جستجوی مقالات مرتبط با کلیدواژه "pcr- sscp" در نشریات گروه "علوم دام"
تکرار جستجوی کلیدواژه «pcr- sscp» در نشریات گروه «کشاورزی»-
هدف از پژوهش حاضر، بررسی اثرات سطوح مختلف میوه بلوط بر تنوع زیستی جمعیت باکتریایی اپیمورال شکمبه با استفاده از تکنیک مولکولی PCR-SSCP در بزغاله های نژاد مرخز بود. برای این منظور تعداد 24 راس بزغاله مرخز با میانگین وزنی 25/1 ± 93/16 کیلوگرم و میانگین سنی 4 تا 5 ماهه در قالب طرح کاملا تصادفی با 4 تیمار آزمایشی و 6 تکرار به مدت 105 روز مورد آزمایش قرار گرفتند. تیمارهای آزمایشی شامل 1) جیره شاهد، 2) جیره حاوی 8 درصد میوه بلوط، 3) جیره حاوی 17 درصد میوه بلوط و 4) جیره حاوی 25 درصد میوه بلوط بودند. نتایج نشان داد که تاثیر جیره بر تنوع زیستی جمعیت باکتریایی اپیمورال شکمبه معنی دار بود (001/0<p). بیشترین مقدرا شاخص شانون مربوط به تیمار 8 درصد میوه بلوط و کمترین مقدار شاخص شانون مربوط به تیمار شاهد بود که با سایر تیمارها اختلاف معنی داری نشان داد. جایگاه نمونه برداری تاثیری بر تنوع زیستی جمعیت باکتریایی اپیمورال شکمبه نداشت (05/0>p). بیشترین مقدار شاخص شانون مربوط به جایگاه ونترال شکمبه و کمترین آن مربوط به رتیکولوم بود. اثر متقابل جیره و جایگاه نمونه برداری بر تنوع زیستی جمعیت باکتریایی اپیمورال شکمبه معنی دار بود (05/0>p). نتایج پژوهش حاضر نشان داد که استفاده از میوه بلوط تا سطح 17 درصد ماده خشک در جیره غذایی موجب افزایش در تنوع زیستی جمعیت باکتریایی اپیمورال شکمبه شد، در حالیکه استفاده از سطح 25 درصد آن در جیره غذایی کاهش تنوع زیستی در جمعیت باکتریایی اپیمورال شکمبه را به دنبال داشت.
کلید واژگان: بزغاله های مرخز, تنوع زیستی جمعیت باکتریایی, اپیمورال شکمبه, میوه بلوط, PCR-SSCPThe aim of this study was to evaluate the effects of different levels of oak Acorn on the biodiversity of rumen epimural bacterial population using PCR-SSCP molecular technique in Merkhoz goats. A total of 24 Markhoz goats with a mean BW of 16.93±1.25 kg and an average age of 4–5 months were tested in a completely randomized design with 4 treatments and 6 replications for 105 days. Experimental treatments included 1) control diet, 2) diet containing 8% oak acorn, 3) diet containing 17% oak acorn and 4) diet containing 25% oak acorn. The results showed that the effect of diet on biodiversity of rumen bacterial epimural community was significant (P <0.001). There was no significant difference between other experimental treatments (P> 0.05), although treatments containing 8% and 17% oak had more variety than treatments containing 25% oak. Sampling site had no effect on biodiversity of rumen bacterial epimural community (P> 0.05). The highest value of Shannon index was related to ventral ruminal site and the lowest was related to reticulum. The interaction effect of diet and sampling position on biodiversity of rumen bacterial epimural community was significant (P> 0.05). The results showed that the use of oak acorn up to 17% in the diet increased the biodiversity of the of rumen bacterial epimural community, while the use of 25% oak in the diet decreased the biodiversity of the rumen bacterial epimural community.
Keywords: Bacterial Population, Biodiversity, Markhoz Goats, Oak Acorn, Rumen Epimural, PCR-SSCP -
مقدمه وهدف
یکی از اهداف شناسایی جایگاه های مرتبط با صفات کمی، یافتن ژن های موثر بر صفات اقتصادی مرتبط با رشد است که می تواند اهمیت خاصی در پیشرفت برنامه های اصلاح نژادی داشته باشد. پژوهش حاضر با هدف مطالعه ارتباط چند ریختی ژن های هورمون رشد (GH) و گیرنده آن GHR)) با صفات لاشه در گوسفند نژاد زل انجام شد.
مواد و روش هاپس از خونگیری از 152 راس گوسفند نژاد زل، استخراج DNA با روش استخراج نمکی بهینه انجام و واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR) جهت تکثیر قطعه های 214 جفت بازی از جایگاه اگزون 4 ژن GH و 218 جفت بازی از جایگاه اگزون 10 ژن GHR انجام گرفت. برای شناسایی چند ریختی در هر یک از جایگاه های نشانگری از روش SSCP و توالی یابی استفاده شد.
یافته هانتایج بیانگر دو چندریختی در جایگاه ژن GH بود اما برای ژن GHR، هیچگونه تفاوتی بین باندها مشاهده نشد. ژنوتیپ های 1 و 2 ژن GH به ترتیب با فراوانی های 56.29 و43.71 درصد در جمعیت مورد بررسی مشاهده شدند.
نتیجه گیرینتایج توالی یابی منجر به شناسایی 5 جهش در جمعیت مورد مطالعه شد. هیچ یک از ژنوتیپ های ژن GH در نژاد زل با صفات مورد مطالعه ارتباط معنی داری نشان ندادند. در رابطه با ساختار سوم برای پروتیین جهش یافته برای هر دو الگوی ژن GH نتایج نشان داد که ساختار پروتیین پیش بینی شده در مقایسه با پروتیین مرجع فاقد جهش، فقط حاوی دو زنجیره است که می تواند فاقد عملکرد باشد، لذا نشانگر مورد مطالعه در ژن GH را نمی توان به عنوان نشانگر موثر بر صفات لاشه در گوسفند نژاد زل در نظر گرفت.
کلید واژگان: ژن GH, ژن GHR, صفات رشد, گوسفند زل, PCR-SSCPIntroduction and ObjectiveOne of the goals of identifying loci related to quantitative traits is to find the genes that affecting economic traits related to growth, which can be of particular importance in the progress of breeding programs. The aim of the present study was to identify the polymorphisms of GH and GHR genes and their association with carcass traits in Zel sheep using PCR-SSCP.
Material and MethodsAfter collecting blood samples from157 Zel sheep, DNA was extracted using modified salting-out procedure. PCR was done to amplify fragments with length of 214 and 218 bp from exon 4 of GH and exon 10 of GHR genes, respectively. For detection of polymorphisms in each marker site the SSCP and sequencing methods were used.
ResultsThe results showed the presence of polymorphism in GH gen site; however, no difference was observed among banding patterns for GHR gene. Genotypes 1 and 2 of GH gene were obtained with frequencies of 43.71 and 56.29, respectively.
ConclusionThe sequencing results showed 5 mutations for GH gene in the studied population. No significant associations of the available genotypes in the exon 4 of GH Gene were observed for any trait. In relation to the third structure of mutated protein for both patterns, the results indicated the predicted protein contains only two chains and consequently lacks of performance, compared with the reference protein. Therefore, the studied marker in the GH gene can not be considered as an effective marker on carcass traits in Zel sheep breed.
Keywords: GH Gene, GHR Gene, Growth traits, PCR-SSCP, Zel sheep breed -
سابقه و هدف
میوه بلوط حاوی مقادیر قابل توجهی از ترکیبات فعال بیولوژیکی از جمله تانن است. تانن ها ترکیبات پلی فنولیک گیاهی تاثیرگذار بر میکروارگانیسم شکمبه می باشند. تاثیر تانن وابسته به گونه میکروارگانیسم و یا منبع تانن جیره است. علیرغم اینکه پژوهش هایی در مورد تاثیر تانن بر جمعیت باکتریایی شکمبه انجام گرفته است اما بررسی اثر تغذیه میوه بلوط بر جمعیت باکتریایی شکمبه نیاز به تحقیق دارد. ارزیابی اثرات سطوح مختلف میوه بلوط بر تنوع زیستی جمعیت باکتریایی محتوی شکمبه با استفاده از تکنیک مولکولی PCR-SSCP در بزغاله های مرخز مورد بررسی قرار گرفت.
مواد و روش ها24 راس بزغاله مرخز (میانگین وزنی 25/1 ± 93/16 و میانگین سنی 4 تا 5 ماه) در قالب یک طرح کاملا تصادفی به چهار جیره غذایی اختصاص داده شد. طول دوره تغذیه با جیره های آزمایشی 105 روز بود. جیره های غذایی شامل 1) جیره شاهد، 2) جیره حاوی 8 درصد میوه بلوط، 3) جیره حاوی 17 درصد میوه بلوط و 4) جیره حاوی 25 درصد میوه بلوط بود.
یافته هانتایج به دست آمده از این آزمایش نشان داد که استفاده از سطوح متفاوت بلوط در جیره غذایی دام بطور معنی داری بر تنوع جمعیت میکروارگانیسم شکمبه تاثیرگذار است. استفاده از میوه بلوط در مقایسه با جیره شاهد موجب افزایش تنوع جمعیت باکتریایی محتوی شکمبه شد اما با افزایش سطح میوه بلوط در جیره غذایی تنوع جمعیت باکتریایی محتوی شکمبه- نگاری بطور معنی داری کاهش پیدا کرد. تاثیر جیره بر تنوع زیستی جمعیت باکتریایی محتوی شکمبه معنی دار بود (001/0<p). کمترین مقدار شاخص شانون مربوط به تیمار شاهد است که با سایر تیمارها اختلاف معنی داری داشت (05/0<p). بیشترین مقدار شاخص شانون مربوط به تیمار 8 درصد بلوط است که نسبت به تیمار 25 درصد بلوط و تیمار شاهد اختلاف معنی داری داشت (05/0<p). جایگاه نمونه برداری بر تنوع زیستی جمعیت باکتریایی محتوی شکمبه تاثیر معنی داری داشت (001/0<p). بیشترین مقدار شاخص شانون مربوط به جایگاه ونترال و پیلار شکمبه و کمترین مقدار شاخص شانون مربوط به جایگاه دورسال شکمبه بود که تفاوت معنی داری نسبت به هم نشان دادند (05/0<p). در بین سایر جایگاه ها اختلاف معنی داری مشاهده نشد (05/0>p).
