشی Ovies orientalis، Ovis vignei و Ovis ammon خوشه های متمایزی تشکیل دادند و گوسفندان گونه وحشی Ovis nivicola، Ovis dalli و Ovis canadensis در یک خوشه مشابه قرار گرفتند. نتایج حاصل از تمامی 13 ژن رمزگر پروتیین با نتایج حاصل از توالی های کامل ژنوم های میتوکندریایی، مشابه بودند. بر اساس نتایج حاصل از مطالعه حاضر، توالی های ژنوم میتوکندریایی می توانند برای تجزیه و تحلیل تبارشناختی دقیق و خوشه بندی گونه های متفاوت گوسفند مورد استفاده قرار گیرند.
    کلید واژگان: درخت تبارشناسی, شباهت ژنتیکی, گوسفند, میتوژنوم
    F. Rabiei, R. Abdoli *, F. Rafeie, N. Ghavi Hossein-Zadeh
    Introduction
    Mitochondrial DNA (mitogenome) is a small and extra-chromosomal DNA, located in the cytoplasm and presents an ideal model to study evolution and genetic similarity. Classical phylogenetics is based on the morphological characteristics of the organisms, while in modern approaches, the phylogenetic distance and its related comparative methods are estimated based on observed genetic diversity in the studied genetic sequences. The aim of the present study was to investigate the divergence and percentage of genetic similarity along with the phylogenetic analysis of the seven main known species of wild and domestic sheep based on the complete sequence of the mitochondrial genome and the separate sequences of 13 protein-coding genes for each genome.
    Materials and methods
    In the present study, complete mitochondrial genome sequences along with separate sequences of 13 protein-coding genes (including NADH ubiquinone oxidoreductase (ND1, ND2, ND3, ND4, ND5, and ND6), cytochrome c oxidase (COX1, COX2, and COX3), ATP synthase (ATP6 and ATP8), NADH dehydrogenase 4 L (ND4L), and cytochrome b (CYTB))  per each genome from six wild species of sheep including Asian Mouflon (Ovis orientalis), Bighorn (Ovis canadensis), Argali (Ovis ammon), Urial (Ovis vignei), Snow (Ovis nivicola), Dall (Ovis dalli), and domesticated species of sheep (Ovis aries) were retrieved from NCBI database and compared to each other. Mitochondrial genomes and genes’ alignment were accomplished by the MegAlign module of DNASTAR software and compared by the Clustal W method. The Sequence Distances sub-section of the MegAlign module of DNASTAR also was used for the analysis of complete genome and gene sequences divergence and similarity percentage. For phylogenetic analysis, complete mitochondrial genomes and protein-coding genes’ sequences were aligned using MEGA7 software. Based on the alignment, phylogenetic tree was constructed using the maximum likelihood method. The percentage of replicate trees of 1000 replicates of bootstrap test was used to represent the evolutionary history for the studied sheep species.
    Results and discussion
    The results obtained from sequence distance analysis showed high genetic similarity (99.8 %) between Ovis orientalis and Ovis aries. Also, the lowest similarity (95 %) was observed between Ovis aries and Ovis dalli. In phylogenetic analysis, two main clusters, each with different sub-clusters were identified. Domesticated species of sheep (Ovis aries) along with Ovis orientalis, Ovis vignei, and Ovis ammon wild species of sheep formed distinct cluster, and Ovis nivicola, Ovis dalli, and Ovis Canadensis fell in a same cluster. In terms of all 13 protein-coding genes (including NADH ubiquinone oxidoreductase (ND1, ND2, ND3, ND4, ND5, and ND6), cytochrome c oxidase (COX1, COX2, and COX3), ATP synthase (ATP6 and ATP8), NADH dehydrogenase 4 L (ND4L) and cytochrome b (CYTB)), the results obtained from sequence distance similarity analysis and phylogenetic trees were similar to the sequences of the complete mitochondrial genomes. More than 99% of the genetic similarity for ND1, ND2, ND5, ND6, COX1, COX2, COX3, and ATP6 genes and 100% of the genetic similarity for ND3, ND4, ND4L, ATP8, and CYTB genes between domestic sheep (Ovis aries) and Mouflon (Ovis orientalis) sheep species were found. Also, similar to the results obtained from the comparison of the complete mitochondrial genome, the domestic sheep species (Ovis aries) showed the least genetic similarity with the Dall (Ovis dalli) and Bighorn (Ovis canadensis) wild sheep species in all 13 protein-coding genes. Similar to the results of phylogenetic analysis of complete mitochondrial genomes, domestic sheep species (Ovis aries) together with Ovies orientalis wild sheep were placed in the same sub-cluster and Ovis vignei and Ovis ammon species were placed in other distinct sub-clusters. In addition, the Ovis nivicola, Ovis dalli, and Ovis canadensis wild species fell in another main cluster, and in this cluster, Ovis dalli and Ovis canadensis were placed in a similar sub-cluster and Ovis nivicola in another distinct sub-cluster.
    Conclusions
    In previous studies, small parts of the mitochondrial genome (such as a part of the control region or cytochrome b gene) have been considered to show the genetic differences and phylogenetic relationships between different species and breeds of sheep. In the present study, the complete sequences of the mitochondrial genome along with the complete sequences of 13 protein-encoding genes per each genome in seven main species of wild and domestic sheep have been considered for examining genetic similarity and divergence and phylogenetic analysis for the first time. Based on the results obtained from the present study, mitochondrial genome sequences could be used for accurate phylogenetic analysis and clustering of different species of sheep.
    Keywords: Phylogenetic tree, Genetic similarity, Sheep, mitogenome
  • فاطمه دالوند، محسن ساری*، مرتضی چاجی، محمدرضا صالحی
    زمینه مطالعاتی