نتیجه گیرینتایج نشان داد که استفاده از میوه بلوط تا سطح 17 درصد در جیره غذایی موجب افزایش در تنوع زیستی جمعیت باکتریایی محتوی شکمبه شد درحالیکه استفاده از سطوح 25 درصد میوه بلوط در جیره غذایی موجب کاهش تنوع زیستی در جمعیت باکتریایی محتوی شکمبه شد. جایگاه نمونه برداری بر تنوع زیستی جمعیت باکتریایی محتوی شکمبه تاثیر معنی داری داشت. بیشترین مقدار شاخص شانون مربوط به جایگاه ونترال و پیلار شکمبه و کمترین مقدار شاخص شانون مربوط به جایگاه دورسال شکمبه بود که تفاوت معنی داری نسبت به هم نشان دادند.
کلید واژگان: میوه بلوط, جمعیت باکتریایی محتوی شکمبه, PCR-SSCP, بزغاله های مرخزBackground and objectivesOak Acorn contains significant amounts of biologically active compounds including tannins. Tannins are plant polyphenolic compounds that affect the rumen microorganism. The effect of tannins depends on the species of microorganism or the source of dietary tannins. Although research has been done on the effect of tannin on the ruminal bacterial population, the effect of oak nutrition on the ruminal bacterial population needs to be investigated. Evaluation of the effects of different levels of oak Acorn on the biodiversity of rumen content bacterial populations was investigated using PCR-SSCP molecular technique in Markhoz goats.
Materials and Methods24 Markhz goats (mean weight 16.93 ± 1.25 and mean age 4 to 5 months) were allocated to four diets in a completely randomized design. The duration of feeding with experimental diets was 105 days. Experimental treatments included 1) control diet, 2) diet containing 8% oak acorn, 3) diet containing 17% oak acorn and 4) diet containing 25% oak acorn.
ResultsThe results obtained from this experiment showed that the use of different levels of oak in the diet of livestock significantly affects the population diversity of rumen microorganisms. The use of oak Acorn in comparison with the control diet increased the diversity of bacterial population containing rumen, but with increasing the level of oak Acorn in the diet, the diversity of bacterial population containing rumen was significantly reduced. The effect of diet on biodiversity of ruminal bacterial population was significant (P <0.001). The lowest value of Shannon index was related to the control treatment which was significantly different from other treatments (P <0.05). The highest value of Shannon index was related to 8% oak treatment which was significantly different from 25% oak treatment and control treatment (P <0.05). Sampling location had a significant effect on biodiversity of ruminal bacterial population (P <0.001). The highest value of Shannon index was related to ventral and ruminal position and the lowest value of Shannon index was related to dorsal ruminal position, which showed a significant difference (P <0.05). No significant difference was observed between other sites (P> 0.05).
ConclusionThe results showed that the use of oak acorn up to 17% in the diet increased the biodiversity of the rumen content bacterial populations, while the use of 25% oak fruit in the diet decreased the biodiversity of the rumen content bacterial populations. Sampling location had a significant effect on biodiversity of ruminal bacterial population. The highest value of Shannon index was related to ventral and ruminal position and the lowest value of Shannon index was related to dorsal ruminal position, which showed a significant difference.
Keywords: Oak acorn, Rumen content bacterial populations, PCR-SSCP, Markhoz goats -
سابقه و هدف
ژن میوستاتین به عنوان عامل مهارکننده رشد عضله اسکلتی شناخته شده و اگر جهش در ناحیه کدکننده آن اتفاق افتد، باعث تغییر نقش مهاری آن و افزایش عضله میگردد. این پژوهش با هدف شناسایی چندشکلی موجود در اگزون 3 ژن میوستاتین و بررسی صفات بیومتری وزن بدن و لاشه اندازهگیری شده با اولتراسونوگرافی در گوسفند کردی انجام شد.
مواد و روشدر این پژوهش برای اندازه گیری صفات ضخامت چربی پشت و مساحت ماهیچه چشمی از دستگاه اولتراسوند استفاده شد. خون گیری به طور تصادفی از تعداد 139 راس گوسفند کردی انجام و پس از استخراج DNA، قطعه 338 جفت بازی اگزون 3 ژن میوستاتین تکثیر شد. جهت تعیین ژنوتیپ ژن میوستاتین، از تکنیکهای PCR-RFLP ، PCR-SSCP و تعیین توالی مستقیم استفاده شد. بررسی اثرات ثابت جنس، نوع تولد و سال تولد بر صفات مورد مطالعه با رویه GLM نرم افزار SAS و مقایسه میانگین های حداقل مربعات سطوح اثرات ثابت با آزمون توکی- کرامر در سطح معنی داری 5 درصد انجام شد. برای بررسی ارتباط بین صفات از همبستگی پیرسون استفاده شد.
یافته ها:
در روشPCR-RFLP پس از هضم آنزیمی تمام نمونه ها، تنها یک ژنوتیپ مشاهده شد و این جایگاه مونومورف (تک شکل) میباشد. نتایج به دست آمده از روش PCR-SSCP، دو الگوی باندیA و B را نشان داد که شباهت زیادی بین دو الگوی مشاهده شده وجود داشت. لذا برای تعیین ژنوتیپ واقعی، برخی از نمونه ها با الگوی متفاوت با روش توالی یابی مستقیم مورد ارزیابی قرار گرفتند که نتایج نشان داد که در بین نمونه ها چندشکلی وجود ندارد. میانگین ضخامت چربی پشت و مساحت عضله راسته اندازهگیری شده با اولتراسونوگرافی در این مطالعه به ترتیب 46/0 سانتیمتر و 78/7 سانتیمتر مربع با میانگین وزن بدن 42/43 کیلوگرم بود. همبستگی بین دو صفت اولتراسوند (ضخامت چربی پشت و مساحت ماهیچه چشمی)، مثبت و 84/0 برآورد شد (01/0<p). کمترین ضریب همبستگی ضخامت چربی لاشه و مساحت ماهیچه چشمی با صفات مورد مطالعه به ترتیب 02/0 و 3/0 مربوط به صفات وزن تولد و از شیرگیری بود و بیشترین ضریب همبستگی صفات مورد مطالعه با ضخامت چربی لاشه و مساحت ماهیچه چشمی به ترتیب 82/0 و 87/0 مربوط به صفات وزن بدن در هنگام اولتراسونوگرافی و عرض دنبه میانی بود (001/0<p).
نتیجه گیری:
در این پژوهش با استفاده از نشانگر ژنتیکی PCR-SSCP، PCR-RFLP و تعیین توالی مستقیم تنها یک ژنوتیپ در ژن میوستاتین تشخیص داده شد. با توجه به اینکه منابع مختلف، آلل جهش یافته ژن میوستاتین را به عنوان آلل موثر بر فنوتیپ عضله مضاعف و مطلوب جهت اصلاح نژاد و بهبود کیفیت و کمیت گوشت معرفی کرده اند، گله مورد بررسی فاقد این آلل بود. با توجه به تنوع نسبتا مناسب مشاهده شده در صفات مورد مطالعه بویژه صفات لاشه اندازه گیری شده با اولتراسوند، زمینه لازم برای اصلاح این صفات از طریق انتخاب وجود خواهد داشت.
کلید واژگان: چندشکلی, ژن میوستاتین, PCR-RFLP, PCR-SSCP, گوسفند کردیBackground and AimMyostatin gene is an inhibitor of skeletal muscle developmentmutations in its coding regionpromotesmuscle growth in some breeds, mutation of the myostatin gene has a significant effect on the increase of the body weight and carcass traits. This study was aimed to investigate the polymorphisms in exon 3 of the myostatin gene and evaluate investigation of body weights and carcass traits measured by ultrasound in Kurdi sheep.
Materials and MethodsIn this study, back fat thickness and loin muscel area traits were measured by ultrasound instrument. Blood samples were collected randomly from 139 Kurdi sheep and following DNA extraction, a 388 bp fragment from exon 3 of myostatin gene was amplified. For genotyping of myostatin gene, PCR-SSCP, PCR-RFLP, and direct sequencing techniques were used. To determine the fixed effects of gender, birth type and birth year on the studied traits, GLM procdure of SAS software was used. Least square means comparison of different fixed effects subclasses was carried out by Tukey-Kramer test at 5% probability level. To measure the relationships between tarits, pearson correlation was used.
ResultsIn PCR-RFLP technique, after enzymatic digestion of all samples, only one genotype was observed and this locus was monomorphic. PCR-SSCP analysis showed two band patterns A and B, which were very similar in shape. Therefore, to determine the actual genotype, some samples with different band patterns were evaluated by direct sequencing technique. The results showed that there is no polymorphism among samples. The mean ultrasonic fat thickness and loin muscle area in this study were 0.46 cm and 7.78 cm2, respectively, with an average body weight of 43.42 kg at the time of ultrasonography. The correlation between the two ultrasound carcass traits (UBF and UMA) was positive (r=0.84, P<0.0001). The lowest correlation coefficient of carcass fat thickness and ocular muscle area with the studied traits were 0.02 and 0.3, for birth weight and weaning traits, respectively. The highest correlation coefficient of the studied traits with carcass fat thickness and loin muscle area were 0.82 and 0.87 for body weight at the time of ultrasonography and middle tail width, respectively (P=0.001).
ConclusionIn this study, using PCR-SSCP, PCR-RFLP and direct sequencing, only one genotype was detected in the myostatin gene. Considering that various studies have introduced the mutated allele of the myostatin gene as an effective allele on the double muscling for breeding and improving the quality and quantity of meat, the studied herd did not have the allele. Considering the relatively suitable diversity observed in the studied traits, especially the carcass traits measured by ultrasound, there will be a possiblity to improve the traits through selection.
Keywords: Polymorphism, Myostatin Gene, PCR-RFLP, PCR- SSCP, Kurdi sheep -
وزن دنبه از جمله عوامل تاثیرگذار بر کیفیت لاشه در گوسفندان است. امروزه پژوهشگران در حوزه اصلاح نژاد دام تمرکز ویژه ای بر کم کردن وزن دنبه و افزایش بازارپسندی لاشه گوسفند دارند. در این مطالعه، با هدف بررسی وقوع چند شکلی در اگزون یک ژن BMP2 و ارتباط آن با صفت چربی دنبه، ابتدا از 150 راس میش نژاد لری بختیاری خون گیری شد و پس انجام فرایند استخراج DNA، اگزون یک ژن BMP2 توسط یک جفت آغازگر اختصاصی تکثیر شد. سپس با استفاده از تکنیک PCR-SSCPچند شکلی در این جایگاه ردیابی و در نهایت، داده های به دست آمده توسط نرم افزارهای Popgene و SAS ارزیابی شدند. بر اساس نتایج به دست آمده، اگزون یک ژن BMP2 حاوی دو آلل A و B به ترتیب با توزیع 197 و 103 و فراوانی 7/65 درصد و 33/34 درصد بود که سه ژنوتیپ AA، AB و BB به ترتیب با توزیع 75، 47 و 28 درون جمعیت به ترتیب فراوانی های 50 درصد، 33/31 درصد و 67/18 درصد را به وجود آوردند. مقایسه میانگین وزن دنبه در هر یک از ژنوتیپ ها با استفاده از رویه دانکن نشان داد که اثر ژنوتیپ بر وزن دنبه در نژاد لری بختیاری در سطح احتمال پنج درصد معنی دار است. ژنوتیپ AA میانگین وزن دنبه 16/5، ژنوتیپ AB میانگین وزن دنبه 29/4 و ژنوتیپ BB میانگین وزن دنبه 76/3 را نشان دادند. نتایج این پژوهش نشان می دهد که می توان با استفاده از روش های تشخیص مولکولی و شناسایی گوسفندان حامل آلل های B و انتخاب آن ها به عنوان والدین نسل بعد می توان گله هایی با وزن دنبه کمتر و بازارپسندی بیشتر ایجاد نمود.وزن دنبه از جمله عوامل تاثیرگذار بر کیفیت لاشه در گوسفندان است. امروزه پژوهشگران در حوزه اصلاح نژاد دام تمرکز ویژه ای بر کم کردن وزن دنبه و افزایش بازارپسندی لاشه گوسفند دارند. در این مطالعه، با هدف بررسی وقوع چند شکلی در اگزون یک ژن BMP2 و ارتباط آن با صفت چربی دنبه، ابتدا از 150 راس میش نژاد لری بختیاری خون گیری شد و پس انجام فرایند استخراج DNA، اگزون یک ژن BMP2 توسط یک جفت آغازگر اختصاصی تکثیر شد. سپس با استفاده از تکنیک PCR-SSCPچند شکلی در این جایگاه ردیابی و در نهایت، داده های به دست آمده توسط نرم افزارهای Popgene و SAS ارزیابی شدند. بر اساس نتایج به دست آمده، اگزون یک ژن BMP2 حاوی دو آلل A و B به ترتیب با توزیع 197 و 103 و فراوانی 7/65 درصد و 33/34 درصد بود که سه ژنوتیپ AA، AB و BB به ترتیب با توزیع 75، 47 و 28 درون جمعیت به ترتیب فراوانی های 50 درصد، 33/31 درصد و 67/18 درصد را به وجود آوردند. مقایسه میانگین وزن دنبه در هر یک از ژنوتیپ ها با استفاده از رویه دانکن نشان داد که اثر ژنوتیپ بر وزن دنبه در نژاد لری بختیاری در سطح احتمال پنج درصد معنی دار است. ژنوتیپ AA میانگین وزن دنبه 16/5، ژنوتیپ AB میانگین وزن دنبه 29/4 و ژنوتیپ BB میانگین وزن دنبه 76/3 را نشان دادند. نتایج این پژوهش نشان می دهد که می توان با استفاده از روش های تشخیص مولکولی و شناسایی گوسفندان حامل آلل های B و انتخاب آن ها به عنوان والدین نسل بعد می توان گله هایی با وزن دنبه کمتر و بازارپسندی بیشتر ایجاد نمود.کلید واژگان: چربی دنبه, چند شکلی, گوسفند لری بختیاری, BMP2, PCR-SSCPIntroductionHaving a fat tail is a characteristic of some Iranian native sheep breeds, whose main role is usually to store energy for using in limited food conditions. However, the amount of energy required to store fat in this tissue directly affects the efficiency of meat production and carcass quality. In Iran, the average weight of each carcass is about 15.3 kg, of which 15% is the fat tail. It requires 1.7 kg more feed per kilogram of fat tail than meat (protein), and customers pay a lower price per unit of weight for sheep with heavier fat tail. Today, researchers in the field of animal breeding have a special focus on reducing the weight of the fat tail and increasing the marketability of sheep carcasses. Bone morphogenetic protein 2 (BMP2) belongs to the β-metamorphic growth factor of the β family and plays an important role in bone and cartilage development and, therefore, seems to be the best candidate for the fat-tailed phenotype. Comparison of the results of genotype obtained from Ovine SNP50K Bead Chip in tow fat-tailed breeds with the results obtained in 13 thin tail breeds showed a missense mutation in BMP2 gene, with the frequency of different alleles in these two different groups.Materials and MethodsIn this study, in order to detect the polymorphism in BMP2 gene exon 1 and investigation of its relationship with tail fat trait, blood samples from 150 same age ewes of Lori Bakhtiari breed were randomly taken which are maintained in Gahar Dorud sheep breeding center (Dorud, Lorestan). DNA extraction was performed using a special DNA extraction kit (Pars Toos, Iran) according to the manufacturer's instructions. Determination of quality and quantity of extracted DNA was performed using agarose gel electrophoresis and nanodrop spectrophotometer, respectively. BMP2 gene exon 1 was amplified successfully by a pair of specific primer. The accuracy of this process was confirmed by 1.5% agarose gel. Then, using PCR-SSCP technique, 12% polyacrylamide gel and silver nitrate staining, probable polymorphisms were tracked in this position and finally calculation of Chi-square test (χ2) for deviation from Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) has been assessed by Popgen (Ver. 1.32) software. The relationship between genotypes and average fat tail weight (Corrected by body weight (BW)) has been analyzed with the PROC GLM procedures in Statistical Analysis System (SAS) v. 9.1 version.Results and DiscussionBased on the results, amplification of BMP2 gene exon 1 was successfully done and three different patterns of polymorphism have been detected through SSCP analysis. Exon 1 of BMP2 gene in Lori Bakhtiari ewes containing A and B alleles with distributions of 197 and 103 and frequency of 65.7% and 34.33%, respectively, that have generated AA, AB and BB genotypes with distribution of 75, 47 and 28 and frequencies of 50%, 31.33% and 18.67%, respectively. Mean comparison of fat tail weight in each genotype using Duncan procedure showed that the effect of genotype on fat tail weight in Lori Bakhtiari breed was significant (P <0.05). AA genotype with average fat tail weight of 5.16 showed higher performance than AB genotype with average fat tail weight of 4.29 and BB genotype with average fat tail weight of 3.76. The results of statistical analysis also showed that the presence of allele A causes heavier fat tail weight and the presence of B allele causes lower fat tail weight (P <0.05). Heterozygosity and Homozygosity observed in this study are 0.3154 and 0.6846, respectively. The significance of the calculated chi-square genotypic frequency in each population at the level of 0.05 in comparison with the chi-square table shows that the studied populations are not in Hardy-Weinberg equilibrium. Which can be attributed to the pressure of selecting on reference population for genetic breeding for fat tail weight at Gahar Dorud sheep breeding center. Today, advances in genomic technologies have multiplied, and if information on loci associated with meat quality traits can be obtained and the genes that control these traits are located on chromosomal sites, they can be incorporated into breeding programs. Breeds should be used with MAS and cause genetic growth and development of these traits.ConclusionUsing molecular detection methods and identifying sheep carrying B alleles and selecting them as the parents of the next generation, we can move towards producing herds with lower fat tail weight and more marketability.Keywords: BMP2, Fat tail, Lori Bakhtiari sheep, PCR-SSCP, Polymorphism
-
مقدمه و هدف
بوقلمون به دلیل خصوصیاتی از قبیل میزان وزن گیری و سرعت رشد زیاد، ظریب تبدیل غذایی پایین و تولید تخم و گوشت بیشتر، به منظور رفع بخشی از نیازهای منابع غذایی در سراسر جهان حایز اهمیت است. ژن MC4R به عنوان یک ژن کاندید در هومیوستازی انرژی و تنظیم وزن بدن در گونه های مختلف شناخته شده است. شناسایی جنبه های ژنتیکی و ژن های عمده تاثیر گذار بر روی توازن انرژی، تولید، باروری و ایمنی از علاقه مندی های اخیر محققان ژنتیک و اصلاح نژاد می باشد. این پژوهش به منظور بررسی چندشکلی موجود در ژن MC4R با استفاده از تکنیک PCR-SSCP و ارتباط آن با صفات عملکردی تخم در بوقلمون انجام شد.
مواد و روش ها:
در این مطالعه به منظور بررسی چندشکلی ژن MC4R از 100 بوقلمون تخم گذار به صورت تصادفی خون گیری به عمل آمد. DNA ژنومی با کیفیت مطلوب از نمونه های خون با استفاده از دستورالعمل بوم و همکاران استخراج شد. واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR) جهت تکثیر قطعه 469 جفت بازی از ژن MC4R انجام شد گرفت. از روش تفاوت فرم فضایی رشته های منفرد (SSCP) جهت تعیین الگوهای ژنوتیپی نمونه ها استفاده شد. تجزیه و تحلیل آماری ارتباط بین صفات عملکردی تخم و الگوهای ژنوتیپی با استفاده از رویه GLM نرم افزار SPSS انجام گرفت.