     اقلیم خشک ایران، استفاده از گیاهان آب کارآمد در تغذیه نشخوارکنندگان را به یک ضرورت تبدیل نموده است. کاکتوس بی خار که به عنوان کاکتوس علوفه ای نیز شناخته می شود، ازجمله گیاهانی است که در این راستا می تواند موردتوجه قرار گیرد.

    هدف

    این آزمایش به منظور بررسی تاثیر جایگزینی سیلاژ ذرت با کاکتوس علوفه ای بر قابلیت هضم، تخمیر شکمبه ای و برخی فراسنجه های خونی و رفتاری میش های نژاد عربی انجام گرفت.

    روش کار

    تعداد 21 راس میش عربی با وزن زنده 1± 37 کیلو گرم در قالب طرح کاملا تصادفی با سه تیمار به مدت 30 روز مورداستفاده قرار گرفتند. تیمار های آزمایشی شامل کنترل و جیره های حاوی 10 و 20 درصد کاکتوس علوفه ای جایگزین شده با سیلاژ ذرت بودند.

    نتایج

    مقدار مصرف ماده خشک، ماده آلی و الیاف نامحلول در شوینده خنثی در تیمار حاوی 20 درصد کاکتوس نسبت به شاهد کمتر بود (05/0>P). در جیره حاوی 20 درصد کاکتوس، قابلیت هضم ظاهری ماده آلی در مقایسه با شاهد افزایش یافت. غلظت نیتروژن آمونیاکی، pH شکمبه و جمعیت پروتوزوآ در تیمار حاوی 20 درصد کاکتوس نسبت به شاهد افزایش یافت (05/0>P). مدت زمان مصرف خوراک به ازای گرم ماده خشک مصرفی در گوسفندان تغذیه شده با کاکتوس در مقایسه با کنترل بالاتر بود. در جیره های حاوی کاکتوس، سرعت مصرف غذا و مقدار غذای مصرفی در هر بار در مقایسه با کنترل کاهش یافت (05/0>P). گوسفندان تغذیه شده با جیره حاوی 20 درصد کاکتوس مدت زمان کوتاه تری را در مقایسه با گروه کنترل، صرف نشخوار کردن نمودند.

    نتیجه گیری نهایی

    استفاده از 20 درصد کاکتوس موجب کاهش ماده خشک مصرفی شد ولی در سطح 10 درصد جایگزینی سیلاژ ذرت با کاکتوس بی خار، تاثیر منفی مشاهده نشد. بر اساس نتایج پژوهش حاضر می توان سیلاژ ذرت را تا سطح 10 درصد ماده خشک جیره با کاکتوس علوفه ای جایگزین نمود.

    کلید واژگان: تخمیر شکمبه ای, رفتار جویدن, کاکتوس, گوسفند, مصرف ماده خشک
    Fatemeh Dalvand, Mohsen Sari *, Morteza Chaji, Mohammadreza Salahi Salmi
    Introduction

    There is an increasing interest in the use of spineless cactus (Opuntia fícus-indica) as fodder for cows, goats, and sheep around the world especially in the arid and semi-arid regions. Cactus withstands water shortage, high temperature, and poor soil fertility, and thus adapted to the arid and semi-arid zones of the world. Cactus is useful not only because it can withstand drought, but also because its conversion efficiency is greater than C3 grasses and C4 broadleaves. Biomass generation per unit of water is on average about three times higher than for C4 plants and five times higher than for C3 plants.The spineless cactus has low crude protein but it has high levels of non-fiber carbohydrates (Barbera et al 1995). High levels of fermentable energy could support rumen fermentation, thus increasing microbial protein synthesis, the production of volatile fatty acids, and the subsequent nutrients supply for the host animal. Data on spineless cactus nutritive value and digestibility is scarce. Furthermore, no data is available regarding the feeding behavior of individual ewes fed diets containing spineless cactus. The objective of this study was to investigate the effects of partial replacement of corn silage by spineless cactus on feed intake, nutrient digestibility, blood metabolite, and feeding behavior of ewes.