یافته ها:
نتایج SSCP محصولات PCR با استفاده از ژل پلی آکریلآمید و نیترات نقره نشان داد که جایگاه ژنی MC4R چندشکل بوده و چهار الگوی ژنوتیپی مختلف AB،AC ،BC و CC به ترتیب با فراوانی های 52/1، 4/31، 22/93 و 20/84 درصد حاصل شد. ژنوتیپ AB وAC به ترتیب بیشترین و کمترین فراوانی ژنوتیپی را دارا بودند.
نتیجه گیرینتایج ارایه شده در این تحقیق نشان داد که بین الگوهای ژنوتیپی و عملکرد تخم شامل توده، وزن متوسط و تعداد تخم از لحاظ آماری هیچ ارتباط معنی داری وجود ندارد. با توجه به اهمیت ژنMC4R ، مطالعه این جایگاه ژنی در جمعیت هایی با اندازه بزرگ تر پیشنهاد می شود.
کلید واژگان: بوقلمون, چندشکلی, ژن MC4R, عملکرد تخم, PCR-SSCPIntroduction and Objectiveturkey is important all over the world in order to improve some of food supply required for several reasons such as its weight gain and high growth rate, low feed conversion ratio, and production of more eggs and meat. The MC4R gene is one of the most important candidate genes in different species which can affect the energy homeostasis and body weight regulation. Identity the genetic aspects and major gene influence on energy balance, production, fertility, safety are the recent interests of genetic and breeding researchers. The objective of this study was undertaken to identify polymorphisms of the MC4R gene using PCR single-strand conformational polymorphism (PCR–SSCP) analysis and to evaluate association of these polymorphisms with egg performance in turkey.
Material and MethodsFor doing this research in order to investigate polymorphism of MC4R, 100 laying turkeys, randomly selected then all animals were blooded. Genomic DNA with optimal quality was extracted from blood samples using the protocol of Boom et al. PCR was done for amplifying a fragment in size of 469 bp of MC4R gene. The single strand conformation polymorphism technique (SSCP) was used to determine genotype. A statistical model was done by using GLM of SPSS software to find the association between the SSCP genotype patterns of PCR products with egg performance in turkey.
ResultsThe results of PCR-SSCP by using polyacrylamide gel and silver nitrate showed that this population was polymorphic at the studied loci and four different genotypes AB, AC, BC and CC, with frequencies of 52.1%, 4.13%, 22.93% and 20.48% respectively were observed. Genotype AB and genotype AC has the highest and lowest genotypic frequencies, respectively.
ConclusionThe results indicated that the MC4R gene is polymorph and there was no significant difference between the genotype patterns and egg performance (egg mass, mean egg weight, and the number of eggs). Due to the importance of the MC4R gene, the study of this gene locus suggested in larger populations.
Keywords: MC4R gene, Performance Egg, PCR-SSCP, Polymorphism, Turkey -
به منظور بررسی ارتباط بین چندشکلی در اگزون 6 ژن CTSK با صفات لاشه و فراسنجه های خونی در گوسفندان آمیخته افشاری×برولامرینو، از 97 راس گوسفند نر این نژاد از ایستگاه دامپروری دانشگاه زنجان خون گیری انجام گرفت. DNA ژنومی با روش فنل-کلروفورم استخراج و سپس یک قطعه 500 جفت بازی از این ژن توسط واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR) تکثیر شد. الگوهای باندی این ژن برای تمام حیوانات با استفاده از روشSSCP -PCR شناسایی و سپس توالی یابی شدند. برای این ژن در ناحیه مورد مطالعه دو الگوی باندی GG و GA با فراوانی به ترتیب 74/0 و 26/0 مشاهده شد. آزمون کای مربع نشان داد که جمعیت مورد مطالعه در تعادل هاردی-واینبرگ قرار نداشت. الگوی GG به طور معنی داری با افزایش صفات وزن دنبه، ضخامت و سطح مقطع عضله و کاهش کلسترول و VLDL ارتباط داشت. با این حال، برای استفاده از این جایگاه ژنی در برنامه های اصلاح نژادی بر مبنای انتخاب به کمک نشانگر، به تحقیقات بیش تر با اندازه نمونه بزرگ تر در آینده نیاز است.
کلید واژگان: گوسفند آمیخته افشاری×برولامرینو, ژن CTSK, صفات لاشه, فراسنجههای خونی وSSCP -PCRIn order to study of polymorphism in exon 6 of CTSK gene and its association with carcass traits and blood parameters in Afshari×Booroola Merino sheep, blood samples were collected from 97 lambs of animal husbandry station of Zanjan University. DNA was extracted using phenol-chloroform method and a fragment of 500 bp from CTSK gene was amplified with polymerase chain reaction (PCR). The binding patterns for all animals were determined by single stranded conformation polymorphism (SSCP) and then sequenced. For this gene, two binding patterns of GG and GA were identified with the frequencies of 0.74 and 0.26, respectively. Chi-square test (χ2) showed that this population was not in the Hardy-Weinberg equilibrium. Results showed that genotype of GG was significantly associated with increased of tail weight, muscle thickness and muscle cross-sectional area and decreased of cholesterol and VLDL traits. However the more investigations with larger sample size are necessary in future for usage from this locus in breeding programs based on marker-assisted selection.
Keywords: Afshari×Booroola Merino sheep, Carcass traits, CTSK gene, blood parameters, PCR-SSCP -
ژن Kiss1 از جمله ژن های شناخته شده موثر بر باروری است که در افزایش تخمک گذاری و چندقلوزایی تاثیر دارد. در مطالعه حاضر از تعداد 100 راس گوسفند نژاد سنجابی ایستگاه پرورش مهرگان استان کرمانشاه و 50 راس گوسفند نژاد قزل ایستگاه پرورش گوسفند دانشگاه ارومیه خونگیری به عمل آمد. پس از انجام استخراج DNA، واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) جهت تکثیر قطعه 331 جفت بازی از اگزون 1 ژن Kiss1 با استفاده از یک جفت آغازگر اختصاصی انجام گرفت. چندشکلی فضایی تک رشته ای SSCP محصولات PCR با استفاده از ژل پلی آکریل آمید و رنگ آمیزی ژل به روش نیترات نقره به دست آمد. نتایج بیانگر وجود الگوهای متفاوت بود که می تواند ناشی از وجود چندشکلی در این جایگاه باشد. در نمونه های مورد مطالعه 5 الگوی ژنوتیپی مختلف 1، 2، 3، 4 و5 برای نژاد سنجابی به ترتیب با فراوانی 0/46، 0/23، 03/0، 0/17 و 0/11 و دو الگوی ژنوتیپی مختلف 1 و 2 برای نژاد قزل به ترتیب با فراوانی 0/24 و 0/76 مشاهده شد. آنالیز آماری نشان داد اثر الگوهای متفاوت ژنتیکی بر صفت چندقلوزایی در نژاد سنجابی معنی دار (0/05p<) ولی در نژاد قزل معنی دار نبود. نتایج به دست آمده از مطالعه حاضر نشان داد که تنوع موجود در اگزون یک ژن Kiss1 را می توان برای برنامه های انتخاب به کمک نشانگرها در گوسفندان نژاد سنجابی مورد توجه قرار داد.
کلید واژگان: چندقلوزایی, ژن Kiss1, گوسفند, PCR- SSCPThe Kiss1 gene is one of the known affective gene in fertility, which affects ovulation and multiplication. In this study, Blood samples were collected from 100 sheep of Sanjabi in Mehregan breeding station in Kermanshah province and 50 sheep Ghezel breeding station of Urmia University. After DNA extraction, the polymerase chain reaction (PCR) was used for specific primers amplification of 331 bp fragment of Exon1 Kiss1 gene. Then single strand conformation polymorphism (SSCP) of PCR products was performed and genotypic patterns were obtained using acrylamid gel and the gel stain was obtained by silver nitrate method. The results showed different patterns that could be due to the presence of polymorphism in this position. Three different genotype patterns in samples 1, 2, 3, 4 and 5 for Sanjabi breed 46% ,23% ,3%, 17% and 11% respectively and two different genotype pattern The frequency were 1and 2 for Ghezel breed 0.24% and 0.76%. The association of observed patterns on the multiplicity trait was significant in Sanjabi breed (P <0.05). But this relationship was not in was significant in Ghezel breeds. The results of this study showed that the variation in exon one of the Kiss1 gene can be considered in marker assistance selection programs in sanjabi sheep breed.
Keywords: Kiss1 gene, PCR-SSCP, Sheep, Twin traits -
ژن GPR54 از جمله ژن های شناخته شده موثر بر باروری است. این ژن روی عملکرد تخمک گذاری و چند قلوزایی تاثیر دارد. به منظور شناسایی اثر ژن GPR54 روی عملکرد چندقلوزایی گوسفندان سنجابی و قزل، در مجموع از تعداد 160 راس حیوان شامل 100 راس گوسفند نژاد سنجابی و 60 راس گوسفند نژاد قزل استفاده شد. استخراج DNA از نمونه های خون با استفاده از کیت استخراج تجاری صورت گرفت. الگوهای ژنوتیپی مربوط به قطعه 321 جفت بازی اگزون 4 ژن GPR54 با استفاده از تکنیک واکنش زنجیره ای پلیمراز چند شکلی فضایی تک رشته ای (PCR-SSCP) تعیین شدند. در نمونه های مورد مطالعه سه الگوی باندی مختلف 1، 2 و3 برای نژاد سنجابی به ترتیب با فراوانی93/54، 59/17و 48/27 و دو الگوی باندی 1 و 2 برای نژاد قزل به ترتیب با فراوانی 86/41 و 14/58 مشاهده شدند. ارتباط الگوهای مشاهده شده در نژاد سنجابی روی صفت چند قلوزایی معنی دار (05/0>p) بود، اما این ارتباط در گوسفندان نژاد قزل غیر معنی دار (05/0>p) بود. علیرغم اینکه نتایج نشان داد چند شکلی موجود در این ژن در گوسفند نژاد سنجابی می تواند به عنوان یک نشانگر برای صفت دوقلوزایی مورد استفاده قرار گیرد، اما به نظر می رسد مطالعات بیشتری با تعداد بیشتر نمونه برای تعیین ارتباط دقیق تر واریانت های ژن GPR54 با صفت بره گیری نیاز است.
کلید واژگان: چندقلوزایی, ژن GPR54, گوسفند, PCR- SSCPG-protein-coupled receptor (GPR54) is one of the known gene affecting fecundity. This gene affects the ovulation rate and litter size performance. A total of 160 animals including Sanjabi (n=100) and Ghezel (n=60) were used to identify polymorphisms of GPR54 gene and their influence on litter size. Genomic DNA was extracted by commercial DNA kit. The genotypic patterns were detected using the polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP). The genotypic patterns frequencies for three detected patterns in Sanjabi sheep were 54.93, 17.59 and 17.59 percent, and for two detected patterns of Ghezel were 41.86, 58.14 percent, respectively. Significant association (P<0.05) was identified between detected genotypes with litter size in Sanjabi, but no significant association (P>0.05) was found between detected polymorphisms with litter size in Ghezel sheep. Although the results showed that the detected polymorphisms in this gene can be used as a marker for twinning in Sanjabi sheep but, it may be necessary to carry out further studies with larger sample sizes to find an exact correlation between GPR54 gene variants and fecundity trait.
Keywords: Litter Size, GPR54 Gene, Sheep, PCR- SSCP -
This study was carried out to investigate the polymorphisms of bone morphogenetic protein 15 (BMP15) exon 2 in purebred Kermani and crossbred Romanov × Kermani sheep and functional analysis of the underlying mutations. A number of 50 purebred Kermani and 115 F1 Romanov (ram) × Kermani (ewe) crossbred sheep were sampled and a 153 bp fragment from exon 2 of the ovine BMP15 gene was successfully amplified from the genomic DNA of each animal using designed primers. The polymerase chain reaction-single-strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) technique was used to investigate the polymorphism of BMP15 gene (exon 2(. Twenty samples of different SSCP patterns were randomly selected for DNA sequencing and detecting the BMP15 mutations and subsequent functional analyses. The polymorphic fragments amplified by designed primers were sequenced. There were eight SSCP patterns (AA, AB, BB, AC, AD, AE, AF and AG) with frequencies of 0.24, 0.17, 0.24, 0.08, 0.05, 0.10, 0.03 and 0.09, respectively. The frequency of A allele was obviously higher than those of other alleles. The sequencing results revealed two single nucleotide mutations; the first mutation at position 32bp which did not cause any change in the amino acid sequence but the second mutation led to a change in 40th amino acid (a Lysine amino acid replaced by an Asparagine amino acid). The result of this experiment indicates that the genetic diversity level of BMP15 exon 2 gene was high in the Romanov × Kermani crossbreds indicating that BMP15 exon 2 can played a vital function in the development of ovary and follicles, especially in the improvement of fertility trait and could be used as a potential advantageous molecular marker for reproduction traits in this genetic group. Our finding provides exciting new opportunities for understanding the role of the BMP15 on ovarian follicular growth and development in crossbreed ewes in breeding programs. However, further investigation using a large population of Romanov × Kermani crossbred sheep is required to confirm the link between the identified mutation and the observed increased prolificacy in this population.Keywords: BMP15, PCR-SSCP, polymorphism, Romanov × Kermani sheep
-
نشان داده شده است که بروز هر گونه تغییر در عملکرد ژنهای DNMTs اثرات شگرفی بر فرآیند تکوین جنین و نیز وزن تولد در پستانداران دارد، لذا هدف از انجام این تحقیق بررسی چندشکلی ژن های خانواده DNA متیل ترانسفراز و ارتباط آن ها با وزن تولد در گاو سیستانی بود. خون گیری به طور تصادفی از 60 راس گاو سیستانی به عمل آمد. استخراج DNA با استفاده از روش فنول کلروفرم انجام شد. نواحی کاندیدا برای وجود جهش شامل قطعه های 114 جفت بازی واقع در اگزون 33 ژن DNMT1، قطعه 176 جفت بازی واقع در اینترون 4 ژن DNMT3a و قطعه 207 جفت بازی واقع در اینترون 3 ژن DNMT3b توسط واکنش زنجیره ای پلی مراز تکثیر شدند. به منظور بررسی وجود چند شکلی در ژن های هدف از روش PCR-SSCP به وسیله ی ژل پلی آکریل آمید و رنگ آمیزی نیترات نقره استفاده گردید. ارزیابی نتایج دلالت بر عدم وجود تنوع الگوهای باندی در تمام نمونه های مورد بررسی داشت. بر اساس نتایج این مطالعه به نظر می رسد که عدم مشاهده تنوع ژنتیکی در نواحی مورد بررسی احتمالا دلالت بر انتخاب بر علیه وقوع جهش های خاص در جمعیت مورد نظر دارد. در مجموع براساس نتایج این مطالعه ارزیابی تنوع ژنتیکی در نواحی مورد بررسی، جهت شناسایی مارکرهای موثر در برنامه های اصلاحی صفات تولیدی در گاو سیستانی فاقد کارایی می باشدکلید واژگان: ژن های DNA متیل ترانسفراز, چند شکلی, گاو سیستانی, PCR-SSCPIt has been shown that the occurrence of any changes in the function of DNMTs genes has a significant effect on both the embryo development and birth weight in mammals; therefore, the aim of the present study was to investigate the presence of DNA polymorphisms in the members of DNA methyl transferase superfamily and its relationship with birth weight in Sistani cattle’s. Blood sampling was done randomly from 60 Sistani cows. DNA extraction was performed using phenol chloroform method. Candidate region for the presence of functional polymorphism within the DNMTs gene including the 114-bp fragment of the exon 33 of the DNMT1 gene, the 176-bp fragment of the intron 4 of the DNMT3a gene, and the 207-bp fragment in intron 3 of the DNMT3b gene were amplified by polymerase chain reaction. PCR-SSCP followed by polyacrylamide gels silver stain analysis was done to evaluate the presence of candidate mutations in target gens. The result analysis of all analyzed region did not show any mutations in the investigated DNMTs genes. Based on the results of this study, it seems that the lack of observation of genetic diversity in the studied regions could be related to the evolutionary selection against occurrence of specific mutations in the analyzed population. In general, based on the results of this study, analysis of genetic diversity in the studied genomic region may not be effective in identifying effective markers for breeding programs in Sistani cows.Keywords: DNA Methyltransferases Genes, Polymorphism, Sistani cattle, PCR-SSCP
-
پرواپیوملانوکورتین (پومس) یک پروتئین پیش ساز در جوجه های گوشتی است که از 251 اسیدآمینه تشکیل شده است و در تنظیم غذای مصرفی و تعادل مصرف انرژی نقش دارد. هدف از انجام این پژوهش، تعیین چندشکلی ژن پرواپیوملانوکورتین و بررسی ارتباط آن با صفات رشد (که شامل وزن زنده، وزن لاشه، وزن سینه، وزن ران، وزن پشت وگردن، بال، کبد، قلب، بورس، طحال، پانکراس، پیش معده + سنگدان و چربی محوطه بطنی) در جوجه های گوشتی سویه راس وکاب بود. بدین منظور از تعداد 100 قطعه جوجه گوشتی سویه راس و 60 قطعه جوجه گوشتی سویه کاب نمونه خون تهیه و استخراج DNA به وسیله روش نمکی بهینه یافته صورت گرفت. پس از استخراج DNA، قطعه ای به اندازه bp444 از ناحیه اگزون دوم ژن پرواپیوملانوکورتین با استفاده از تکنیک PCR تکثیر گردید. جهت تعیین ژنوتیپ نمونه ها، از روش چندشکلی فرم فضایی رشته های منفرد (SSCP) و الکتروفورز محصولات تک رشته ای بر روی ژل پلی آکریل آمید و رنگ آمیزی توسط نیترات نقره انجام شد. برای ژن پرواپیوملانوکورتین در جوجه های گوشتی سویه راس دو الگو بنام E و F و در جمعیت جوجه های گوشتی سویه کاب نیز چهار الگوی A، B،C و D مشاهده شد. ارتباط چندشکلی این ژن با صفات رشد به وسیله رویه ی GLM نرم افزار SAS آنالیز شد و نتایج نشان داد که در جوجه های گوشتی سویه راس و کاب، قطعه 444 جفت بازی ژن پرواپیوملانوکورتین در جایگاه اگزون دوم دارای چند شکلی است. و هیچ یک از الگوهای مشاهده شده در ناحیه مورد مطالعه از ژن پرواپیوملانوکورتین، در هیچ کدام از دو جمعیت ارتباط معنی داری با صفات رشد ندارند.
کلید واژگان: صفات رشد, ژن پرواپیوملانوکورتین, جوجه گوشتی, چندشکلی, PCR-SSCPIntroductionThe central melanocortin system appears to be an important mediator of the actions of both leptin and insulin, which are key elements in the control of energy balance. Proopiomelanocortin (POMC) is a complex precursor protein that is proteolytically cleaved to a variety of biologically active and important neuroendocrine peptides. The POMC gene is expressed mainly in the anterior and intermediate lobes of the pituitary and in the arcuate nucleus of the hypothalamus, and at a lower level also in a wide variety of peripheral tissues and of brain regions in mammals. It produces many biologically active peptides via a series of enzymatic steps in tissue-specific manners, which have important roles in the regulation of appetite, sexual behavior, the movement of melanin produced from melanocytes in skin and the production of endogenous opioid peptides with widespread actions in the brain. In chicken, the POMC gene consisted of three exons and two introns and its protein has 251 amino acid residues with nine proteolytic cleavage sites, suggesting that it could be processed to give rise to all members of the melanocortin family, including adrenocorticotropic hormone and alpha-, beta- and gamma-melanocyte-stimulating hormones, as well as the other POMC-derived peptides.