    Material and methods

    A total of 21 Arabian ewes (37.1±1 kg live weight) were used in a completely randomized design with three treatments for 30 days. Experimental diets included control, diets containing 10 and 20% spineless cactus. Ewes were housed individually in pens (1.3 m×1.5 m) in an open shed building and were allowed ad libitum access to feed and water throughout the trial. All diets contained 60% forage (wheat straw, corn silage, and spineless cactus) and 40% concentrate (60: 40; forage: concentrate). The chemical composition of the spineless cactus is presented in Table 1. The ingredients and chemical composition of the rations fed to ewes are shown in Table 2. The ewes were fed the total mixed rations ad libitum twice daily at 0800 h and 1600 h and had free access to fresh water at all times. Feed offered and refusal of each lamb were recorded daily. Digestibility was measured by the total collection of feces during a 5-d period. Samples of ruminal fluid were collected from each ewe 3 h post-feeding using a stomach tube attached to an Erlenmeyer flask and vacuum pump. The first 50 ml of collected rumen fluid was discarded to avoid saliva contamination. The remaining was filtered through four layers of cheesecloth. Rumen fluid pH was measured using a portable pH meter. Blood samples were taken from each lamb at the same time as ruminal fluid sampling by venipuncture of the jugular vein in 10-mL tubes treated with sodium heparin. Samples were centrifuged in a refrigerated centrifuge at 850 × g for 30 min within 30 min of sampling, and the plasma was frozen at −20 °C until used. Behavioral parameters were monitored by direct observations of all ewes over the total time (min) devoted to each monitored behavior. Ewes were observed every 5 min by scan sampling, and the observer recorded the event of the behaviors. Chewing behavior was divided into eating and ruminating. An observation was defined as eating when the animal had its head in the feed bunk or was chewing or swallowing food with its head over it. Ruminating included regurgitation, mastication, and swallowing of the bolus. Activity was recorded as drinking when the lamb had his mouth in the water bowl or was swallowing the water. Self-grooming was defined as non-stereotyped licking of the body or scratching with a hind limb. Social behavior was registered when a lamb was licking or nosing a neighboring animal with the muzzle or horning. Oral behaviors included the act of licking or biting the fixtures. Resting was recorded as occurring when no chewing behavior and no apparent activity were being performed.Data were analyzed using a MIXED procedure of SAS 9.2 (SAS Institute, Inc., Cary, NC) based on the statistical model Yij = μ + Ti+eij, where Yij was the observation, μ the general mean, Ti the effect of treatments and eij the residual effect. Comparisons between treatments were completed with Tukey’s test. Treatment effects were declared significant at P≤0.05.

    Results and discussion

    The intake of dry matter, organic matter, and neutral detergent fiber were higher in the control group as compared with the 20% cactus group (P <0.05). The decrease in total DMI with the increase in the proportion of cactus may be explained by the high moisture content of cactus occupying a considerable volume in the rumen, leading subsequently to limited DMI (Gebremariam et al 2006). Also, forages with high ash contents have poor DMI due to their mineral effect on rumen microbes (Ben salem et al 1996).In the diet containing 20% cactus, the apparent digestibility of organic matter was increased compared to the control (P <0.05). Ammonia nitrogen concentration, rumen pH, and protozoa population in the rumen showed a significant increase in the treatment containing 20% cactus compared to the control (P <0.05). The increase in ruminal pH with an increase in the proportion of cactus in the diet may be explained by its high content of minerals (Barbera et al 1995). An increase in rumen ammonia concentration with increased cactus inclusion rate could be attributed to the higher degradability of protein content in spineless cactus (Batista et al 2003). Blood cholesterol concentration was lower in the treatments containing 10% cactus (P <0.05). Time spent eating per gram of dry matter consumed was higher in cactus-fed sheep than in control. In the cactus-containing diets, the rate of feed intake and amount of feed consumed decreased compared to the control group (P <0.05). Sheep fed diet containing 20% cactus spent a shorter time ruminating compared to the control group.

    Conclusion

    The results of this study showed that using 20% spineless cactus in the diet replacing corn silage could decrease dry matter intake and rumination time and increase rumen pH. Spineless cactus inclusion in the diet increased organic matter digestibility. Spineless cactus is thus recommended as part of the ewes’ diet, up to 10 percent, in Iran's arid and semiarid regions.

    Keywords: Cactus, chewing behavior, dry matter intake, rumen fermentation, Sheep
نکته
  • نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شده‌اند.
  • کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شده‌است. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
  • در صورتی که می‌خواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.
درخواست پشتیبانی - گزارش اشکال