Considerable evidence has been collected indicating that POMC mutations are associated with obesity.Materials and methodBlood samples were collected in EDTA vials from one hundred Ross and sixty Cobb broiler chicks, stored at -20 and their DNA was extracted using the modified salting-out chloroform method. Polymerase chain reaction (PCR) was carried out by specific primer pairs to amplify a 444bp fragment from a part of exon two of the Pro-Opiomelanocortin gene. The pattern of all samples was determined through single stranded conformation polymorphism (SSCP) analyses by Acrylamide gel using silver nitrate staining.
The associations between polymorphisms (patterns) and the growth traits (live and carcass weight, and the weight of breast, thigh, back and neck, wings, liver, heart, bursa of Fabricius, pancreas, paraventricular, gizzard and spleen) were evaluated using the GLM procedure of the SAS software.Results and DiscussionThe extraction or genomic DNA and amplification of 444bp fragment of Pro-Opiomelanocortin gene were successfully done and it was polymorph in both strains. Two different patterns were found in Ross strain, E and F patterns with the frequencies of 0.56 and 0.44, respectively. Four different patterns were found in Cobb strain, A, B, C and D patterns with the frequencies of 0.63, 0.09, 0.14 and 0.14, respectively. There was no significant association between the patterns and the growth traits. In Ross strain, the effect of genotype (pattern) tend o be significant for carcass weight (p value = 0.054) and the chickens with F pattern have more carcass weight than those with pattern E. In Cobb strain, chickens with B pattern tend to have better slaughter yields compared to other patterns. Our results revealed that Cobb strain has more diversity in the studied fragment of POMC gene than Ross strain.
ConclusionEnergy homeostasis and body weight (BW) are regulated by coordinated actions of multiple genes. For significant economically traits, improvements in BW can be achieved through mass selection whereas feed conversion is relatively more difficult to improve. Gene polymorphisms can be used for improvement of the production traits by genetic selection, if the allelic association with the traits be determined. The variable associations of the identified polymorphisms may be a result of the differences in the population characteristics,
sex, or both, indicating that the selection criteria may influence the production trait associations. This should be taken into consideration while selecting for the desired production traits. Additional studies are required to expand the genetic and physiological aspects involved in feed intake, digestion, and metabolism. The genomic diversity also has important implications in the evolutionary dynamics of species. Investigations of polymorphisms are useful for better understanding of the gene function, and those associated with commercially significant production traits have a potential for usage as molecular markers for selection programs. In summary, the identified polymorphisms and their associations with the traits of economic importance in the present study provides greater insight into the role POMC gene involved in energy balance in poultry and points toward the
potential application of the findings for the enhancement of production traits by marker assisted selection.Keywords: Broiler chicks, Growth traits, PCR-SSCP, Polymorphism, Pro-Opiomelanocortin gene -
ژن های خانواده DNA متیل ترانسفراز (DNMTs) بواسطه نقش کلیدی در شکل گیری و ابقاء الگوهای اپی ژنتیکی، اهمیت بالایی در کنترل تکوین و رشد و نمو جنینی از مرحله لقاح تا دوران پس از تولد دارند. مطالعه حاضر به منظور شناسایی جهش های بالقوه در اگزون 33 ژن DNMT-1، اینترون 4 ژن DNMT-3a و اینترون 3 ژن DNMT-3b و ارتباط آن ها با وزن تولد در گاو های نژاد هلشتاین صورت گرفت. خون گیری به طور تصادفی از تعداد 60 راس گاو هلشتاین دارای رکورد وزن تولد تا بلوغ از یک گاوداری صنعتی در استان کرمان انجام شد. استخراج نمونه های DNA با استفاده از روش فنل کلروفرم انجام گرفت و جایگاه های هدف با استفاده از پرایمر های اختصاصی توسط واکنش های زنجیره ای پلیمراز (PCR) تکثیر شدند. به منظور ردیابی چند شکلی در توالی های هدف از تکنیک چند شکلی ساختار فضایی رشته های منفرد (SSCP) و رنگ آمیزی با نیترات نقره استفاده شد. نتایج این مطالعه حاکی از عدم وقوع جهش در تمامی جایگاه های مورد مطالعه بود، بطوری که در تمام نمونه های مورد بررسی، بر اساس اندازه قطعه مورد بررسی، الگوی باندی یکسانی شناسائی شد. عدم شناسائی وجود چند شکلی در نواحی مورد بررسی، احتمالا ممکن است به دلایلی نظیر ناکارآمدی نسبی تکنیک PCR-SSCP در شناسائی جهش ها، کوچک بودن اندازه نمونه های مورد بررسی، پیامدهای تصادفی ناشی از رانش ژنی و یا تاثیر انتخاب مصنوعی و یا طبیعی بر علیه وقوع جهش در نواحی مزبور باشد. بنابراین، نواحی ژنی مورد بررسی در این تحقیق به عنوان نشانگر مولکولی برای ارزیابی صفت وزن تولد در گاو های هلشتاین فاقد کارائی هستند.
کلید واژگان: تنوع ژنتیکی, DNMTs, گاو هلشتاین ایران, PCR-SSCPDue to their roles in regulating embryonic growth and development members of DNA Methyltransferases (DNMTs) family have been shown to play fundamental parts in embryonic fertilization to postnatal life; through regulating the establishment and/or maintenance of specific epigenetic marks. The present study was conducted to identify potential reported mutations within the exon 33 of DNMT-1, introns 4 of DNMT-3a and introns 3 DNMT-3a genes and their relationship with birth weight in Iranian Holstein cows. A total of 60 blood samples from Holstein dairy cattle with records of weight from birth to adult age were randomly collected from industrial dairy cattle farm located in Kerman province. Genomic DNA samples was extracted using Phenol-Chloroform method and target sequence was amplified with PCR using specific primers. Polymerase chain reaction-single stranded conformational polymorphism (PCR-SSCP) and silver nitrate staining methods was used for screening potential mutation in target sequences. According to results of this study, in all cases, no mutation in target sequence were identified as all samples had the same specific SSCP pattern with respect to their size. The lack of polymorphism may imply that these region may be attributable to a relative inefficiency of PCR-SSCP for mutation detection, small sample size, stochastic effects of genetic drift and/or conserved nature of these genes due to either natural or artificial selection. According to the results of this study, analyzed sequence may not be informative as molecular marker for birth weight in Holstein cattle.
Keywords: DNMTs, Genetic Variation, Iranian Holstein Cattles, PCR-SSCP -
هدف پژوهش حاضر، مطالعه چند شکلی ژن لپتین با استفاده از تکنیک PCR- SSCP در گوسفند نژاد لری بختیاری و آمیخته لری بختیاری- افشاری و بررسی ارتباط الگوهای ژنوتیپی با صفات رشد در گوسفندان لری بختیاری بود. از 58 راس گوسفند نژاد لری بختیاری نر و ماده موجود در ایستگاه شولی شهرکرد و 42 راس گوسفند نژاد آمیخته لری بختیاری–افشاری از روستاهای شهرکرد خونگیری به عمل آمد. استخراج DNA با کیت شرکت سیناژن صورت گرفت. تعیین کیفیت و کمیت DNA با ژل آگارز و اسپکتروفتومتری انجام شد. تکثیر قطعه 275 جفت بازی اگزون 3 ژن لپتین با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز صورت گرفت. چندشکلی فضایی تک رشته ای SSCP محصولات PCR با استفاده از ژل پلی اکریل آمید و رنگ آمیزی نیترات نقره بدست آمد. هشت الگوی باندی برای گوسفندان لری بختیاری با درصد فراوانی (97/18) ، (35/10) ، (17/5) ، (89/6) ، (37/41) ، (35/10) ، (45/3) و (45/3) برای الگوهای 1 تا 8 مشاهده شد. همچنین ده الگوی باندی با درصد فراوانی (52/9) ، (58/28) ، (14/7) ، (52/9) ، (76/4) ، (38/2) ، (28/14) ، (52/9) ، (52/9) (76/4) به ترتیب برای الگوهای 1 تا 10 برای گوسفندان آمیخته لری بختیاری– افشاری مشاهده شد. نتایج نشان دهنده چندشکلی بالا در ژن لپتین در هر دو نژاد بود. نتایج مقایسه میانگین نشان از ارتباط معنی دار ژن لپتین با وزن شش ماهگی و وزن دوازده ماهگی داشت ولی با وزن تولد و وزن از شیرگیری ارتباط معنی داری در گوسفند لری بختیاری نداشت.کلید واژگان: ژن لپتین, گوسفند لری بختیاری, صفات رشد و PCR- SSCPThe purpose of this study was evaluation of leptin gene polymorphism by PCR-SSCP and its relationship with some growth traits in Lori Bakhtiari and crossbred of Lori Bakhtiari- Afshari sheep. Blood samples were collected from 58 sheep (male and female) of Lori-Bakhtiari in Shahr-e-Kord Sholi station and 42 sheep (male and female) of Lori Bakhtiari-Afshari crossbreed from villages of Shahr-e-Kord. DNA was extracted, using extraction kit of Sinnagen co. Evaluation of quality and quantity of DNA was performed using agarose gel electrophoresis and spectrophotometry. Polymerase chain reaction (PCR) was conducted to amplify 275 bp fragment of exon 3 of leptin gene. Then single strand conformation polymorphism (SSCP) of PCR products was performed and genotypic patterns were obtained using acrylamid gel and silver staining. For leptin gene in Lori bakhtiari sheep, 8 band patterns including L1to L8 and for crossbreeds sheep, 10 band patterns including L1to L10 were obtained. There was a high polymorphism in exon 3 of the leptin gene in both breeds. Also results of means comparison showed that the leptin gene was significantly associated with weight at 6 and 12 months.Keywords: Lori-Bakhtiari, Growth Traits, PCR-SSCP, Leptin, Polymorphism
-
بلدرچین دارای خصوصیات مناسب مانند رشد سریع و کیفیت بالای گوشت می باشد. در تحقیق حاضر، چندشکلی ناحیه اگزون 2 از ژن هورمون رشد 1 (GH) و ارتباط آن با صفات رشد در بلدرچین ژاپنی مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور، از 150 قطعه بلدرچین ژاپنی نمونه های خون جمع آوری شد و به دنبال آن DNA ژنومی مطابق پروتکل پروناز استخراج گردید. سپس واکنش زنجیره ای پلی مراز 1 (PCR) جهت تکثیر قطعه 162جفت بازی ژن GH انجام گرفت. روش تفاوت فرم فضایی رشته های منفرد 3 (SSCP) جهت تعیین الگوهای ژنوتیپی نمونه ها بکار برده شد. نتایج SSCP چهار الگوی متفاوت ژنوتیپی و چند شکلی در ناحیه اگزون 2 از ژن GH را نشان داد. فراوانی چهار الگوی ژنوتیپی 1، 2 ،3 و 4 در این پژوهش به ترتیب برابر با 64/11، 75/15، 67/37 و 94/34 درصد برآورد گردید. تجزیه و تحلیل ارتباط صفت وزن بدن و الگوهای ژنوتیپی با استفاده از نرم افزار SAS انجام شد. نتایج نشان داد که بین الگوهای ژنوتیپی مشاهده شده با وزن بدن در هیچ دوره پرورشی ارتباط معنی داری وجود ندارد. در ارتباط با تاثیر جنس بر صفت وزن بدن نیز در 60 روزگی (سن بلوغ) اختلاف معنی داری وجود داشت (05/0P≤). با توجه به تعداد الگوهای ژنوتیپی، ناحیه مورد مطالعه در بلدرچین ژاپنی از تنوع بالای برخوردار می باشد.کلید واژگان: بلدرچین ژاپنی, ژن GH, PCR-SSCP, صفات رشدQuails have suitable properties such as rapid growth and high quality of meat. In this study, polymorphism of exon two of the gene encoding Growth Hormone (GH) and its association with growth traits in the Japanese quail were investigated. For this purpose, blood samples were taken from 150 Japanese quails and genomic DNA was extracted using Pronase method. Then, polymerase chain reaction (PCR) was executed to amplify a 162 bp fragment of GH gene. Single-strand conformation polymorphism (SSCP) method was used to determine the patterns of genetic samples. The results of SSCP showed four different genotype patterns in the exon two region of GH gene. The frequencies of genotype patterns were 11.64, 15.75, 37.67 and 34.94%. Association of body weight with genotype patterns was analyzed using the SAS software. Our results indicated that there is no significant difference between the genotype patterns and body weight in any period of rearing. However, for association of gender effect on body weight, there was a significant difference in the age of 60 days (maturity) (P≤0.05). Based on the multitude of genotypic patterns, the region in question in Japanese quail has a high diversity.Keywords: Japanese Quail, Growth Hormone Gene, PCR-SSCP, growth trait
-
سابقه و هدفهدف از پژوهش حاضر بررسی تنوع آللی در ناحیه تنظیمی بالا دست ژن های کالپاین و کالپاستاتین، تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک ژن های مورد نظر و ارتباط آماری واریانت های آللی با صفات وزن بدن و دنبه در گوسفند لری بختیاری بوده است.مواد و روش هاتعداد 150 نمونه خون به طور تصادفی تهیه و DNA با روش نمکی بهینه یافته استخراج شد. سپس جفت آغازگرهای اختصاصی با نرم افزارOligo7 به ترتیب برای تکثیر قطعاتی با اندازه های 245 و 225 جفت بازی از ناحیه بالا دست ژن های کالپاستاتین و کالپاین طراحی شدند. پس از انجام PCR فرآورده های تکثیری حاصل از جایگاه های نشانگری کالپاستاتین و کالپاین به ترتیب در معرض هضم با آنزیم های اندونوکلئاز PstI و HaeIII قرار گرفتند. به دلیل یک شکل بودن نتایج حاصل RFLP، برای ارزیابی دقیق تر توالی های تکثیر شده از تکنیک SSCP استفاده شد. بعد از تعیین ژنوتیپ، از هر الگوی باندی ژن کالپاین یک نمونه مورد توالی یابی قرار گرفت. برای شناسایی موتیف های درگیر در فرآیند تنظیم ژنی و همچنین جهش های موجود در الگوهای باندی مختلف، توالی های به دست آمده با استفاده از نرم افزارهای DNASIS MAX و BioEdit مورد بررسی قرار گرفتند. ارتباط الگوهای باندی مشاهده شده در جایگاه کالپاین با صفات وزن بدن در تولد، 3، 6 و 12 ماهگی و صفات دنبه شامل وزن، محیط بالا و پایین و ارتفاع دنبه در گوسفند لری بختیاری با استفاده از رویه Glimmix نرمافزار SAS (نسخه 1/9) مورد بررسی قرار گرفت.یافته هاسه الگوی باندی مختلف A، B و C در جایگاه کالپاین در نمونه های لری بختیاری به ترتیب با فراوانی های 66، 9 و 25 در صد مشاهده شدند. ناحیه بالادست جایگاه ژنی کالپاستاتین در پژوهش حاضر یک شکل بود. تجزیه و تحلیل آماری وجود ارتباط آماری معنی داری را بین الگوهای باندی در جایگاه نشانگر کالپاین و صفت وزن تولد در گوسفندان لری بختیاری نشان داد (P<0.05). همچنین هم-ترازی توالی های الگوهای باندی مشاهده شده برای جایگاه نشانگر کالپاین در گوسفندان مورد مطالعه وجود شش چند شکلی تک نوکلئوتیدی را در موقعیت های مختلف نشان داد. نتیجه توالی یابی ژن کالپاستاتین رفتار یک شکل بودن الگوهای باندی این ژن را تایید کرد، به طوری که تفاوتی بین توالی های بدست آمده برای این ژن مشاهده نشد. آنالیز مقایسه ای موتیف ها بین توالی های مورد مطالعه نشان داد که تمامی موتیف ها بین الگوهای باندی مشترک بودند به جز موتیف های PEA3_CS و yeast_terminationCS1 که در الگوی باندی C وجود نداشته و موتیف alpha_INF.2 که فقط در الگوی باندی C وجود داشت.نتیجه گیریبا توجه به چند شکل بودن ناحیه تنظیمی بالادست جایگاه کالپاین و معنی دار بودن ارتباط آن با صفت وزن تولد، احتمالا بتوان از این جایگاه نشانگری در برنامه های اصلاح نژادی برای بهبود کیفیت گوشت در گوسفند بهره برد.کلید واژگان: ژن کالپاستاتین, ژن کالپاین, گوسفند لری بختیاری, ناحیه تنظیمی بالادست, بیوانفورماتیکBackground And ObjectiveThe aim of the present study was to investigate allelic diversity in upstream regulatory region of calpastatin and calpain genes, bioinformatics analysis of studied genes and association of allelic variants with body weight and fat-tail traits in Lori-Bakhtiari sheep.Materials And MethodsOne hundred and fifty blood samples were collected randomly and DNA was extracted by modified salting out method. The specific primer pairs were designed using Oligo 7 software for amplification of fragments with lengths of 245 and 225 bp from upstream regulatory region of calpastatin and calpain genes, respectively. After PCR, the amplified products of calpastatin and calpain marker sites were subjected to endonuclease digestion with PstI and HaeIII enzymes, respectively. Due to the monomorphic of RFLP results, the SSCP technique was used for more accurate assessment of amplified fragments. After genotyping, one sample from each banding patterns of calpain gene was sequenced. The obtained sequences were investigated for identification of motifs involved in gene regulation and also mutations in different banding patterns by DNASIS MAX and BioEdit softwares. Association between observed banding patterns and body weight traits at birth, 3, 6 and 12 months of age and weight, upper bound, lower bound and the height of fat-tail was investigated by Glimmix procedure of SAS (version 9.1) software.ResultsThree banding patterns of A, B, and C with frequencies of 66, 9, and 25% were observed in Lori-Bakhtiari samples, respectively. The upstream region of calpastatine gene was monomorph in present study. Statistical analysis showed significant association between banding patterns of calpain marker site and body weight at birth in Lori-Bakhtiari sheep (PConclusionAccording to the polymorphic pattern in upstream regulatory region of calpain locus and its significant association with birth weight, this marker site may be used in breeding programs to improve meat quality in sheep.Keywords: Calpastatin gene, Calpain gene, PCR-RFLP, PCR-SSCP, Lori-Bakhtiari sheep, Upsream regulatory region, Bioinformatics
-
زمینه مطالعاتی: انتخاب به وسیله ژنتیک مولکولی روی ژن های منحصر بفرد یک روش مطمئن برای بهبود ژنتیکی صفات مهم اقتصادی در حیوانات اهلی می باشد. صفت چندقلوزایی یکی از صفات مهم اقتصادی در صنعت گوسفندداری می باشد که در سال های اخیر توجه متخصصین اصلاح نژاد را به خود جلب کرده است. ژن فاکتور رشد و تمایز شماره 9 (GDF9) از مهم ترین ژن های کاندیدای موثر بر صفت چندقلوزایی در گوسفند می باشد.هدفاین آزمایش جهت بررسی وجود چند شکلی در جایگاه نیمه دوم (منتهی به3'') اگزون 2 ژن GDF9 گوسفند نژاد کرمانی انجام شد.روش کاردر این مطالعه، از 102 راس گوسفند خونگیری شد. پس از استخراج DNA، تعیین ژنوتیپ ها با استفاده از روش PCR-SSCP و توالی یابی محصولات PCR انجام شد و تغییرات تک نوکلئوتیدی با استفاده از نرم افزار Bioedit بررسی شدند.نتایجنتایج توالی یابی نشان دهنده وجود جهش های نقطه ای در موقعیت نوکلئوتیدهای 978 و 994 اگزون 2 ژن GDF9 بود. نتایج آنالیز نرم افزار GenAlex در جایگاه مورد بررسی حاکی از عدم وجود تعادل هاردی واینبرگ در چندشکلی تک نوکلئوتیدی موقعیت 978 بود. بالا بودن شاخص شانون در هر دو موقعیت جهش شناسایی شده نشان داد که میزان تنوع زیستی در جایگاه ژن GDF9 مربوط به جمعیت مورد بررسی بالا می باشد. با توجه به معیارهای برآورد شده و بالا بودن نسبی میزان هتروزیگوسیتی می توان نتیجه گرفت که جمعیت مورد مطالعه دارای چند شکلی نسبتا بالایی در جایگاه مورد بررسی می باشد.کلید واژگان: چند شکلی, چندقلوزایی, نژاد کرمانی, ژن GDF9, PCR-SSCPIntroductionApplications of molecular genetics have many important advantages (Mousavizadeh et al. 2009). Using genetic markers in animal selection and breeding may also dramatically expedite genetic improvement (Javanmard et al. 2008). Study of native breeds is necessary for conservation of genetic resource in livestock (Mohammadabadi et al. 2010). There are more than 26 sheep breeds in Iran adapted to different environmental circumstances (Zamani et al. 2015). One of the most important breeds of Iranian sheep is Kermani sheep. This local breed lives in the south-eastern of Iran and is a fat-tail breed and well adapted to a wide range of harsh environmental conditions in Kerman province (Mohammadabadi 2017). Growth differentiation factor (GDF) 9 is a member of the transforming growth factor β superfamily that is secreted from oocytes during folliculogenesis (Aaltonen et al. 1999) and is essential for folliculogenesis and female fertility (Khodabakhshzadeh et al. 2016). Hanrahan et al. (2004) revealed eight single nucleotide polymorphisms across the entire coding region (G1G8) and these differences correspond to one SNP in exon 1, one SNP in the intron, and five SNPs in exon 2. It is proven that exon 2 is more important than exon 1 and intron.
Material andMethodsThe blood samples were randomly collected from Kermani sheep (102 animals) from both sexes and with different ages (Kerman, Iran), using vacuum tubes with 0.25% ethylene diamine tetra acetic acid (EDTA). The blood samples were transferred in dry ice to the laboratory and stored at -20 °C pending assays. Blood samples of the animals were used to extract genomic DNA using the salting out procedure described by Abadi et al. (2009). The quality of DNA was checked by spectrophotometry taking ratio of optical density (OD) value at 260 and 280 nm. The sheep GDF9 gene was amplified using the polymerase chain reaction (PCR) with designed specific primers. These primers were used to amplify fragment 647 bp of the exon 2 for the sheep GDF9 gene. The PCR reaction was performed in a 25 μL reaction volume containing 2 μL of genomic DNA (50 ng/μL), 1 μL of MgCl2 (3 mM), 1μL of each forward and reverse primers (10 pmol each), 0.5μL of dNTPs (500 μM each), 0.3 unit of Taq DNA polymerase (Cinna Gene, Iran) and 10X PCR buffer. DNA amplifications were performed using thermo cycler (CLEMENS, Germany) programmed for a preliminary step of 5 min at 94°C, followed by 33 cycles of 30 s at 94°C, 50 s at 62.5°C for the first primer pair and 63.6°C for the second primer pair and 50 s at 72°C, with a final extension of 8 min at 72°C. Amplification was verified by electrophoresis on 1% (w/v) agarose gel in 1 x TBE buffer (2 mM of EDTA, 90 mM of Tris-Borate, pH 8.3), using a 100bp ladder as a molecular weight marker for confirmation of the length of the PCR products. Gels were stained with ethidium bromide (1 μg/mL). The SSCP technique was used to allow the sequence variants to be detected from the migration shift in PCR amplified fragments of the gene. For SSCP analysis, 6 μL of each PCR product was mixed with 12 μL of denaturing loading buffer (19 mL formamide, 0.98 gr NaOH (3% NaOH solution), 0.01 gr xylene cyanol and 0.01gr bromophenol blue). The samples were denatured by heating at 95°C for 10 min, then immediately chilled on ice and loaded onto 8% polyacrylamide gel (37.5:1). Gels were run at 170-180 V for 7-8 hours at 4°C. The electrophoresis was carried out in a vertical unit in 1x TBE buffer (Tris 100 mM, boric acid 9 mM, EDTA 1mM). The gels were stained with silver nitrate to observe the conformational patterns. After revealing the single stranded conformation polymorphism (SSCP) patterns for this locus, from each of the ovine GDF9 variants identified by PCRSSCP, one sample was sequenced (Mahan Gene, Iran). The raw sequence data were edited using Bioedit 7.0 software. Multiple sequence alignments were performed with Bioedit 7.0 and DNAMAN software to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the exon 2 of the GDF9 gene in Kermani sheep. The nucleotide sequence of exon 2 was translated to amino acid sequence for each particular allelic variant. The BLAST algorithm was used to search the NCBI GenBank databases for comparison of the ovine GDF9 sequences with homologous sequences of other animals to determine similarity percentage and detect the novel SNPs in the studied locus. Population genetic parameters were obtained using GenAlex6.41 software.Results And DiscussionAs expected, PCR amplification of the ovine GDF9 gene for Kermani sheep gave uniform fragment 647 bp by running on 1% agarose gel and the amplified fragment size were consistent with the expected size and subsequently sequencing of the ovine GDF9 amplicons confirmed them to be 647 bp in size (Fig 1). The SSCP analysis revealed four unique banding patterns for the second half of the exon representing different allelic variants (Fig 2). In the studied population, four different genotypes and three haplotypes were observed for the second half of the exon 2 (Table 1). Frequencies of the detected genotypes and haplotypes in the studied population are provided in Table 2. In total, in this population, genotype 2 in the second half of the exon 2 were most common with a frequency of 0.411. The sequencing results were representative of the point mutations at nucleotide positions 994 and 978 in exon 2 of the GDF9. The analysis results of the GenAlex software in the studied position revealed the lack of Hardy-Weinberg equilibrium in single nucleotide polymorphism (SNP) at position 978. The high level of Shannon index in both positions of the identified mutations indicated that the level of Biodiversity in GDF9 gene position associated with the sample population was high. Hanrahan et al. (2004) discovered eight variants (G1 to G8) of GDF9 gene in Cambridge and Belclare sheep breeds using PCR-SSCP and sequencing. However, G8 variant caused serine to phenylalanine substitution at residue 395 which replaced an uncharged polar amino acid with a nonpolar one at residue 77 of the mature coding region and may change the function of GDF9 in sheep (Hanrahan et al. 2004). Nikol et al. (2009) discovered 4 variants (G3, G4, G5 and G6) of GDF9 gene in Icelandic Thoka sheep that is in agreement with the result of the present study. The high level of genetic variability observed in the coding region of the ovine GDF9 gene in this study suggests that this region of the GDF9 gene probably affects folliculogenesis and female fertility in sheep; hence further association studies using appropriate populations are needed to identify genetic variants that can be used as markers related to fertility.ConclusionRegarding the estimated criteria and relatively high level of heterozygosity, it can be concluded that the studied population has a relatively high polymorphism in the examined locus. The discovered alleles and genotypes can also be used as markers in marker-assisted selection of sheep for economic traits in future.Keywords: GDF9 gene, Kermani sheep, PCR-SSCP, polymorphism, Prolificacy -
ژن GDF9 از مهم ترین ژن های موثر بر چندقلوزایی گوسفندان می باشد. لذا، هدف از انجام این تحقیق شناسایی چندشکلی های تک نوکلئوتیدی موجود در اگزون دوم ژن GDF9در گوسفندان خالص و آمیخته پاکستانی به روش PCR-SSCP بود. به این منظور، نمونه های خون از 30 راس گوسفند پاکستانی، 17 راس گوسفند آمیخته پاکستانی و لری بختیاری و 7 راس گوسفند آمیخته پاکستانی و کرمانی تهیه و استخراج DNA به روش نمکی بهینه انجام شد. با استفاده از یک جفت پرایمر اختصاصی یک قطعه 634 جفت بازی با کمک واکنش زنجیره ای پلیمراز تکثیر شد. پس از تعیین چند شکلی فضایی تک رشته ای محصولات PCR، الگوهای باندی مربوط به ژن GDF9 روی ژل پلی اکریل آمید 8 درصد رنگ آمیزی شده با نیترات نقره مشاهده شد. در مجموع در سه جمعیت مورد مطالعه، چهار الگوی باندی 1، 2، 3 و 4 با فراوانی های 093/0، 129/0، 371/0 و 407/0 بدست آمد. نتایج توالی یابی منجر به شناسایی سه جهش در موقعیت های نوکلئوتید 443، 477 و 721 ژن GDF9 در جمعیت های مورد مطالعه گردید.کلید واژگان: چندشکلی, چندقلوزایی, ژنGDF9, PCR-SSCP, SNPGDF9 gene is one of the most important effective factors on litter size in sheep. Thus, the aim of the present study was to detect single nucleotide polymorphisms (SNPs) available in exon 2 of GDF9 gene in pure and crossbred of Pakistani sheep using PCR-SSCP. Hence, blood samples were collected from 30 Pakistani sheep, 17 crossbred sheep (Pakistani rams × LoriBakhtiari) and 7 crossbred sheep (Pakistani rams × Kermani ewes) and genomic DNA was extracted using salting-out method. A 634 bp fragment was amplified using one specific primer pairs using polymerase chain reaction. After single stranded conformation polymorphism (SSCP) of PCR products, band patterns of GDF9 gene were observed on 8% polyacrylamide gel stained with silver-nitrate method. In total, 4 banding patterns 1, 2, 3 and 4 were obtained with frequencies of 0.193, 0.129, 0.371 & 0.407, respectively. The sequencing results were led to identification of 3 mutations in 443, 477 and 721 nucleotide situations of GDF9 gene in the studied populations.Keywords: GDF9 gene, Litter Size, PCR-SSCP, Polymorphism, SNP
-
- نتایج بر اساس تاریخ انتشار مرتب شدهاند.
- کلیدواژه مورد نظر شما تنها در فیلد کلیدواژگان مقالات جستجو شدهاست. به منظور حذف نتایج غیر مرتبط، جستجو تنها در مقالات مجلاتی انجام شده که با مجله ماخذ هم موضوع هستند.
- در صورتی که میخواهید جستجو را در همه موضوعات و با شرایط دیگر تکرار کنید به صفحه جستجوی پیشرفته مجلات مراجعه کنید.